ISVat1

  • Family IS256
  • Group IS1249
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NZ_AEDR01000019 ND Veillonella atypica
Veillonella atypica ACS-049-V-Sch6
DNA section
IS Length : 1337 bp

Ends


IR Length : 27

IRL : GGCTTATAGGACAAAAAGTGTGTGTGAAAACCCTTATAACACTAGTAAAT
IRR : GGGTTATAGGACAAAAAGTGTGTGTGACTAATCCCAATAAGTTGGAAAAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
AAAAGTAAATAGATTAGAGGTTCCTAAT8

DNA sequence

GGCTTATAGGACAAAAAGTGTGTGTGAAAACCCTTATAACACTAGTAAATATCTAGTGTTATAAGGGTTTAATCTTTTTCTGAAGAAGTTTGAGGGTGGA
CAAAAAGTGTGGGTGAAAACATCAATTAACCCTTGTAATTACTGACTAAAATGAGGTTATATCTTCCTATATATAAACAAATATGGAGGAAGAGTTTATG
CGACAAATAAAATGTCCTGATTGTAATAAAAAATGTATTAAACATGGTGTTTTAAAATCTGGTTCTCAGCGTTGGTTTTGCAAACAGTGTAAGGTGGCAT
TTACCGTTAAAATTAATAATTTAAGTAAAGAGTTAAACCTATTCTTGAATTGGTTATTCAGCACCGATATTCAAGCTGATATGCCTGGTAAAGGTCGTAC
ATTTAGGCGTAAAACCGCTAAATTTTGGTCCATATGGCCATTGCCACCAAAAGTGGAAGAAGTACATGATGTAGTATATCTTGATGGAATTTACTTAGCT
AGGAATTTATGTGTGTTGATTTGTTGCAATGATACTCATGTTCTGGGATGGTATGTCTGCCGTTATGAGCATGCTAGAGCTTGGCAGTGCTTAATGGAAC
GGATTGCTGAACCTAAAGTCGTTGTATCTGATGGTGCTAATGGTTTACCTAAAGTATTACGTAAAGTTTGGCCTCATAGCAGTCACCAAAGATGCCTGTT
TCACATTTTTTGTCAGGTTAGACGATATACGACAAGTAGACCTAAAACGTTAGCTGGGAAAGACCTTTATAGTCTTGCCAAAGCTTTATTTAATGTGAAA
ACAATGGATCAAGCCTTTATATGGATTAATGAGCTTTCAGCGTGGCGAATGACATATTCTGATTTTTTACGAGAAATGACGATTGATGAATTCGGAAATA
AGCGCTCTACACATGAGCGTTTGCTTAAAGCTGAATCATCATTATGGCGCCTGATTAGGCAACAAACTTTATTTACATTTTTGGAATGCATTGATATTAC
AGTACCTACAACAAATAATCGTATTGAAGGTGGAGTAAATGCTCAACTAAGAAGTATGTTACGGGCTCATAGGGGTCTTTCACTTGAAAGAAGACTAAAA
GCGGTCTATTGGTGGTGCTATATGCACTCACCAAGACCGCTTTCTATTTCAGATATATTAAATTGTATGCCTACAGATGAATCGATTGCTGCTATCTACA
AACGGTTATCTAGTTATTGCCAAATAGATCGTTCAATCCCTCAATGGGGTGATGCTCCTGTTTGGAATGAGCTACATATGTCTACAGATTTTCCAACTTA
TTGGGATTAGTCACACACACTTTTTGTCCTATAACCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1113 bp370 aa1981310+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MRQIKCPDCNKKCIKHGVLKSGSQRWFCKQCKVAFTVKINNLSKELNLFLNWLFSTDIQADMPGKGRTFRRKTAKFWSIWPLPPKVEEVHDVVYLDGIYL
ARNLCVLICCNDTHVLGWYVCRYEHARAWQCLMERIAEPKVVVSDGANGLPKVLRKVWPHSSHQRCLFHIFCQVRRYTTSRPKTLAGKDLYSLAKALFNV
KTMDQAFIWINELSAWRMTYSDFLREMTIDEFGNKRSTHERLLKAESSLWRLIRQQTLFTFLECIDITVPTTNNRIEGGVNAQLRSMLRAHRGLSLERRL
KAVYWWCYMHSPRPLSISDILNCMPTDESIAAIYKRLSSYCQIDRSIPQWGDAPVWNELHMSTDFPTYWD

 

Blast result :
Comments
ISVat1 is 53% aa similar to ISAar5.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Durkin,A.S., Madupu,R., Torralba,M., Gillis,M., Methe,B., Sutton,G. and Nelson,K.E. (2010) Direct submission GenBank.