ISGva1

  • Family IS256
  • Group IS1249
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_013721 ND Gardnerella vaginalis
Gardnerella vaginalis 409-05
DNA section
IS Length : 1373 bp

Ends


IR Length : 26

IRL : GGGTAATCGGCAAAAAAGTGTGTCTAAAAACCCGAGTTTTCGTTGAAATA
IRR : GGGTAATCGGCAAAAAAGTGTGTCTATTAATCGGCGTGTCTTTAACGCAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TGCAATCTATGTATATGGGCCACAATCA8

DNA sequence

GGGTAATCGGCAAAAAAGTGTGTCTAAAAACCCGAGTTTTCGTTGAAATACCAAGGGAAGCTCGCTGTCATTAAGCTAAAAAGCTTAACATTTAGTATTA
CTTGACATTGAAAACAAATAGAGGTATAAGGCGTGCGATGTGCTTAATACATGCCTAGATTAAGTAGTAAACGCTGCCCAATATGCTCTCATTCAATGAA
GAGAAATGGTAGAACACGTAAAGGTGCTATCCGTTGGAGATGTACTGCATGTGGAATGTCTTTTACAAGGAAACGTGAAGATATTACACATGCAGCACAA
TTCAATAAATTCATTCATTGGATTATGGGAAACCAGACTCAACGTGAAGCATGTCCTAGTGGTTCTGATAGAACATGGCGATATCGGATTGAATGGTGTT
GGAATGTTAAACCAGAATTACCCGAGACAGGCGAAATTTACGACTATGTTCAAATCGATGGAACATATCTCCCATATGGGTGGTGTTTATTAACCGCGGC
AAGCAAGGGTAAAGTTATTGCTTTGCAATGGTGCAATAGAGAAAATACTGAAGCATATAAGAGTTTACTTAATAATTTATTAGCTCCTACTGTTGTTGTT
ACTGACGGGAATGCTGGCGCGTTGAGCGCTATTAAACAAGTTTGGCCAGAGACTCGAGTACAACGCTGTTTAGTACATATTAAACGTAATATACGCGTAT
TAACTACAAGCAAGCCTAGGCTACAATCACATAAGGCTTTGTGGGGTTTAGCTAAAAAGTTAGTTAAAATCAGAACGTTGAAAGAATCTGATTTATGGGT
TAATTTACTACAGAAATCTTATAACCAGTGGAAAGATTGGCTTAACCAAAAAACGTTCCGTAAGAATGTCTCTGAAGAGAATATTCCTTCTTGGGTAAGA
AGTAATCAACAATGGTGGTATACGCACCAGAAAGCACGAAAAGCTTATAATCTGCTTGCTAAACAAGTTAAAAATGGTACGCTATTTACCTTTCTTGATC
CTCTACTATTAGAAAGCACTAGTGTTCCTATTCCTAGTACTACGAATGCTTTAGAAGGTGGTATAAATTCGCAGATAAAGAAATTGGTAAGTATTCATAA
AGGGTTATCTGAAGATCACATGCGTAGAGCTATAGAGTGGTGGTGTTACTTCAATAGTGAAAATCCTTCAGATCCTAAACAATTTATAACTGCTGAATGT
TTTAAACCAAAAAATAAAAAAATTATTATTGATAATAATCCAATCGGACCAGCTCATTTAGACACTGGATTTGACTTATGTAAATCTGACTATCATCCAG
ATATTTCAATCAGAAAAGGGACAATGCGTTAAAGACACGCCGATTAATAGACACACTTTTTTGCCGATTACCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1182 bp393 aa1511332+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MPRLSSKRCPICSHSMKRNGRTRKGAIRWRCTACGMSFTRKREDITHAAQFNKFIHWIMGNQTQREACPSGSDRTWRYRIEWCWNVKPELPETGEIYDYV
QIDGTYLPYGWCLLTAASKGKVIALQWCNRENTEAYKSLLNNLLAPTVVVTDGNAGALSAIKQVWPETRVQRCLVHIKRNIRVLTTSKPRLQSHKALWGL
AKKLVKIRTLKESDLWVNLLQKSYNQWKDWLNQKTFRKNVSEENIPSWVRSNQQWWYTHQKARKAYNLLAKQVKNGTLFTFLDPLLLESTSVPIPSTTNA
LEGGINSQIKKLVSIHKGLSEDHMRRAIEWWCYFNSENPSDPKQFITAECFKPKNKKIIIDNNPIGPAHLDTGFDLCKSDYHPDISIRKGTMR

 

Blast result :
Comments
ISGva1 is 59% aa similar to ISAar5.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Durkin,A.S., Madupu,R., Torralba,M., Methe,B., Sutton,G., Strausberg,R.L. and Nelson,K.E. (2010) Direct submission GenBank.