ISGva1
- Family IS256
- Group IS1249
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_013721 | ND | Gardnerella vaginalis | Gardnerella vaginalis 409-05 |
DNA section
IS Length : 1373 bp
Ends
IR Length : 26
IRL : GGGTAATCGGCAAAAAAGTGTGTCTAAAAACCCGAGTTTTCGTTGAAATA
IRR : GGGTAATCGGCAAAAAAGTGTGTCTATTAATCGGCGTGTCTTTAACGCAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TGCAATCTAT | GTATATGG | GCCACAATCA | 8 |
DNA sequence
GGGTAATCGGCAAAAAAGTGTGTCTAAAAACCCGAGTTTTCGTTGAAATACCAAGGGAAGCTCGCTGTCATTAAGCTAAAAAGCTTAACATTTAGTATTA
CTTGACATTGAAAACAAATAGAGGTATAAGGCGTGCGATGTGCTTAATACATGCCTAGATTAAGTAGTAAACGCTGCCCAATATGCTCTCATTCAATGAA
GAGAAATGGTAGAACACGTAAAGGTGCTATCCGTTGGAGATGTACTGCATGTGGAATGTCTTTTACAAGGAAACGTGAAGATATTACACATGCAGCACAA
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CTCTACTATTAGAAAGCACTAGTGTTCCTATTCCTAGTACTACGAATGCTTTAGAAGGTGGTATAAATTCGCAGATAAAGAAATTGGTAAGTATTCATAA
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TTTAAACCAAAAAATAAAAAAATTATTATTGATAATAATCCAATCGGACCAGCTCATTTAGACACTGGATTTGACTTATGTAAATCTGACTATCATCCAG
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ATATTTCAATCAGAAAAGGGACAATGCGTTAAAGACACGCCGATTAATAGACACACTTTTTTGCCGATTACCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1182 bp | 393 aa | 151 | 1332 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPRLSSKRCPICSHSMKRNGRTRKGAIRWRCTACGMSFTRKREDITHAAQFNKFIHWIMGNQTQREACPSGSDRTWRYRIEWCWNVKPELPETGEIYDYV
QIDGTYLPYGWCLLTAASKGKVIALQWCNRENTEAYKSLLNNLLAPTVVVTDGNAGALSAIKQVWPETRVQRCLVHIKRNIRVLTTSKPRLQSHKALWGL
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Blast result :
Comments
ISGva1 is 59% aa similar to ISAar5.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Durkin,A.S., Madupu,R., Torralba,M., Methe,B., Sutton,G., Strausberg,R.L. and Nelson,K.E. (2010) Direct submission GenBank.
2] Durkin,A.S., Madupu,R., Torralba,M., Methe,B., Sutton,G., Strausberg,R.L. and Nelson,K.E. (2010) Direct submission GenBank.