ISLcr1

  • Family ISLre2
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_014106 ND Lactobacillus crispatus
Lactobacillus crispatus ST1
DNA section
IS Length : 1597 bp

Ends


IR Length : 22/29

IRL : CTAAGTGTATAATTTTTTGCGGTAAGTTGAATAAATAATTAAAAAGCTCA
IRR : GTAAGTGTCAATATTTTTGCGGTAGGCTGTGAACCATTAGTCTAACCTTA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
AGTGAACTGTACGAGCTAGTTGATTAATG9
TTCATAACCTAACTGTTGCACTTAATTTG9
TTATTCCTGCAAAGTAATGCCTAATATTG9
ATTTTCCCTGTCAAAAAGGACATCTCTTC9
TTCACGAGTGCTAGTTTTTT0

DNA sequence

CTAAGTGTATAATTTTTTGCGGTAAGTTGAATAAATAATTAAAAAGCTCAAGTCATTTGAATTTGGACTTGAGCTAAAACAAAAAGACCAGTAGTCTGAT
GTTAAGAACAAAAACACATTAGAAGCTGGTCTTTTATGGAATCTATTATAACTGATATCGTGAAAATTATTAAGTCTGAAAATAATGTTATTGCTCGTGA
AAAGGCATTAATGTGCTATTTCTTTAATCTAATTAGAGAATTAATGAAACTAGCGCTAGAAGAAGTTGATGCTGGTTTAGTTGAGGAGACTAAAAAGCAA
GGCTATCAGATTGAAAAGAAAAATAAGCGTTCAGTTGTAACTGTCTTTGGAGAGATTAGCTATTGGCGCAGGAGATATATTTGTCCAGGCAAAAAGGCTA
AATACCCGCTGGATGAGCTGATGGGCTATGACAAGTATAAGCGTTATAGTGTTTTAGCAGTGAAGGATGTTTTACAGGTTAGTGCTGTGGCAACTTACCG
TAACACTGCTTTGGCAGTTAATACCCTTTCTTGTTTTAACATTAGTCATAGTCAAGTTGGCAAACTGATAGTTCAAGCAGGCAAACTGATTAAAAACCAA
AAACAGTCGGAAGAAAGATACGATGGCATTACCCAAAGGAAAAAGGTGCCAGTACTTTATCTTGAAGGCGATGGTGTTGTGATTAAGGGCACCAAGAAAC
GGCTAGAGTTTCATCGCTATCAAGTCTGTGAGGATATTATTAATTTAAGCCAAAAGCGCAGGAAGAGAGTTCAGGCCAAAGAGTTTGTTTCTTTAAGCCG
CTTGGATGCTTTGCAAGAAATTAAAACCTATTTAGCTAATACCTATGACTTAAGCGATACTTTAATCATCAGTAATGCCGATGGCGGTGCCGGTTATGCC
AAGAAAGATTTTGATGAAATAGTTGGTTATTGCCGGCAGCACGAACACTTCTTGGATGTCTTTCACTTGAATAAAAAAATTAAGGACCGTCTAAGCTTTA
TGCCAGCTATGCAAGGCAAATTGATCAGCGCAGTTGAGTTTAAATATGATCGTCACTTAACTGATGTAATTTTAGACACGATTGAAAGCAATCTGATTGA
TGAACTGAATACGCCAGAAAATCATGAAAACCTAAAGCTTCTGCGCAGCTATCTTCATCGTCGCTGGGCGGATATAAAACCATTCAAAATGCGTCATTTG
TCGGTAATTAAAGCAATTGGCTGCTGTGAAAGCAATCATCGCAAATATACCTATCGCGTCAAAGGGCAAGGAAAATACTGGTCAGAAGATGGTGCCGAAG
GAATCTTGCGTGTACTGACTTGTATTAAAAACAATGAACTGGAATACTGGCTTAGCAGTGAGTTCGCTGGTGGACAGCTGGATATTGGTGATCAGGAAGA
ATTGAAAGGTGCAGTTCGTACTAGTCTAAGAAAGATGCATGAAACCCATCTGGGCATTCATCATGGAATAATTGAAAGTTTAACGGCAGGTCATAGCTAT
TTGAATGATTTCGGTAGGGAAATAAATCAGATAAATATTTAAGAAATTAAGGTTAGACTAATGGTTCACAGCCTACCGCAAAAATATTGACACTTAC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1407 bp468 aa1361542+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MESIITDIVKIIKSENNVIAREKALMCYFFNLIRELMKLALEEVDAGLVEETKKQGYQIEKKNKRSVVTVFGEISYWRRRYICPGKKAKYPLDELMGYDK
YKRYSVLAVKDVLQVSAVATYRNTALAVNTLSCFNISHSQVGKLIVQAGKLIKNQKQSEERYDGITQRKKVPVLYLEGDGVVIKGTKKRLEFHRYQVCED
IINLSQKRRKRVQAKEFVSLSRLDALQEIKTYLANTYDLSDTLIISNADGGAGYAKKDFDEIVGYCRQHEHFLDVFHLNKKIKDRLSFMPAMQGKLISAV
EFKYDRHLTDVILDTIESNLIDELNTPENHENLKLLRSYLHRRWADIKPFKMRHLSVIKAIGCCESNHRKYTYRVKGQGKYWSEDGAEGILRVLTCIKNN
ELEYWLSSEFAGGQLDIGDQEELKGAVRTSLRKMHETHLGIHHGIIESLTAGHSYLNDFGREINQINI

 

Blast result :
Comments
ISLcr1 is 95% aa similar to ISLhe10.
ISs of ISLre2 family preferentially insert in intergenic region, 15 to 17 bp upstream the -35 box of sigmaA promoters. [2][3][4]
References