ISLcr1
- Family ISLre2
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_014106 | ND | Lactobacillus crispatus | Lactobacillus crispatus ST1 |
DNA section
IS Length : 1597 bp
Ends
IR Length : 22/29
IRL : CTAAGTGTATAATTTTTTGCGGTAAGTTGAATAAATAATTAAAAAGCTCA
IRR : GTAAGTGTCAATATTTTTGCGGTAGGCTGTGAACCATTAGTCTAACCTTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AGTGAACTGT | ACGAGCTAG | TTGATTAATG | 9 |
TTCATAACCT | AACTGTTGC | ACTTAATTTG | 9 |
TTATTCCTGC | AAAGTAATG | CCTAATATTG | 9 |
ATTTTCCCTG | TCAAAAAGG | ACATCTCTTC | 9 |
TTCACGAGTG | CTAGTTTTTT | 0 |
DNA sequence
CTAAGTGTATAATTTTTTGCGGTAAGTTGAATAAATAATTAAAAAGCTCAAGTCATTTGAATTTGGACTTGAGCTAAAACAAAAAGACCAGTAGTCTGAT
GTTAAGAACAAAAACACATTAGAAGCTGGTCTTTTATGGAATCTATTATAACTGATATCGTGAAAATTATTAAGTCTGAAAATAATGTTATTGCTCGTGA
AAAGGCATTAATGTGCTATTTCTTTAATCTAATTAGAGAATTAATGAAACTAGCGCTAGAAGAAGTTGATGCTGGTTTAGTTGAGGAGACTAAAAAGCAA
GGCTATCAGATTGAAAAGAAAAATAAGCGTTCAGTTGTAACTGTCTTTGGAGAGATTAGCTATTGGCGCAGGAGATATATTTGTCCAGGCAAAAAGGCTA
AATACCCGCTGGATGAGCTGATGGGCTATGACAAGTATAAGCGTTATAGTGTTTTAGCAGTGAAGGATGTTTTACAGGTTAGTGCTGTGGCAACTTACCG
TAACACTGCTTTGGCAGTTAATACCCTTTCTTGTTTTAACATTAGTCATAGTCAAGTTGGCAAACTGATAGTTCAAGCAGGCAAACTGATTAAAAACCAA
AAACAGTCGGAAGAAAGATACGATGGCATTACCCAAAGGAAAAAGGTGCCAGTACTTTATCTTGAAGGCGATGGTGTTGTGATTAAGGGCACCAAGAAAC
GGCTAGAGTTTCATCGCTATCAAGTCTGTGAGGATATTATTAATTTAAGCCAAAAGCGCAGGAAGAGAGTTCAGGCCAAAGAGTTTGTTTCTTTAAGCCG
CTTGGATGCTTTGCAAGAAATTAAAACCTATTTAGCTAATACCTATGACTTAAGCGATACTTTAATCATCAGTAATGCCGATGGCGGTGCCGGTTATGCC
AAGAAAGATTTTGATGAAATAGTTGGTTATTGCCGGCAGCACGAACACTTCTTGGATGTCTTTCACTTGAATAAAAAAATTAAGGACCGTCTAAGCTTTA
TGCCAGCTATGCAAGGCAAATTGATCAGCGCAGTTGAGTTTAAATATGATCGTCACTTAACTGATGTAATTTTAGACACGATTGAAAGCAATCTGATTGA
TGAACTGAATACGCCAGAAAATCATGAAAACCTAAAGCTTCTGCGCAGCTATCTTCATCGTCGCTGGGCGGATATAAAACCATTCAAAATGCGTCATTTG
TCGGTAATTAAAGCAATTGGCTGCTGTGAAAGCAATCATCGCAAATATACCTATCGCGTCAAAGGGCAAGGAAAATACTGGTCAGAAGATGGTGCCGAAG
GAATCTTGCGTGTACTGACTTGTATTAAAAACAATGAACTGGAATACTGGCTTAGCAGTGAGTTCGCTGGTGGACAGCTGGATATTGGTGATCAGGAAGA
ATTGAAAGGTGCAGTTCGTACTAGTCTAAGAAAGATGCATGAAACCCATCTGGGCATTCATCATGGAATAATTGAAAGTTTAACGGCAGGTCATAGCTAT
TTGAATGATTTCGGTAGGGAAATAAATCAGATAAATATTTAAGAAATTAAGGTTAGACTAATGGTTCACAGCCTACCGCAAAAATATTGACACTTAC
GTTAAGAACAAAAACACATTAGAAGCTGGTCTTTTATGGAATCTATTATAACTGATATCGTGAAAATTATTAAGTCTGAAAATAATGTTATTGCTCGTGA
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1407 bp | 468 aa | 136 | 1542 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MESIITDIVKIIKSENNVIAREKALMCYFFNLIRELMKLALEEVDAGLVEETKKQGYQIEKKNKRSVVTVFGEISYWRRRYICPGKKAKYPLDELMGYDK
YKRYSVLAVKDVLQVSAVATYRNTALAVNTLSCFNISHSQVGKLIVQAGKLIKNQKQSEERYDGITQRKKVPVLYLEGDGVVIKGTKKRLEFHRYQVCED
IINLSQKRRKRVQAKEFVSLSRLDALQEIKTYLANTYDLSDTLIISNADGGAGYAKKDFDEIVGYCRQHEHFLDVFHLNKKIKDRLSFMPAMQGKLISAV
EFKYDRHLTDVILDTIESNLIDELNTPENHENLKLLRSYLHRRWADIKPFKMRHLSVIKAIGCCESNHRKYTYRVKGQGKYWSEDGAEGILRVLTCIKNN
ELEYWLSSEFAGGQLDIGDQEELKGAVRTSLRKMHETHLGIHHGIIESLTAGHSYLNDFGREINQINI
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Blast result :
Comments
ISLcr1 is 95% aa similar to ISLhe10.
ISs of ISLre2 family preferentially insert in intergenic region, 15 to 17 bp upstream the -35 box of sigmaA promoters. [2][3][4]
ISs of ISLre2 family preferentially insert in intergenic region, 15 to 17 bp upstream the -35 box of sigmaA promoters. [2][3][4]
References