ISCni1

  • Family IS256
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_014749 ND Calditerrivibrio nitroreducens
Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672
Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 plasmid pCALNI01
DNA section
IS Length : 1253 bp

Ends


IR Length : 20/24

IRL : GGTAGTGTATAATTAATTGTGTCATTGAAATCCCCCTTGAAGGGTTGTAG
IRR : GGTAATGTCAACTTAATTGTGTCAACCATCACCCTTGAAGCATTTTTATC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CAAAAGATATGGGAGTAGTC0
AATAAAAACACAATTTGTTATTTACTTT8
CCTTTGAATTTTAGATTTTCTTTTTTAA8
TATTTTTAGAATTATTTTCTTTAATTCT8
AAGTTAAATATAGCAATAGTATTGCGGAT9
CAATTCATCAAATCCAAATGTTAGGTTT8

DNA sequence

GGTAGTGTATAATTAATTGTGTCATTGAAATCCCCCTTGAAGGGTTGTAGTATTTATCTACAACGAACAAGATAAAAAACCCTTCAAAGGAGGACTTTAA
AATGGATAATATAATAATAAATGAATTATCCAAATATTTCAAGTCAATGATACAAGAAATAATGCTAAGTGAAAGAGAAAAATACTTGAAAGAACACTCA
GAAACAAGAGGGAATGGGTACTACATAAGAACACCTAAAACTATATTGGGCGATATGGAGCTTGAAATACCAAGAACACGTGATGGTAATTTTAAGCCAT
CCATAATTCCAGAGCGGAAAAGAGTTACTTTTATGTTAGATGATGTGATAAGAGCATTGTTTACTGCTGGCTTAAGCTCGAGGAAGACAGGAGAAGTAAT
AAGAAACCTTATGGGTACTTCTGTATCAGCTTCGTTTGTAAGTTCAAATTTAGAGATATCAGAAGAAGTTATAAGTAAATTTATGAATAGAGAACTTACA
GAAAATTATCCTGTAATTTACATAGATGCCACTTATATTTCGTTGAAGAGGGATACCGTATCTAAAGAATCTGTTTATGTTGTGTTAGGTCTTAGTACAG
ATGGCAGACGTGAAATATTGACATATTGTTTACCTGGTGGAGATGAGAAATCATCGGTATGGAGAGATATCTTTATAAATTTGACCAACAGAGGATTGAG
AGGTGTAAAAATGGTCATTAGTGATGATTTACCTGGTATAGGAGAAGTAATTAAAGAAGTATTTCCCAATGCCGACCATCAGCTTTGCTGGTTTCATTTG
AAGAAAAATATTAAGAATAAAGTCAGAAAATCAGATTTTGATGAGATATTAAAAGAATTGGAGTATGTATTTGAATCTAACAACGAAGATGAAGCTAAAA
GTCGGCTACATGCCTTTATCAACAAATGGAGCAAGCTTTATAGATACTTTAATAACTTGAGAGATAAAATAAATAGTTATTGTTACTTTTTTAAATTTCA
TCCTAAATTAAGGAGTTATTTTAGTACCACAAATTGGTTAGAGAGATGTTTTAAGGAACTTAAAGACAATATAAGAATTAGGGGGTATTTTCATTCTGAA
GAGAGTGCAAATAAGTTTTTATATCTATTTTTTAGTGATAAAAGTTTAAAATATCATGAGAGAAAATTAAGGTACTCAAATATAATAGAGGAGACTCTTA
ATGGATAAAAATGCTTCAAGGGTGATGGTTGACACAATTAAGTTGACATTACC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1107 bp368 aa1021208+No
ORF function : Transposase
Description :

ORF sequence :

MDNIIINELSKYFKSMIQEIMLSEREKYLKEHSETRGNGYYIRTPKTILGDMELEIPRTRDGNFKPSIIPERKRVTFMLDDVIRALFTAGLSSRKTGEVI
RNLMGTSVSASFVSSNLEISEEVISKFMNRELTENYPVIYIDATYISLKRDTVSKESVYVVLGLSTDGRREILTYCLPGGDEKSSVWRDIFINLTNRGLR
GVKMVISDDLPGIGEVIKEVFPNADHQLCWFHLKKNIKNKVRKSDFDEILKELEYVFESNNEDEAKSRLHAFINKWSKLYRYFNNLRDKINSYCYFFKFH
PKLRSYFSTTNWLERCFKELKDNIRIRGYFHSEESANKFLYLFFSDKSLKYHERKLRYSNIIEETLNG

 

Blast result :
Comments
ISCni1 is 55% aa similar to ISEf1.
References