ISCni1
- Family IS256
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_014749 | ND | Calditerrivibrio nitroreducens | Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672
Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 plasmid pCALNI01 |
DNA section
IS Length : 1253 bp
Ends
IR Length : 20/24
IRL : GGTAGTGTATAATTAATTGTGTCATTGAAATCCCCCTTGAAGGGTTGTAG
IRR : GGTAATGTCAACTTAATTGTGTCAACCATCACCCTTGAAGCATTTTTATC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CAAAAGATAT | GGGAGTAGTC | 0 | |
AATAAAAACA | CAATTTGT | TATTTACTTT | 8 |
CCTTTGAATT | TTAGATTT | TCTTTTTTAA | 8 |
TATTTTTAGA | ATTATTTT | CTTTAATTCT | 8 |
AAGTTAAATA | TAGCAATAG | TATTGCGGAT | 9 |
CAATTCATCA | AATCCAAA | TGTTAGGTTT | 8 |
DNA sequence
GGTAGTGTATAATTAATTGTGTCATTGAAATCCCCCTTGAAGGGTTGTAGTATTTATCTACAACGAACAAGATAAAAAACCCTTCAAAGGAGGACTTTAA
AATGGATAATATAATAATAAATGAATTATCCAAATATTTCAAGTCAATGATACAAGAAATAATGCTAAGTGAAAGAGAAAAATACTTGAAAGAACACTCA
GAAACAAGAGGGAATGGGTACTACATAAGAACACCTAAAACTATATTGGGCGATATGGAGCTTGAAATACCAAGAACACGTGATGGTAATTTTAAGCCAT
CCATAATTCCAGAGCGGAAAAGAGTTACTTTTATGTTAGATGATGTGATAAGAGCATTGTTTACTGCTGGCTTAAGCTCGAGGAAGACAGGAGAAGTAAT
AAGAAACCTTATGGGTACTTCTGTATCAGCTTCGTTTGTAAGTTCAAATTTAGAGATATCAGAAGAAGTTATAAGTAAATTTATGAATAGAGAACTTACA
GAAAATTATCCTGTAATTTACATAGATGCCACTTATATTTCGTTGAAGAGGGATACCGTATCTAAAGAATCTGTTTATGTTGTGTTAGGTCTTAGTACAG
ATGGCAGACGTGAAATATTGACATATTGTTTACCTGGTGGAGATGAGAAATCATCGGTATGGAGAGATATCTTTATAAATTTGACCAACAGAGGATTGAG
AGGTGTAAAAATGGTCATTAGTGATGATTTACCTGGTATAGGAGAAGTAATTAAAGAAGTATTTCCCAATGCCGACCATCAGCTTTGCTGGTTTCATTTG
AAGAAAAATATTAAGAATAAAGTCAGAAAATCAGATTTTGATGAGATATTAAAAGAATTGGAGTATGTATTTGAATCTAACAACGAAGATGAAGCTAAAA
GTCGGCTACATGCCTTTATCAACAAATGGAGCAAGCTTTATAGATACTTTAATAACTTGAGAGATAAAATAAATAGTTATTGTTACTTTTTTAAATTTCA
TCCTAAATTAAGGAGTTATTTTAGTACCACAAATTGGTTAGAGAGATGTTTTAAGGAACTTAAAGACAATATAAGAATTAGGGGGTATTTTCATTCTGAA
GAGAGTGCAAATAAGTTTTTATATCTATTTTTTAGTGATAAAAGTTTAAAATATCATGAGAGAAAATTAAGGTACTCAAATATAATAGAGGAGACTCTTA
ATGGATAAAAATGCTTCAAGGGTGATGGTTGACACAATTAAGTTGACATTACC
AATGGATAATATAATAATAAATGAATTATCCAAATATTTCAAGTCAATGATACAAGAAATAATGCTAAGTGAAAGAGAAAAATACTTGAAAGAACACTCA
GAAACAAGAGGGAATGGGTACTACATAAGAACACCTAAAACTATATTGGGCGATATGGAGCTTGAAATACCAAGAACACGTGATGGTAATTTTAAGCCAT
CCATAATTCCAGAGCGGAAAAGAGTTACTTTTATGTTAGATGATGTGATAAGAGCATTGTTTACTGCTGGCTTAAGCTCGAGGAAGACAGGAGAAGTAAT
AAGAAACCTTATGGGTACTTCTGTATCAGCTTCGTTTGTAAGTTCAAATTTAGAGATATCAGAAGAAGTTATAAGTAAATTTATGAATAGAGAACTTACA
GAAAATTATCCTGTAATTTACATAGATGCCACTTATATTTCGTTGAAGAGGGATACCGTATCTAAAGAATCTGTTTATGTTGTGTTAGGTCTTAGTACAG
ATGGCAGACGTGAAATATTGACATATTGTTTACCTGGTGGAGATGAGAAATCATCGGTATGGAGAGATATCTTTATAAATTTGACCAACAGAGGATTGAG
AGGTGTAAAAATGGTCATTAGTGATGATTTACCTGGTATAGGAGAAGTAATTAAAGAAGTATTTCCCAATGCCGACCATCAGCTTTGCTGGTTTCATTTG
AAGAAAAATATTAAGAATAAAGTCAGAAAATCAGATTTTGATGAGATATTAAAAGAATTGGAGTATGTATTTGAATCTAACAACGAAGATGAAGCTAAAA
GTCGGCTACATGCCTTTATCAACAAATGGAGCAAGCTTTATAGATACTTTAATAACTTGAGAGATAAAATAAATAGTTATTGTTACTTTTTTAAATTTCA
TCCTAAATTAAGGAGTTATTTTAGTACCACAAATTGGTTAGAGAGATGTTTTAAGGAACTTAAAGACAATATAAGAATTAGGGGGTATTTTCATTCTGAA
GAGAGTGCAAATAAGTTTTTATATCTATTTTTTAGTGATAAAAGTTTAAAATATCATGAGAGAAAATTAAGGTACTCAAATATAATAGAGGAGACTCTTA
ATGGATAAAAATGCTTCAAGGGTGATGGTTGACACAATTAAGTTGACATTACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1107 bp | 368 aa | 102 | 1208 | + | No |
Description :
ORF sequence :
MDNIIINELSKYFKSMIQEIMLSEREKYLKEHSETRGNGYYIRTPKTILGDMELEIPRTRDGNFKPSIIPERKRVTFMLDDVIRALFTAGLSSRKTGEVI
RNLMGTSVSASFVSSNLEISEEVISKFMNRELTENYPVIYIDATYISLKRDTVSKESVYVVLGLSTDGRREILTYCLPGGDEKSSVWRDIFINLTNRGLR
GVKMVISDDLPGIGEVIKEVFPNADHQLCWFHLKKNIKNKVRKSDFDEILKELEYVFESNNEDEAKSRLHAFINKWSKLYRYFNNLRDKINSYCYFFKFH
PKLRSYFSTTNWLERCFKELKDNIRIRGYFHSEESANKFLYLFFSDKSLKYHERKLRYSNIIEETLNG
RNLMGTSVSASFVSSNLEISEEVISKFMNRELTENYPVIYIDATYISLKRDTVSKESVYVVLGLSTDGRREILTYCLPGGDEKSSVWRDIFINLTNRGLR
GVKMVISDDLPGIGEVIKEVFPNADHQLCWFHLKKNIKNKVRKSDFDEILKELEYVFESNNEDEAKSRLHAFINKWSKLYRYFNNLRDKINSYCYFFKFH
PKLRSYFSTTNWLERCFKELKDNIRIRGYFHSEESANKFLYLFFSDKSLKYHERKLRYSNIIEETLNG
Blast result :
Comments
ISCni1 is 55% aa similar to ISEf1.
References