ISCcl1
- Family IS256
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_016627 | ND | Clostridium clariflavum | Clostridium clariflavum DSM 19732 |
DNA section
IS Length : 1581 bp
Ends
IR Length : 12/23
IRL : GAGGCTGTAAAAAATTTTGTGTATGGATGAGTAAGTGTTCTCCTTCTTGG
IRR : GGAGTATAAATAATTCTGTGTATCGGAATTTATGTAATCCTTCTTTAGCA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATCCCTCAAG | CTATTTTAC | ATAAAGTTTG | 9 |
DNA sequence
GAGGCTGTAAAAAATTTTGTGTATGGATGAGTAAGTGTTCTCCTTCTTGGCAAGAATTAATAAAAGAAAATGCTAAGGAGGAGAATTTTATGTCAACACT
ATCGAAAGAACATGTAAAACAATTAGTTCGGGAAAATAATTTCAAAAGTGTATCCGATGTAAATGCTTATCTAAAGGACATTTTTAAAGATATTATTCAG
GAGCTGCTTGAGGCAGAACTTGAAGCAAAATTAGGGTATGCCAAAGATGATATTGAAAGTAAGAATACCGACAATAGTCGTAACGGTTATACTCCAAAGA
CCATAAAAAGTGAATTTGGAGAAGTTGATATACAAGTACCAAGAGATCGCAAAGGAGAGTTTAAACCAAAAATCATCCCTAAATATCAGCGTGATGTTTC
TGGAATTGAAGAAAAAGTTATAGCTCTATATGCAAGAGGAATGTCTACAAGGGATATCAGTCAACAAATTGAAGATCTTTATGGATTTAGCCTGTCGGCT
GAGATGGTTAGTAAGATTACTGATAGAATTGCTCCAGAAATTAAGGAATGGCAACAAAGGCCGCTTGAGCCTATATACTCTTTTATCTTTATGGATGCAA
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AAGACCTAAAGGCTTTTAGTAATGATTTCAAAGAAGTATATCATGCCATTAATGAGGAAGTGGCATTAGATAAGCTATATGAGCTTAAAGATAAGTGGGG
AAAGGAATATCCTTATGCAATACGTAGTTGGGAAAATAACTGGGAGGTAATAAGCCCGTTTTTCAAATTTACAGAAGAAATAAGAAGAATAATTTATACT
ACAAATATAATTGAAGGACTGCATCGTCAGTTCCGTAAGGTAACAAAATCAAAATCAATATTCCCAACAGACAGTTCACTAGAAAAAATGTTGTATTTAG
CATCAATGAATGTAGTGAAGAAATGGACACAGCGTTATAAAAACTGGGATAGAGTGCTTAGCGAATTGATGATTCAATACGAGGGTAGGTTGGAAAGCTA
TATTTAAAAGCATTCACCCCCACCGCCCTAAAGGGCTCGTCCTCATTGCCGGACGGGCTAGACCTCACAAAATTAAAAACATGGGCTCAAAACACAAATA
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ATTCTGTAAACCTTGTCAACTTGAATGTACTTGCTAAAGAAGGATTACATAAATTCCGATACACAGAATTATTTATACTCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1218 bp | 405 aa | 90 | 1307 | + | No |
Description :
ORF sequence :
MSTLSKEHVKQLVRENNFKSVSDVNAYLKDIFKDIIQELLEAELEAKLGYAKDDIESKNTDNSRNGYTPKTIKSEFGEVDIQVPRDRKGEFKPKIIPKYQ
RDVSGIEEKVIALYARGMSTRDISQQIEDLYGFSLSAEMVSKITDRIAPEIKEWQQRPLEPIYSFIFMDAIHYKVRDNGRVVNRAAYVVLGVTIDGYKDI
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DKWGKEYPYAIRSWENNWEVISPFFKFTEEIRRIIYTTNIIEGLHRQFRKVTKSKSIFPTDSSLEKMLYLASMNVVKKWTQRYKNWDRVLSELMIQYEGR
LESYI
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Blast result :
Comments
ISCcl1 is 85% aa similar to ISTwi1.
References