ISDgi1
- Family IS256
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AGJQ01000002.1 | ND | Desulfotomaculum gibsoniae | Desulfotomaculum gibsoniae DSM 7213 |
DNA section
IS Length : 1488 bp
Ends
IR Length : 23/28
IRL : GAGAACGTAATTAATTTAGTGTAAATGGTTATAACTACCAATAAAGGAGA
IRR : GGGAGTGTAAATAATTCCGTGTAAATGGCTTGATCCCGCTATAAACTGGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTCTGAAAA | TATATGAA | TGCCGCAACC | 8 |
CAAAGTAAAT | CTTTTGAT | ATTGTAGAGT | 8 |
GGCAAAAACA | GCGGAGTC | CCGTGAAACT | 8 |
DNA sequence
GAGAACGTAATTAATTTAGTGTAAATGGTTATAACTACCAATAAAGGAGATGACCATTTATGCAAGCCATGCAAGACAAAACGATCAAGGAATTAGCAAA
GGATTGCCGCACCGTAGAAGACGTACATGAGATGCTCAAGAATCTATTCAAGGACACCTTGCAGCAGATATTCGAGGCTGAAATTGAAGAGCACCTCGGG
TATAAAAAACACAGCATTGAAGGCAATAATACTGGCAACAGTCGCAACGGTTACAATAAGAAGACTATCCAAACTAAGTTTGGCAAGACAGAAGTAGAAA
TCCCACGGGATCGTAATGGTGAATTTGAACCCAGGATTATCGGCAAATATGAAAAGACATCCAACCAGCTTGAAGACCAAATTATAGCCATGTACGCCAA
GGGTATGTCTACACGTGATATTGAGGACCACATGAGGGATATCTACGGTATCGACGTATCCCCTACCATGGTCAGCAAGATAACAGACAAAATACTACCG
ATGATTGCAGAGTGGCAGTCCCGGACACTTGACCGTATATACCCTATTGTTTTTCTTGATGCTATCCATTTCAAGGTTCGTAAAGATAACCGGATAATAA
ACAAGGCGGCCTATAGTGTGTTGGCCCTAAATATGGCTGGCCAAAAAGAAATACTTGGCATCTGGATTGGGGAAAATGAAAGTGCTAGCTTTTGGCTTGG
CGTATGTAATGATCTCAAAAGCAGGGGAGTGCAAGACATCCTGATTGCCTGTAAAGACGGGCTTTCCGGGTTTTCCGAGGCTATAAACACGGTTTTCCCC
AAAACCGAAATTCAGCTTTGTATCATTCACCAAATCCGTAATTCCCTAAAGTATGTGCCATACAAAGAACAAAAGGAACTGATGGCTGATCTTAAGCAAG
TATACCAGGCGTTAACCCTGGAAGAGGCCGAGTTAGCCTTTGAAATATTCAAAGAAAACTGGGGTAAAAGACATCCCATTATAATTCGTTCTTGGGAGAA
GAATTGGCTTGAATTAACAGCTTATTTTAAATACCCATATGAAATCCGTAAAATGATTTATACTACTAATATCATCGAGGGTTACCACCGGCAACTACGG
AAAGTAACCAAAACTAAAACTGCCTATCCAACAGACGATGCACTGAAAAAAATTATTTACCTGGCCACCGTTGAAGCAGCCAAAAAATGGACTATGCCAG
TTAAAGATTGGAAAAATTGCATCTCCCAATTTGCCATATACTTTGGTGATAGGATAGAATCAGAGATGGCTATATAAAAAAATTGAGTTTTACGCTTTTG
TTCTCCTCAAGGATAAATGTAAGGGATGAGGGGCAACAGGTTACCCCTCTGCTATCCCCGGCAGAACCCCGTTAGGCGCTCAGGTTGCTCTCCAGCAGAG
CCTTACCCTCCTAGCGGGAAAGAGCCATTACTAGCTTAACCAGTTTATAGCGGGATCAAGCCATTTACACGGAATTATTTACACTCCC
GGATTGCCGCACCGTAGAAGACGTACATGAGATGCTCAAGAATCTATTCAAGGACACCTTGCAGCAGATATTCGAGGCTGAAATTGAAGAGCACCTCGGG
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1218 bp | 405 aa | 60 | 1277 | + | No |
Description :
ORF sequence :
MQAMQDKTIKELAKDCRTVEDVHEMLKNLFKDTLQQIFEAEIEEHLGYKKHSIEGNNTGNSRNGYNKKTIQTKFGKTEVEIPRDRNGEFEPRIIGKYEKT
SNQLEDQIIAMYAKGMSTRDIEDHMRDIYGIDVSPTMVSKITDKILPMIAEWQSRTLDRIYPIVFLDAIHFKVRKDNRIINKAAYSVLALNMAGQKEILG
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SEMAI
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SEMAI
Blast result :
Comments
ISDgi1 is 95% aa similar to ISPeth4.
References