ISCbo6
- Family IS607
- Group
Isoform Synonym(s) ISCbo13, ISCbo7
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_015417 | ND | Clostridium | Clostridium botulinum type C 08-BKT015925 plasmid p1BKT015925 Clostridium botulinum C/D Sp77 plasmid p2CbSp77 |
DNA section
IS Length : 1981 bp
Ends
IR Length : 25/31
IRL : ACAGTTAACAAAACCTTATATAAGTTTATAAAACTTTATTGAAATTATAT
IRR : ACCGTTGCCAAAACCTTATAAAACTCTATAAGGTTGTTTAATTCCCTGTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TATAAAGAGGAGGGTT | AAAA | CAACATGACGTATTT | 4 |
DNA sequence
ACAGTTAACAAAACCTTATATAAGTTTATAAAACTTTATTGAAATTATATAATATTTATGTTATAATAAATTCAGAGGTGATATAAATGAAATATTATTC
TATAGGGCAATTTTCAAAATTAATAGGTAAAACTTCTCAAACATTAAGAGAATGGGATAAAAAAAATATATTAAAACCACATCATGTAGCACCAACGGGG
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CAAAGTAGCTTAGGCAAAATGGAACAGGTTGAACAGGGAATTAAACAACCTTATAGAGTTTTATAAGGTTTTGGCAACGGT
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
627 bp | 208 aa | 87 | 713 | + | No |
Chemistry : Serine
ORF sequence :
MKYYSIGQFSKLIGKTSQTLREWDKKNILKPHHVAPTGYRYYSQEQLNHFLGLKSEVQLNKKTIGYCRVSSHKQKDDLERQIENVKTYMFAKGYQFEIIT
DIGSGINYNKKGLNQLIDMITNSEVEKVVILYKDRLIRFGYELIENLCNKYGTTIEIIDNTEKSEEQELVEDLIQIVTVFSCRLQGKRANKAKKMIKELI
EDDTFKES
DIGSGINYNKKGLNQLIDMITNSEVEKVVILYKDRLIRFGYELIENLCNKYGTTIEIIDNTEKSEEQELVEDLIQIVTVFSCRLQGKRANKAKKMIKELI
EDDTFKES
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1134 bp | 377 aa | 691 | 1824 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MILSKKVRLYPTEIQEQKLWQSVGTARFIYNWTLNRQQENYKNGGKFIKDGDLRKEITLMKKIEEYKWLSEVSNNVAKQAVKDCCNAYKNFFKGLKDKPC
FKSRKKSKPSFYNDNVKLKVKTKLVNIEKVGWIKTKEQIPMNVKYTNPRVSFDGKYWYISVGIEQEQPKIELTNESIGIDVGIKDLAICSNGMTFKNINK
SKEVKRLKKVLKRKQRKVSRKYEMNKIKKGGENRCQFKKTNNINKLRKEIKLLXRKLANIRSNHIHQATNKIVKTKPSRVVMETLNIKGMIKNKHLSKAV
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SKEVKRLKKVLKRKQRKVSRKYEMNKIKKGGENRCQFKKTNNINKLRKEIKLLXRKLANIRSNHIHQATNKIVKTKPSRVVMETLNIKGMIKNKHLSKAV
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Blast result :
Comments
ISCbo6 is 72% (ORFA : the resolvase) aa similar to ISCbt4 and 83% (ORFB) to ISBth15.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185.
2] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185.