ISCbo6

  • Family IS607
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s) ISCbo13, ISCbo7
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_015417 ND Clostridium
Clostridium botulinum type C 08-BKT015925 plasmid p1BKT015925
Clostridium botulinum C/D Sp77 plasmid p2CbSp77
DNA section
IS Length : 1981 bp

Ends


IR Length : 25/31

IRL : ACAGTTAACAAAACCTTATATAAGTTTATAAAACTTTATTGAAATTATAT
IRR : ACCGTTGCCAAAACCTTATAAAACTCTATAAGGTTGTTTAATTCCCTGTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TATAAAGAGGAGGGTTAAAACAACATGACGTATTT4

DNA sequence

ACAGTTAACAAAACCTTATATAAGTTTATAAAACTTTATTGAAATTATATAATATTTATGTTATAATAAATTCAGAGGTGATATAAATGAAATATTATTC
TATAGGGCAATTTTCAAAATTAATAGGTAAAACTTCTCAAACATTAAGAGAATGGGATAAAAAAAATATATTAAAACCACATCATGTAGCACCAACGGGG
TATAGGTATTATTCACAAGAGCAACTTAATCACTTCTTAGGGTTAAAGTCAGAAGTTCAACTAAATAAAAAAACTATTGGATATTGTAGAGTTAGTTCTC
ATAAACAAAAAGACGACCTTGAAAGACAAATTGAAAATGTTAAAACGTATATGTTTGCCAAAGGTTATCAGTTTGAGATTATAACAGATATAGGGAGTGG
AATTAACTACAATAAAAAGGGATTAAATCAACTAATCGACATGATAACTAATTCAGAGGTTGAAAAAGTGGTTATTCTATATAAAGATAGATTAATTAGA
TTTGGATATGAACTTATAGAAAATCTATGTAATAAATATGGAACAACTATTGAAATTATAGATAATACTGAAAAATCAGAAGAACAAGAGTTAGTTGAAG
ATTTAATTCAGATAGTTACAGTTTTTAGTTGTAGACTTCAAGGCAAGAGAGCAAATAAAGCTAAGAAAATGATTAAGGAGTTAATTGAAGATGATACTTT
CAAAGAAAGTTAGGTTATATCCAACAGAAATTCAAGAACAAAAATTATGGCAATCAGTTGGAACTGCAAGGTTTATATATAATTGGACTTTAAATAGACA
ACAAGAAAATTATAAAAATGGCGGTAAGTTTATTAAAGATGGTGATTTAAGAAAAGAAATTACTTTAATGAAGAAAATAGAGGAATACAAATGGCTAAGT
GAAGTATCAAACAATGTAGCAAAACAAGCTGTAAAAGATTGTTGTAATGCTTATAAAAATTTCTTTAAAGGACTTAAAGACAAACCATGTTTTAAAAGTA
GAAAGAAAAGTAAACCATCATTTTATAATGATAATGTTAAACTCAAAGTTAAAACGAAGTTGGTTAATATTGAAAAGGTAGGTTGGATAAAAACTAAAGA
GCAAATACCTATGAATGTTAAATATACCAATCCAAGAGTAAGTTTTGACGGAAAGTATTGGTATATATCGGTTGGAATAGAACAAGAACAACCTAAAATA
GAATTGACCAATGAAAGTATTGGTATAGATGTGGGAATTAAAGACCTTGCAATATGTTCAAATGGAATGACTTTTAAAAATATCAACAAAAGTAAAGAAG
TTAAAAGACTTAAAAAAGTATTAAAGAGAAAACAAAGAAAAGTTAGTCGCAAATATGAAATGAATAAAATAAAGAAAGGTGGTGAAAACCGTTGTCAATT
TAAAAAGACTAACAATATTAATAAACTTAGAAAAGAGATAAAATTACTTNATAGAAAGTTAGCTAACATAAGAAGTAATCATATTCACCAAGCAACGAAT
AAGATAGTGAAAACCAAGCCATCAAGAGTTGTTATGGAAACACTTAATATAAAAGGTATGATTAAAAATAAGCATTTGTCAAAAGCTGTTTCAGAGCAAT
GTTTATATGATTTTAAAGTTAAAATGCAATATAAATGTGAATTCTATGGAATTAAATTTGTTGAAGCAGATAAGTGGTATCCATCAAGTAAAACTTGTTC
ATGTTGTGGATCTATTAAGAAAGATTTAAAACTATCAGATAGAATTTATAAATGTGATTGTGGTCTTACTATTGATAGGGACTTTAACGCGAGTATAAAT
CTTTCAAGATATAAATTAGCATAGTATCACTAAAAAAAGATAATGCTAATATGTACCATTCGTTGTATGGGAATTTAAGCCCTTGGACTGTTATACAAAC
CAAAGTAGCTTAGGCAAAATGGAACAGGTTGAACAGGGAATTAAACAACCTTATAGAGTTTTATAAGGTTTTGGCAACGGT
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
627 bp208 aa87713+No
ORF function : Transposase
Chemistry : Serine

ORF sequence :

MKYYSIGQFSKLIGKTSQTLREWDKKNILKPHHVAPTGYRYYSQEQLNHFLGLKSEVQLNKKTIGYCRVSSHKQKDDLERQIENVKTYMFAKGYQFEIIT
DIGSGINYNKKGLNQLIDMITNSEVEKVVILYKDRLIRFGYELIENLCNKYGTTIEIIDNTEKSEEQELVEDLIQIVTVFSCRLQGKRANKAKKMIKELI
EDDTFKES

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1134 bp377 aa6911824+No
ORF function : Accessory Gene
AG : TnpB

ORF sequence :

MILSKKVRLYPTEIQEQKLWQSVGTARFIYNWTLNRQQENYKNGGKFIKDGDLRKEITLMKKIEEYKWLSEVSNNVAKQAVKDCCNAYKNFFKGLKDKPC
FKSRKKSKPSFYNDNVKLKVKTKLVNIEKVGWIKTKEQIPMNVKYTNPRVSFDGKYWYISVGIEQEQPKIELTNESIGIDVGIKDLAICSNGMTFKNINK
SKEVKRLKKVLKRKQRKVSRKYEMNKIKKGGENRCQFKKTNNINKLRKEIKLLXRKLANIRSNHIHQATNKIVKTKPSRVVMETLNIKGMIKNKHLSKAV
SEQCLYDFKVKMQYKCEFYGIKFVEADKWYPSSKTCSCCGSIKKDLKLSDRIYKCDCGLTIDRDFNASINLSRYKLA

 

Blast result :
Comments
ISCbo6 is 72% (ORFA : the resolvase) aa similar to ISCbt4 and 83% (ORFB) to ISBth15.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B. (2011) BMC Genomics 12 (1), 185.