ISDssp3
- Family ISAzo13
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
FR695875 | ND | Desulfobacterium sp. | Desulfobacterium sp. |
DNA section
IS Length : 1304 bp
Ends
IR Length : 20/27
IRL : GAGATTGTCATAAAACAACTATAACATTTATGTTGCATAATTTTCAAATT
IRR : GAGTCTGTCATAATATTATTGTAACATATTAGCTTGTGTTCGGTAAGATG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATTTATTTTGGT | TTA | GTATAATTTT | 3 |
TTTCTGTAATTG | TAA | GTCAATTTAG | 3 |
DNA sequence
GAGATTGTCATAAAACAACTATAACATTTATGTTGCATAATTTTCAAATTTGCTCCATGATTAGCTCATGGAAAAAGATAGAATATCAAAACGATTTAAA
ATCCTTGAGCCAATACTCAATGAACGGTTACGCAGGCATTTTGCGGCAGCCGAAGCAATGTCAATTGGCCGCGGTGGGATAACACTCGTTGCCGAAGCCA
CAGGTGTCTCACGCAGAGCAATAACAGAGGGCTGCAAAGAGATAAAAAATATTGGCAAAGAAGCTTTTGAGTCAAAAATTATCCGTAAAAAAGGAGCTGG
AAGAAAGAGAGCCGTTGAAAATCAGCCGTTGCTGCTAAAGGAACTTGAAAAGCTAATTGAGCCATATACGCGCGGGGATCCGGAATCACCTTTACGATGG
ACCTGTAAAAGTGTTCGAAAACTCTCGAAGGAATTAATAAAAAGGGGATTTGAGGCCAGTCATAATTTGGTAGCAGTACTTCTAAAGGACGCGGGCTACA
GTCTTCAATCCAATCAAAAAAGTTTGGAGGGCAGTAGCCATCCGGACAGGAATCGTCAGTTCGAGCATATTAACACTAAGGTCATAGAATTTCAGAAGGA
TGGACACGCTGTTATTTCTGTTGACACCAAAAAGAAGGAACTTGTCGGGCAGTATAAAAATAACGGAAAAGAATTACACCCCATGAAATCACCGGAAAAA
GTTAATGTCCATGATTTTGAAAACAAAAAACTCGGCAAGGTTGCTCCTTTTGGTATTTACGATCTGACACAAAACACCGGATTTATTAACCTGGGTACAG
ATGCTGACACATCTGCATTTGCTGTTGAAAGTATCCGGAAGTGGTGGTTTACCATGGGAAAGCCTTTATATCCTAATTCAAATAAGCTGCTAATCACAGC
AGATAGCGGCGGCAGTAACGGATACCGCAGAAAACTCTGGAAAACGGAATTGCAAAAGCTTTCATCTGAAATTGGGTGTTCTATATCGGTTTGTCACCTT
CCTCCGGGAACAAGTAAGTGGAATAAAATCGAGCATCGATTATTTTCCTTTATCAGCCAAAATTGGCGCGGCAAACCTCTTGTCAGCCATGAAGTTATCA
TTAGTCTAATTTCATCCACAACTACCCAAAAGGGTCTTATTGTAAAATGTGAACTGGATGAAAATAAGTATCCCAAAGGCATACAGGTATCTGATGAAGA
TCTTCTAAAAGTGAATATGAAGATGGATGATTTTCATGGAGAGTGGAATTACACCATCTTACCGAACACAAGCTAATATGTTACAATAATATTATGACAG
ACTC
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TCTTCTAAAAGTGAATATGAAGATGGATGATTTTCATGGAGAGTGGAATTACACCATCTTACCGAACACAAGCTAATATGTTACAATAATATTATGACAG
ACTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1209 bp | 402 aa | 68 | 1276 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MEKDRISKRFKILEPILNERLRRHFAAAEAMSIGRGGITLVAEATGVSRRAITEGCKEIKNIGKEAFESKIIRKKGAGRKRAVENQPLLLKELEKLIEPY
TRGDPESPLRWTCKSVRKLSKELIKRGFEASHNLVAVLLKDAGYSLQSNQKSLEGSSHPDRNRQFEHINTKVIEFQKDGHAVISVDTKKKELVGQYKNNG
KELHPMKSPEKVNVHDFENKKLGKVAPFGIYDLTQNTGFINLGTDADTSAFAVESIRKWWFTMGKPLYPNSNKLLITADSGGSNGYRRKLWKTELQKLSS
EIGCSISVCHLPPGTSKWNKIEHRLFSFISQNWRGKPLVSHEVIISLISSTTTQKGLIVKCELDENKYPKGIQVSDEDLLKVNMKMDDFHGEWNYTILPN
TS
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TS
Blast result :
Comments
ISDssp3 is 76% aa similar to ISDssp1. This IS is found in several clones of Uncultured Desulfobacterium sp.
References
1] ISfinder submission (2012)
2] Bergmann,F., Selesi,D., Weinmaier,T., Tischler,P., Rattei,T. and Meckenstock,R.U. (2011) Environ. Microbiol. 13 (5), 1125-1137
2] Bergmann,F., Selesi,D., Weinmaier,T., Tischler,P., Rattei,T. and Meckenstock,R.U. (2011) Environ. Microbiol. 13 (5), 1125-1137