ISfinder Mirror Site

ISCbo1

Family IS6
Group

MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)

Accession number	Transposition	Origin	Host
NC_015425	ND	Clostridium botulinum	Clostridium botulinum BKT015925

DNA section

IS Length : 1307 bp

Ends

IR Length : 20/25

IRL : CGTTCTGTTAAGTTATATGAACATTGATTCCCCTCAACCTATTGAAATAT
IRR : GGTTCTGTTAATTAATTATGAAAATATAGCTTTAAAAATCACAAAATTAC

Insertion site

Left flank	Direct repeat	Right flank	DR Length
TCATAATAATCCTCCATTTT	GAAATTTA	ACATTTAAAATAAAACTTTA	8
CATATGTTTTCCTCCTAATT	TTATCATT	TGCTTAAATCGTTTACTTTT	8
CATAAAAATCACTCCTTTTT	AATATTCT	AAATATAAACTTTATAATGT	8
ACATATACATCCTCCCCTTT	TTAATTTT	TATTTTTTCATAAGCTATTT	8
CATACAAAAACCTCCCTTTT	GTTTAAAT	GAATTAAATTCCATTAAAAT	8
TCATATTTCTCCTCCTATTT	CTAACTAA	ATAATTGAATCCATAGTGCT	8
CATTATGATTCCCCCTTTGA	GTAATATA	TTAATTAATAATATATTCTA	8
TCATAATATTCATCCCTTTC	CATAAATC	TATATTTTCTCAAAAAAAAC	8
TCATATTTTACCTCCTAAGA	TATGTACT	AATTATATGATTTTTCATTT	8
CTCATGTTTCCCTCCTAATA	TTTACATT	AAAGTCATTGTAATTAAATT	8
CATATACATACCTCCAGTCA	TTAAACTA	CATATTATATATACTTAACT	8
TCATAACACCCCTCCTTTAT	TAATTACC	ATTTCAATATTATAAACTAA	8
ATCATACATTTCTCCTTCTA	ATTATTTA	TTAATTTATATTATACTTTT	8

DNA sequence

CGTTCTGTTAAGTTATATGAACATTGATTCCCCTCAACCTATTGAAATATAATAGATTCACCACAAAAACATTACCTCCCAGAAAGGAGAGAGGACTCAA
TGAACAAAGCTAATAAAAAAATTACCTGTCCTAGATGTTACAGTCATAAGCTATATAAGTTTGGAAAAGACAAAGAAGGAAATCAAAAATATCAATGCAA
AGAGTGTAAAAGACAATTTGCACCATCGGCTACGCCGAAAGAGCGTCAGCTCAAGGATTATCCTCGTTGTCCTGTCTGTAACAAAGGAACCTTTATTCAT
CATAATTATTCAAATTATATTAACTATCGTTGTAACGATAAGAAATGTAATCATAGTTTTTTCGTGGCGAAGCCTACGGCTATAAGCCCATCAAGCAATA
CCTATCTACAAGGTAAACTTGATTTTAAAGGTATGCGCTTTCCGCTCCATATTATTTTAATGGCTTTAAACCTTTATTTTCTTAATGAAAGTTCTACAAG
ACATATATCTCAATATTTGTTTAGAACATTTAATGTAAAAGTATCTCATGTTACTATTGCAAGTTGGACTAAAAAGTTTGCTGCATATTTCAAATTGAAA
TCTGATAATTTATTTTATAATATTGACTTATCAGATTCTGATGAATGGCACGCAGATGAAACTGTTGTATTTATAAATGGCAAGAAACATTATCTATGGC
TTGTTATAGACTCAGAAAGTCGATTAATTATCTCTTATCATCTATCCCCATATAGAGATGCTAAACAAGCTTTTAGCCTTTTTAACGATGCTAAGAAATT
AGGATCTCCTAGAGCCATAGTTACTGATAGATTACCATCTTACAATATTCCAATAAAATCAGTATTCCAAGATACATTACACATAAAAGTACAATCTTTT
AAAGATGATATTTCAAACAATATTATTGAATCTTTTAATAAAACATTTAAGTCTTGGTATAAAGGTTTAAAAGGCTTTAACTCTTTTGATAGCGCCAATA
AGTTAATATCGGTATTTATATTTCACTATAATTTTATTCGTAATCATTCCTCACTACGTAGTTTAACACCAGCTGAAGTATCAGGAATCAATTATTCAGT
TAAAGCTAAAAATAATTGGTTATTAACTGCCTAACGGCTAACGCTATCGCTTTTAATTAAGTCTATTTATTTTTAAAAATCTATACATAGATAGGCTTTT
TTGTCATACCACAAAATATTAATTATATAATTTTTATTATTTAAAGTAAGTCGTATAGTAATTTTGTGATTTTTAAAGCTATATTTTCATAATTAATTAA
CAGAACC

Protein section

ORF number : 1

ORF 1

Length		Begin	End	Strand	Fusion ORF
1035 bp	344 aa	100	1134	+	No

ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MNKANKKITCPRCYSHKLYKFGKDKEGNQKYQCKECKRQFAPSATPKERQLKDYPRCPVCNKGTFIHHNYSNYINYRCNDKKCNHSFFVAKPTAISPSSN
TYLQGKLDFKGMRFPLHIILMALNLYFLNESSTRHISQYLFRTFNVKVSHVTIASWTKKFAAYFKLKSDNLFYNIDLSDSDEWHADETVVFINGKKHYLW
LVIDSESRLIISYHLSPYRDAKQAFSLFNDAKKLGSPRAIVTDRLPSYNIPIKSVFQDTLHIKVQSFKDDISNNIIESFNKTFKSWYKGLKGFNSFDSAN
KLISVFIFHYNFIRNHSSLRSLTPAEVSGINYSVKAKNNWLLTA

Blast result :

Comments

ISCbo1 is 70% aa similar to ISCpe7.

References

1] Hanna Skarin (2011) Direct submission.
2] ISfinder annotation (2011).
3] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B.(2011) BMC Genomics 12 (1), 185