ISWpi12
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Wolbachia pipientis | Wolbachia pipientis Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel |
DNA section
IS Length : 1384 bp
Ends
Left end : AATATTGTAAGTCAAAAATATGATATAAAGGAAATAAGAGGGAAAGATAACCCTACTCACTATAGGAATAGGGTTATCACGGGCGTGTGCGACCGGCAGA
Right end : ATAGAATTCTGTTTCTATGACAAACGGGTTTTTATTATCTATATGGTTGGGTAAAGTTGCAAAATTATACAAATAAAAAATTTAAAAAACATAGTTGATG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATAGCTCCAG | AACCGTGAGT | 0 | |
CCAACTCCAA | GAATGCAGAG | 0 | |
AAACATCAAG | GAATAAAGTT | 0 |
DNA sequence
AATATTGTAAGTCAAAAATATGATATAAAGGAAATAAGAGGGAAAGATAACCCTACTCACTATAGGAATAGGGTTATCACGGGCGTGTGCGACCGGCAGA
ATATTGGTATTACAACCGTGTCCATCAAGGTACACTAGCCCATCTCTCGATACGTTTGAATAGTTGTGTGGGACATGTATATGCACCCGTTTACAATCTT
AAATTAATTAAACTATCGAGGTTATAATGATTACATCTTATCAAAATTTTATTGGCATTGATATCGGGAAATTTAAAAATGTTGTTGCAGTTCACGAACA
GAAGAATACTGTAGGATTTGACAATAATACTTCTGGCTGGCAACAATTGTTTCAAAAGTTTTCAGATATCCTACCTAATTCTTTAGTAACTTTAGAAAAT
ACAGGAAAGTATGAGCTTGGTTTATTACATTTTCTTGTTGACAAAAATATTGCCACACATCGAGCTAATACCCGTAAAGTAAAAAGCTTTATCTTGTCTC
ACGGAACTTTAGCAAAGTCTGATAAATCAGATGCAAGAGCTCTTGCTCAATATGGATTTGAACGCCACAGCACTATCTCTCTATTTGTACCCACTTTTGA
AAATCAATCAACCTTGGTTGCACTTTGTCAACGTCGTGATGACATTACGCAAATGAGAGCTCAGGAAAAATGTAGACTGGCAGCACCTGAAAATGACCAT
ATAAAAGAAAGTTGTCAAAAAACTATCGAATTCTTTAATATTCAAATAGATGAACTCAATAATACTATACAAAAAATTATTGATGAAAGCCGTGAGTTAC
AACAACGTCAAAAAATCCTAAAAACAGTTCCTGGAATAGGTCCAAAGTTATCTCAAGATTTTCTCTGTTTAATGCCAGAGCTTGGTTACTTAAGCAGGAG
AGAAGTTGCAAGCCTTGCTGGGGTTGCACCTTATCCAAAAGAAAGTGGTAAAACTATTGGATACCGAAGAATAACAGGTGGTAGAAGCAATGTTCGTGCA
AAACTTTTTACATCTGCCATGGCTGCTGCAAAGTCCAAATCTGTACTTGGTGCCTTTTATTCTAAGCTTGTTGAAAGTGGTAAGAAGAAGATGGTAGCTA
TAACAGCTCTAATGCGTAAAATTATAGTAATTGCTAACGCAAGGCTTAAAGAAGCAATTAATTTGAATATTTAAAATTTACATAGCAGTAATTGAAATGA
ATATTGTGAATAAGCACGTCCGCACAAACTTAAAGTGCTTATTCACAATAGCTTAAACGGAAATTGTTGCAGCAGCTGTTTGATATAGAATTCTGTTTCT
ATGACAAACGGGTTTTTATTATCTATATGGTTGGGTAAAGTTGCAAAATTATACAAATAAAAAATTTAAAAAACATAGTTGATG
ATATTGGTATTACAACCGTGTCCATCAAGGTACACTAGCCCATCTCTCGATACGTTTGAATAGTTGTGTGGGACATGTATATGCACCCGTTTACAATCTT
AAATTAATTAAACTATCGAGGTTATAATGATTACATCTTATCAAAATTTTATTGGCATTGATATCGGGAAATTTAAAAATGTTGTTGCAGTTCACGAACA
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AAACTTTTTACATCTGCCATGGCTGCTGCAAAGTCCAAATCTGTACTTGGTGCCTTTTATTCTAAGCTTGTTGAAAGTGGTAAGAAGAAGATGGTAGCTA
TAACAGCTCTAATGCGTAAAATTATAGTAATTGCTAACGCAAGGCTTAAAGAAGCAATTAATTTGAATATTTAAAATTTACATAGCAGTAATTGAAATGA
ATATTGTGAATAAGCACGTCCGCACAAACTTAAAGTGCTTATTCACAATAGCTTAAACGGAAATTGTTGCAGCAGCTGTTTGATATAGAATTCTGTTTCT
ATGACAAACGGGTTTTTATTATCTATATGGTTGGGTAAAGTTGCAAAATTATACAAATAAAAAATTTAAAAAACATAGTTGATG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
948 bp | 315 aa | 227 | 1174 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MITSYQNFIGIDIGKFKNVVAVHEQKNTVGFDNNTSGWQQLFQKFSDILPNSLVTLENTGKYELGLLHFLVDKNIATHRANTRKVKSFILSHGTLAKSDK
SDARALAQYGFERHSTISLFVPTFENQSTLVALCQRRDDITQMRAQEKCRLAAPENDHIKESCQKTIEFFNIQIDELNNTIQKIIDESRELQQRQKILKT
VPGIGPKLSQDFLCLMPELGYLSRREVASLAGVAPYPKESGKTIGYRRITGGRSNVRAKLFTSAMAAAKSKSVLGAFYSKLVESGKKKMVAITALMRKII
VIANARLKEAINLNI
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Blast result :
Comments
Putative boundaries identified by aligning multiple copies with flanking sequences.
ISWpi12 is 54% aa similar to ISMex17.
ISWpi12 is 54% aa similar to ISMex17.
References
1] Cerveau N., and Cordaux R. (2010) Direct submission (manuscript in preparation)