ISCno1

  • Family IS1182
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_008593 ND Clostridium novyi
Clostridium novyi NT
DNA section
IS Length : 1612 bp

Ends


IR Length : 11/15

IRL : CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACA
IRR : CAGATTGTTCAAAAAGCCCCCAACAATTGGGGGCTTTTGTTTACGCCAAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TAATTAAAAAAGGTAATCCATTTCAAATAATGGATTACCTTTTTTAATTA30
AATATTTCTAAAAGCAGAGCCTACGCTCTGCTTTTTTTTATAAA24
AACATAAAAAAAACCACCCTTTAGGTGGTTTCTTTGTGTTT21

DNA sequence

CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACAAAAAGGGTTTTTAGTTTTTATGTAGAATATATATTTTAAACCAATAAATC
TTTTAGCCCGTTAGGGCTCCTACGGAGGAAAAATGCTTACTAATAATGAAAGAAAACAAAATCAATTAGAACTAGTTTATATAGAAAATTTAGTACCTGA
AAATCATATACTTAGAAAAATAGATAAATACATAGATTTTTCATTTATAAGAGATTTAACTAAGGATTTATATTGTCCTGATAATGGCAGACCTTCAGTA
GACCCAGTTGTATTATTTAAAATGCTTTTTATCGGATACCTATTCGGTATACGTTCAGAGCGTCAGCTTGTAAAAGAAATCCAGGTAAATGTAGCTTACA
GATGGTTTTTAGGATATGGACTTACTGATAAAATACCAAGTCATTCCACTATAAGCCAGAATAGAACAAAAAGATTTAGTAATACAAATATACATCAAGA
AATATTTGATAATATTGTATTTCAAGCTATTAATAGAAACTTGGTTGATGGCAAAATTCTATATACTGATTCTACTCACTTAAAAGCTAACGCTAATAAA
CATAAATTTATTAAAAAAGAAATAACTAAATCCACAAAGGAATACTTTGATGAATTAGAGAATGACATTAATAAAGATAGAATTAATCATAATAAAAAGC
CTCTAAAAAAAAAGACTAAAATAGCTGAAACTAAGGAAATAACAGTAAGTACAACTGATCCAGACAGTGGATATATGGTTAGAGATGGAAAACCTAAAGG
CTTTTTTTATTTAGATCATAGAACTGTTGACGGAAAGTATAATATTATAACAGACGTTCATGTTACTCCCGGGAATATAAACGATGTAGATCCTTATGTT
AAAAGAATAGAAACTCAAATAGAAAAGTTTAATTTTAATACAAAATATTTAGTAGCAGATGCCGGATATTCTACGAATCCTATTTGTAAACAAATTTCAG
ACAAAAATTATCAAGGTGTTTTTGGGTTCCGTTTAGGACCCCATGTTAAAGGAAAATATACAAAATATAGATTTCAGTATGTTAAAGAATTAGATGGATA
TGTGTGTATTAATAATTGCTTTTTAAAATATAGAACTACTACGAGGGAAGGTTATAAAGAATATTTAAGTAATGCGGAGCATTGTGCTTATTGCAAATAT
AAAAATAATTGCTTAACATCTGATAAATCCATTAATAGAACTATACGTCGTCATGTTTGGGAAGACTATAAAGATCAAATTTTTAGCTTTACTAAAACAG
AAAAAGGTAAAAGTATTTACAAACGACGTAAAGAAAAGATTGAGCGTAGCTTTGCTGATTCAAAAGAATTACATGGGCTACGTTATTGTCGCATGCGAGG
AATTAAAAATGTTTCTGAGCAGTGCCTACTTACAGCGGCAGTTCAGAATATGAAAAAGATAGCCATGGTGCTATCGCATTATTTTTTGTGTACATTAATT
CAAATTTATTCCAAATTAACATACATAATAAATATTTTTCGAATGCTATCGCATAAAAGAATTTTGGCGTAAACAAAAGCCCCCAATTGTTGGGGGCTTT
TTGAACAATCTG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1440 bp479 aa1331572+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MLTNNERKQNQLELVYIENLVPENHILRKIDKYIDFSFIRDLTKDLYCPDNGRPSVDPVVLFKMLFIGYLFGIRSERQLVKEIQVNVAYRWFLGYGLTDK
IPSHSTISQNRTKRFSNTNIHQEIFDNIVFQAINRNLVDGKILYTDSTHLKANANKHKFIKKEITKSTKEYFDELENDINKDRINHNKKPLKKKTKIAET
KEITVSTTDPDSGYMVRDGKPKGFFYLDHRTVDGKYNIITDVHVTPGNINDVDPYVKRIETQIEKFNFNTKYLVADAGYSTNPICKQISDKNYQGVFGFR
LGPHVKGKYTKYRFQYVKELDGYVCINNCFLKYRTTTREGYKEYLSNAEHCAYCKYKNNCLTSDKSINRTIRRHVWEDYKDQIFSFTKTEKGKSIYKRRK
EKIERSFADSKELHGLRYCRMRGIKNVSEQCLLTAAVQNMKKIAMVLSHYFLCTLIQIYSKLTYIINIFRMLSHKRILA

 

Blast result :
Comments
ISCno1 is 70% aa similar to ISBma2.
References
1] ISfinder annotation (2010)
2] Bettegowda,C., Huang,X., Lin,J., Cheong,I., Kohli,M., Szabo,S.A., Zhang,X., Diaz,L.A. Jr., Velculescu,V.E., Parmigiani,G., Kinzler,K.W., Vogelstein,B. and Zhou,S. (2006) Nat. Biotechnol. 24 (12), 1573-1580.