ISCno1
- Family IS1182
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_008593 | ND | Clostridium novyi | Clostridium novyi NT |
DNA section
IS Length : 1612 bp
Ends
IR Length : 11/15
IRL : CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACA
IRR : CAGATTGTTCAAAAAGCCCCCAACAATTGGGGGCTTTTGTTTACGCCAAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TAATTAAAAA | AGGTAATCCATTTCAAATAATGGATTACCT | TTTTTAATTA | 30 |
AATATTTCTA | AAAGCAGAGCCTACGCTCTGCTTT | TTTTTATAAA | 24 |
AACATAAAAA | AAACCACCCTTTAGGTGGTTT | CTTTGTGTTT | 21 |
DNA sequence
CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACAAAAAGGGTTTTTAGTTTTTATGTAGAATATATATTTTAAACCAATAAATC
TTTTAGCCCGTTAGGGCTCCTACGGAGGAAAAATGCTTACTAATAATGAAAGAAAACAAAATCAATTAGAACTAGTTTATATAGAAAATTTAGTACCTGA
AAATCATATACTTAGAAAAATAGATAAATACATAGATTTTTCATTTATAAGAGATTTAACTAAGGATTTATATTGTCCTGATAATGGCAGACCTTCAGTA
GACCCAGTTGTATTATTTAAAATGCTTTTTATCGGATACCTATTCGGTATACGTTCAGAGCGTCAGCTTGTAAAAGAAATCCAGGTAAATGTAGCTTACA
GATGGTTTTTAGGATATGGACTTACTGATAAAATACCAAGTCATTCCACTATAAGCCAGAATAGAACAAAAAGATTTAGTAATACAAATATACATCAAGA
AATATTTGATAATATTGTATTTCAAGCTATTAATAGAAACTTGGTTGATGGCAAAATTCTATATACTGATTCTACTCACTTAAAAGCTAACGCTAATAAA
CATAAATTTATTAAAAAAGAAATAACTAAATCCACAAAGGAATACTTTGATGAATTAGAGAATGACATTAATAAAGATAGAATTAATCATAATAAAAAGC
CTCTAAAAAAAAAGACTAAAATAGCTGAAACTAAGGAAATAACAGTAAGTACAACTGATCCAGACAGTGGATATATGGTTAGAGATGGAAAACCTAAAGG
CTTTTTTTATTTAGATCATAGAACTGTTGACGGAAAGTATAATATTATAACAGACGTTCATGTTACTCCCGGGAATATAAACGATGTAGATCCTTATGTT
AAAAGAATAGAAACTCAAATAGAAAAGTTTAATTTTAATACAAAATATTTAGTAGCAGATGCCGGATATTCTACGAATCCTATTTGTAAACAAATTTCAG
ACAAAAATTATCAAGGTGTTTTTGGGTTCCGTTTAGGACCCCATGTTAAAGGAAAATATACAAAATATAGATTTCAGTATGTTAAAGAATTAGATGGATA
TGTGTGTATTAATAATTGCTTTTTAAAATATAGAACTACTACGAGGGAAGGTTATAAAGAATATTTAAGTAATGCGGAGCATTGTGCTTATTGCAAATAT
AAAAATAATTGCTTAACATCTGATAAATCCATTAATAGAACTATACGTCGTCATGTTTGGGAAGACTATAAAGATCAAATTTTTAGCTTTACTAAAACAG
AAAAAGGTAAAAGTATTTACAAACGACGTAAAGAAAAGATTGAGCGTAGCTTTGCTGATTCAAAAGAATTACATGGGCTACGTTATTGTCGCATGCGAGG
AATTAAAAATGTTTCTGAGCAGTGCCTACTTACAGCGGCAGTTCAGAATATGAAAAAGATAGCCATGGTGCTATCGCATTATTTTTTGTGTACATTAATT
CAAATTTATTCCAAATTAACATACATAATAAATATTTTTCGAATGCTATCGCATAAAAGAATTTTGGCGTAAACAAAAGCCCCCAATTGTTGGGGGCTTT
TTGAACAATCTG
TTTTAGCCCGTTAGGGCTCCTACGGAGGAAAAATGCTTACTAATAATGAAAGAAAACAAAATCAATTAGAACTAGTTTATATAGAAAATTTAGTACCTGA
AAATCATATACTTAGAAAAATAGATAAATACATAGATTTTTCATTTATAAGAGATTTAACTAAGGATTTATATTGTCCTGATAATGGCAGACCTTCAGTA
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CTTTTTTTATTTAGATCATAGAACTGTTGACGGAAAGTATAATATTATAACAGACGTTCATGTTACTCCCGGGAATATAAACGATGTAGATCCTTATGTT
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ACAAAAATTATCAAGGTGTTTTTGGGTTCCGTTTAGGACCCCATGTTAAAGGAAAATATACAAAATATAGATTTCAGTATGTTAAAGAATTAGATGGATA
TGTGTGTATTAATAATTGCTTTTTAAAATATAGAACTACTACGAGGGAAGGTTATAAAGAATATTTAAGTAATGCGGAGCATTGTGCTTATTGCAAATAT
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AAAAAGGTAAAAGTATTTACAAACGACGTAAAGAAAAGATTGAGCGTAGCTTTGCTGATTCAAAAGAATTACATGGGCTACGTTATTGTCGCATGCGAGG
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CAAATTTATTCCAAATTAACATACATAATAAATATTTTTCGAATGCTATCGCATAAAAGAATTTTGGCGTAAACAAAAGCCCCCAATTGTTGGGGGCTTT
TTGAACAATCTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1440 bp | 479 aa | 133 | 1572 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLTNNERKQNQLELVYIENLVPENHILRKIDKYIDFSFIRDLTKDLYCPDNGRPSVDPVVLFKMLFIGYLFGIRSERQLVKEIQVNVAYRWFLGYGLTDK
IPSHSTISQNRTKRFSNTNIHQEIFDNIVFQAINRNLVDGKILYTDSTHLKANANKHKFIKKEITKSTKEYFDELENDINKDRINHNKKPLKKKTKIAET
KEITVSTTDPDSGYMVRDGKPKGFFYLDHRTVDGKYNIITDVHVTPGNINDVDPYVKRIETQIEKFNFNTKYLVADAGYSTNPICKQISDKNYQGVFGFR
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EKIERSFADSKELHGLRYCRMRGIKNVSEQCLLTAAVQNMKKIAMVLSHYFLCTLIQIYSKLTYIINIFRMLSHKRILA
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Blast result :
Comments
ISCno1 is 70% aa similar to ISBma2.
References
1] ISfinder annotation (2010)
2] Bettegowda,C., Huang,X., Lin,J., Cheong,I., Kohli,M., Szabo,S.A., Zhang,X., Diaz,L.A. Jr., Velculescu,V.E., Parmigiani,G., Kinzler,K.W., Vogelstein,B. and Zhou,S. (2006) Nat. Biotechnol. 24 (12), 1573-1580.
2] Bettegowda,C., Huang,X., Lin,J., Cheong,I., Kohli,M., Szabo,S.A., Zhang,X., Diaz,L.A. Jr., Velculescu,V.E., Parmigiani,G., Kinzler,K.W., Vogelstein,B. and Zhou,S. (2006) Nat. Biotechnol. 24 (12), 1573-1580.