ISRmsp2
- Family IS1182
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NZ_GG696046 | ND | Ruminococcus sp. | Ruminococcus sp. 5_1_39BFAA |
DNA section
IS Length : 1687 bp
Ends
IR Length : 20
IRL : GACGCCACTGAAAAAGTGGTCGTAAAATCATATATCTGATATAATTAAGG
IRR : GACGCCACTGAAAAAGTGGTAAGTTTAGTATCACAGGGTGTCAAATATGT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TCCCTCACCT | CTATAGG | TGATGGGATG | 7 |
DNA sequence
GACGCCACTGAAAAAGTGGTCGTAAAATCATATATCTGATATAATTAAGGTATCATAATTGTCGGAGGTTGAAATGTTATCATCCCAACTTAAACTTAGC
CTTAGTTATTATTCAGATTTATATGACATGATTGTTCCAAAAGATCATATTCTAAGAAAAATCAGGGAATTGGTCGATTTTTCTTTTATATATGATGAAT
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ATTTTAGCAATATTTAATTATCAAGGAACATTTTTGCACATATTTGACACCCTGTGATACTAAACTTACCACTTTTTCAGTGGCGTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1480 bp | 497 aa | 74 | 1553 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLSSQLKLSLSYYSDLYDMIVPKDHILRKIRELVDFSFIYDELKNKYCLDNGRMIMDVMQKTPILLFKYLLLKYLYNLSDNGVVERSRYDMSFKYFLELT
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Blast result :
Comments
ISRmsp2 is % aa similar to IS.
References
1] ISfinder annotation (2010)
2] Ward,D., Young,S.K., Kodira,C.D., Zeng,Q., Koehrsen,M., Alvarado,L., Berlin,A., Borenstein,D., Chen,Z., Engels,R., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Griggs,A., Gujja,S., Heiman,D., Hepburn,T., Howarth,C., Jen,D., Larson,L., Lewis,B., Mehta,T., Park,D., Pearson,M., Roberts,A., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., Walk,T., White,J., Yandava,C., Allen-Vercoe,E., Strauss,J., Ambrose,C., Lander,E., Nusbaum,C., Galagan,J. and Birren,B. (2009) Direct submission GenBank.
2] Ward,D., Young,S.K., Kodira,C.D., Zeng,Q., Koehrsen,M., Alvarado,L., Berlin,A., Borenstein,D., Chen,Z., Engels,R., Freedman,E., Gellesch,M., Goldberg,J., Griggs,A., Gujja,S., Heiman,D., Hepburn,T., Howarth,C., Jen,D., Larson,L., Lewis,B., Mehta,T., Park,D., Pearson,M., Roberts,A., Saif,S., Shea,T., Shenoy,N., Sisk,P., Stolte,C., Sykes,S., Walk,T., White,J., Yandava,C., Allen-Vercoe,E., Strauss,J., Ambrose,C., Lander,E., Nusbaum,C., Galagan,J. and Birren,B. (2009) Direct submission GenBank.