ISCaa7

  • Family IS110
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_010830 ND Candidatus Amoebophilus
Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2
DNA section
IS Length : 1447 bp

Ends


Left end : CGTTAGACTTGTAGTGTAAATTAATAGCTAATATAAACCTTAGTCTTAGTCTTTAAATAACAACACTATAATAATAGATATAATATAAATCAATTGTTAT
Right end : TAGAGATGGAAAAATGCATGAGTATAAACAAGTAGCTTAAGGAGGTTATGGATAAAAGTAAACTGATAATTTTTTAAAGGTTGCTTTTATCATAGAAATC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CTTGATAGCCACTATCTGCT0
CTTGATAGCCACTATCTGCT0
CTTGATAGCCACTATCTGCT0
CTTGATAGCCACTATCTGCT0
CTTGATAGCCACTATCTGCT0

DNA sequence

CGTTAGACTTGTAGTGTAAATTAATAGCTAATATAAACCTTAGTCTTAGTCTTTAAATAACAACACTATAATAATAGATATAATATAAATCAATTGTTAT
AATTATAAGTTGTCCACATGAGCAAAGCTTGGAAGATACTCATAAGTTAGACTTTTGAATGGATAGATAATTTTTGAAATAAATAAAACTAACACACTAC
AAGGGGGCACTTTAACTTGATAGCGAGGCTTTGAAGCCTATATTGTGATACAATCCCCCTTGTGTTAGTTACAGGTTAAAATTCATATAGAAATTGAGGC
CTTAAAGCTTATTATCACGGGTTTGAATAATAACATGCATTGTGTTAGCTAATACATGTTAAACCATTTAATACTAGTAAATTATATGCAATATACCCAC
ATTCTTGGCATAGATATATCTAAAAAAACGATTGATGTAGCATTGAGCCAAAATAAAGCCAACGATTCTATTGTATCCCATAAGTTTACTAATAACTTAA
AAGGTTATCAAGCTTTGATAGCTTGGCTTAAAAAACATAAGGCTCCAATTGAACAAATCCTTGTATGCCTAGAAAACACCGGAATCTACCATCGGTCTTT
GGTAAGTTTTCTTCAAAGCCACCAAGCTTTCATATGGGTAGAAAACGCTACTTCCATTAAATGGAGCAATGGAGTACAAAGAGGTAAAAGTGATCAAATA
GATGCTCAAAGAATTTGTTTTTACGCTTTTAGGAATCAAGATAAAGCTCGCCAATTCTCAACTAAAGATGAGTCTTTGCAACAAATAGATGATTTATCTG
CTCTTAGAGAACGTTTAATCCAAGCTAGAGTAGCCTTGCTAGCACCTATTAAAGAACTTAGAGAGACTGGGTTGAAAAAAAATGCAACTATGTTAGAAGA
ATCCTCTAAACAAACTTTAGCTAGCCTGGAGAAAGAAATAAGAGCAATAGAGGATAAGATAAAACAGATTATTCAGCAACAAAAGGAATTAGAAAACAAG
TATCAGATCATACGTTCTGTACCTGGAGTAGGCTTTGTAACAGCTATTCATCTGATGATTTATACTCATAATTTTAAGCGATTTGATAATGCTAAACAAT
TAGCTTGTTATGCTGGAGTAGCTCCTTTCGAATATAGTTCAGGAAGTAGCATTAGAGGAAGAACTAAAGTACATCCGATGGCCAATAAAACTTTAAAAAC
TTCCTTACACATGTGTGCCTTAAGCTCAATTAGAAATAATGTTGAAATGAAGGAGTATTATGAGAAAAAAGTAAAACAAGGAAAAAATAAGATGAGTGTT
ATTAATGCTATAAGAAATAAAATACTACTTAAGGTGTTTGCTTGTGTTAGAGATGGAAAAATGCATGAGTATAAACAAGTAGCTTAAGGAGGTTATGGAT
AAAAGTAAACTGATAATTTTTTAAAGGTTGCTTTTATCATAGAAATC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1032 bp343 aa3561387+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DEDD

ORF sequence :

MLNHLILVNYMQYTHILGIDISKKTIDVALSQNKANDSIVSHKFTNNLKGYQALIAWLKKHKAPIEQILVCLENTGIYHRSLVSFLQSHQAFIWVENATS
IKWSNGVQRGKSDQIDAQRICFYAFRNQDKARQFSTKDESLQQIDDLSALRERLIQARVALLAPIKELRETGLKKNATMLEESSKQTLASLEKEIRAIED
KIKQIIQQQKELENKYQIIRSVPGVGFVTAIHLMIYTHNFKRFDNAKQLACYAGVAPFEYSSGSSIRGRTKVHPMANKTLKTSLHMCALSSIRNNVEMKE
YYEKKVKQGKNKMSVINAIRNKILLKVFACVRDGKMHEYKQVA

 

Blast result :
Comments
ISCaa7 is 55% aa similar to ISWen2.
ISCaa7 is present in five copies in the Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 genome.
References
1] Schmitz-Esser S, Tischler P, Arnold R, Montanaro J, Wagner M, Rattei T, Horn M. (2010) J Bacteriol., 192(4):1045-1057.