ISCaa7
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010830 | ND | Candidatus Amoebophilus | Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 |
DNA section
IS Length : 1447 bp
Ends
Left end : CGTTAGACTTGTAGTGTAAATTAATAGCTAATATAAACCTTAGTCTTAGTCTTTAAATAACAACACTATAATAATAGATATAATATAAATCAATTGTTAT
Right end : TAGAGATGGAAAAATGCATGAGTATAAACAAGTAGCTTAAGGAGGTTATGGATAAAAGTAAACTGATAATTTTTTAAAGGTTGCTTTTATCATAGAAATC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CTTGATAGCC | ACTATCTGCT | 0 | |
CTTGATAGCC | ACTATCTGCT | 0 | |
CTTGATAGCC | ACTATCTGCT | 0 | |
CTTGATAGCC | ACTATCTGCT | 0 | |
CTTGATAGCC | ACTATCTGCT | 0 |
DNA sequence
CGTTAGACTTGTAGTGTAAATTAATAGCTAATATAAACCTTAGTCTTAGTCTTTAAATAACAACACTATAATAATAGATATAATATAAATCAATTGTTAT
AATTATAAGTTGTCCACATGAGCAAAGCTTGGAAGATACTCATAAGTTAGACTTTTGAATGGATAGATAATTTTTGAAATAAATAAAACTAACACACTAC
AAGGGGGCACTTTAACTTGATAGCGAGGCTTTGAAGCCTATATTGTGATACAATCCCCCTTGTGTTAGTTACAGGTTAAAATTCATATAGAAATTGAGGC
CTTAAAGCTTATTATCACGGGTTTGAATAATAACATGCATTGTGTTAGCTAATACATGTTAAACCATTTAATACTAGTAAATTATATGCAATATACCCAC
ATTCTTGGCATAGATATATCTAAAAAAACGATTGATGTAGCATTGAGCCAAAATAAAGCCAACGATTCTATTGTATCCCATAAGTTTACTAATAACTTAA
AAGGTTATCAAGCTTTGATAGCTTGGCTTAAAAAACATAAGGCTCCAATTGAACAAATCCTTGTATGCCTAGAAAACACCGGAATCTACCATCGGTCTTT
GGTAAGTTTTCTTCAAAGCCACCAAGCTTTCATATGGGTAGAAAACGCTACTTCCATTAAATGGAGCAATGGAGTACAAAGAGGTAAAAGTGATCAAATA
GATGCTCAAAGAATTTGTTTTTACGCTTTTAGGAATCAAGATAAAGCTCGCCAATTCTCAACTAAAGATGAGTCTTTGCAACAAATAGATGATTTATCTG
CTCTTAGAGAACGTTTAATCCAAGCTAGAGTAGCCTTGCTAGCACCTATTAAAGAACTTAGAGAGACTGGGTTGAAAAAAAATGCAACTATGTTAGAAGA
ATCCTCTAAACAAACTTTAGCTAGCCTGGAGAAAGAAATAAGAGCAATAGAGGATAAGATAAAACAGATTATTCAGCAACAAAAGGAATTAGAAAACAAG
TATCAGATCATACGTTCTGTACCTGGAGTAGGCTTTGTAACAGCTATTCATCTGATGATTTATACTCATAATTTTAAGCGATTTGATAATGCTAAACAAT
TAGCTTGTTATGCTGGAGTAGCTCCTTTCGAATATAGTTCAGGAAGTAGCATTAGAGGAAGAACTAAAGTACATCCGATGGCCAATAAAACTTTAAAAAC
TTCCTTACACATGTGTGCCTTAAGCTCAATTAGAAATAATGTTGAAATGAAGGAGTATTATGAGAAAAAAGTAAAACAAGGAAAAAATAAGATGAGTGTT
ATTAATGCTATAAGAAATAAAATACTACTTAAGGTGTTTGCTTGTGTTAGAGATGGAAAAATGCATGAGTATAAACAAGTAGCTTAAGGAGGTTATGGAT
AAAAGTAAACTGATAATTTTTTAAAGGTTGCTTTTATCATAGAAATC
AATTATAAGTTGTCCACATGAGCAAAGCTTGGAAGATACTCATAAGTTAGACTTTTGAATGGATAGATAATTTTTGAAATAAATAAAACTAACACACTAC
AAGGGGGCACTTTAACTTGATAGCGAGGCTTTGAAGCCTATATTGTGATACAATCCCCCTTGTGTTAGTTACAGGTTAAAATTCATATAGAAATTGAGGC
CTTAAAGCTTATTATCACGGGTTTGAATAATAACATGCATTGTGTTAGCTAATACATGTTAAACCATTTAATACTAGTAAATTATATGCAATATACCCAC
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GATGCTCAAAGAATTTGTTTTTACGCTTTTAGGAATCAAGATAAAGCTCGCCAATTCTCAACTAAAGATGAGTCTTTGCAACAAATAGATGATTTATCTG
CTCTTAGAGAACGTTTAATCCAAGCTAGAGTAGCCTTGCTAGCACCTATTAAAGAACTTAGAGAGACTGGGTTGAAAAAAAATGCAACTATGTTAGAAGA
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TAGCTTGTTATGCTGGAGTAGCTCCTTTCGAATATAGTTCAGGAAGTAGCATTAGAGGAAGAACTAAAGTACATCCGATGGCCAATAAAACTTTAAAAAC
TTCCTTACACATGTGTGCCTTAAGCTCAATTAGAAATAATGTTGAAATGAAGGAGTATTATGAGAAAAAAGTAAAACAAGGAAAAAATAAGATGAGTGTT
ATTAATGCTATAAGAAATAAAATACTACTTAAGGTGTTTGCTTGTGTTAGAGATGGAAAAATGCATGAGTATAAACAAGTAGCTTAAGGAGGTTATGGAT
AAAAGTAAACTGATAATTTTTTAAAGGTTGCTTTTATCATAGAAATC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1032 bp | 343 aa | 356 | 1387 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MLNHLILVNYMQYTHILGIDISKKTIDVALSQNKANDSIVSHKFTNNLKGYQALIAWLKKHKAPIEQILVCLENTGIYHRSLVSFLQSHQAFIWVENATS
IKWSNGVQRGKSDQIDAQRICFYAFRNQDKARQFSTKDESLQQIDDLSALRERLIQARVALLAPIKELRETGLKKNATMLEESSKQTLASLEKEIRAIED
KIKQIIQQQKELENKYQIIRSVPGVGFVTAIHLMIYTHNFKRFDNAKQLACYAGVAPFEYSSGSSIRGRTKVHPMANKTLKTSLHMCALSSIRNNVEMKE
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Blast result :
Comments
ISCaa7 is 55% aa similar to ISWen2.
ISCaa7 is present in five copies in the Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 genome.
ISCaa7 is present in five copies in the Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 genome.
References
1] Schmitz-Esser S, Tischler P, Arnold R, Montanaro J, Wagner M, Rattei T, Horn M. (2010) J Bacteriol., 192(4):1045-1057.