ISCaa16
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010830 | ND | Candidatus Amoebophilus | Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 |
DNA section
IS Length : 837 bp
Ends
IR Length : 18
IRL : GGGCACTGTTGCAAATAGTAGTTAAGGGGGGTAAATTGTATTGAGTTAAC
IRR : GGGCACTGTTGCAAATAGAAAAAGAAGTTAAGGTTGTGAGGTGAGAGAAG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CGTCTATCTG | TATCGAGCAT | 0 |
DNA sequence
GGGCACTGTTGCAAATAGTAGTTAAGGGGGGTAAATTGTATTGAGTTAACCAAAAAGTAAGGAAATGAACATCTTTAAAAGATGTCACTTCAAATACGAT
ATAATCATATGGGCAGTAAGATGGTATTGCAAGTATGGAATAAGCTATCGTGATTTAGAAGAAATGCTCTCTGAAAGAGGAGTTCAAGTAGATCACTGCA
CCATTTATAGGTGGGTTCAGTTCTACGCCCCCAAGATATTAGATAAGCTCAAATGGTATTGGAAGCCTACTCGGGGCTATAGCTGGCGTGTAAATGAAAC
TTATATTAAAGTGAAGGGTAAATGGGTATACCTTTATAGAGCTTTAGGTCAAGCAGATAATACCATAGATTTTTATCTATCCACTACCAGAAATAGTAAT
GCAACTAAGAGGTTCTTAAGTAAAGCATTAAGGTCTATTCCCGCATATTCTAGGCCTAAAACTATCAACACTGATAAAACCCCTGCCTACGGAAAGTCCA
TAAATGAGCTAAAACTAGCCGGTAAATGTCCTCCAGATTTAGCACACCGGCAAGTCAAATATCTCAATAATCTAATAGAATCGACCCATGGTAAGCTTAA
GAGGTTAATTAATCCAACATTAGGCTTTAAATCCATGAAGACAGCATGGGCTACCATAAAAGGCTTTGAGCTAATGCGCATCTTTAAGAAGGGGCGTTTT
AATGCATGGAAATATGGACAAGGTATTTTGGGAGAAATTAATATTATCACCCATAATTTATTAGCTCTTTAAGTCCTCCAATCAATCCTTCTCTCACCTC
ACAACCTTAACTTCTTTTTCTATTTGCAACAGTGCCC
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ACAACCTTAACTTCTTTTTCTATTTGCAACAGTGCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
708 bp | 235 aa | 65 | 772 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNIFKRCHFKYDIIIWAVRWYCKYGISYRDLEEMLSERGVQVDHCTIYRWVQFYAPKILDKLKWYWKPTRGYSWRVNETYIKVKGKWVYLYRALGQADNT
IDFYLSTTRNSNATKRFLSKALRSIPAYSRPKTINTDKTPAYGKSINELKLAGKCPPDLAHRQVKYLNNLIESTHGKLKRLINPTLGFKSMKTAWATIKG
FELMRIFKKGRFNAWKYGQGILGEINIITHNLLAL
IDFYLSTTRNSNATKRFLSKALRSIPAYSRPKTINTDKTPAYGKSINELKLAGKCPPDLAHRQVKYLNNLIESTHGKLKRLINPTLGFKSMKTAWATIKG
FELMRIFKKGRFNAWKYGQGILGEINIITHNLLAL
Blast result :
Comments
ISCaa16 shares 58% amino acid identity with IS6100 from Mycobacterium fortuitum.
References
1] Schmitz-Esser S, Tischler P, Arnold R, Montanaro J, Wagner M, Rattei T, Horn M. (2010) J Bacteriol., 192(4):1045-1057.