ISLpn9
- Family IS4
- Group IS10
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CR628336 | ND | Legionella pneumophila | Legionella pneumophila subsp. pneumophila Philadelphia 1 Legionella pneumophila str. Paris |
DNA section
IS Length : 1628 bp
Ends
IR Length : 65/67
IRL : CTCTGTACGGTACGATTTTTGGGACCGTCGTTGCGAGGAGCGTAGCGACG
IRR : CTCTGTACGGTACGATTTTTGGGACCGTCGTTGCGAGGAGCATAGCGACG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ACCTCTTGAAA | GTAAATAGG | ATAAAAGAGTT | 9 |
GAATTTTTGCT | CTTGTCATT | AAAGAAATATT | 9 |
GCTAAACGAAT | ATTATTCCT | TTTTACCTTGT | 9 |
AGTAATAATGT | ATTAAGAAT | GATAAATGCTT | 9 |
ATGGTTTTTAA | ATGAAACTC | AGAATTTCAGC | 9 |
AACGATTCTTT | ATACTTAAG | TACTAACATGC | 9 |
CAATTTTGTCT | CTCATTTTC | ACTGAAATGTT | 9 |
GCTAAACGAAT | ATTATTCCT | TTTTACCTTGT | 9 |
DNA sequence
CTCTGTACGGTACGATTTTTGGGACCGTCGTTGCGAGGAGCGTAGCGACGAAGCAATCCAGTGGCCTGAATTCGTTGAAGTAGCTCACTGATTCATTGAT
AATCCATATTTTTTCCGCTAAGAAACGACATGGAGTCGTGAATGAGTATCACTGAGCTGTCAGATATTTTAAATGGTTATTTTTCATGGAACAAGTCGCG
AATCGAGTGTTTTGCGACGATGTTAATCTCTTTAATCAAAGTAAGAACGGTCAATTTAACTGAGATTGCATGTGGTTTTTCTAGCCCTGCTAAACAAGAT
TCAAGGTACACAAGAATCAAACGATTTTTTAGAGAATTTAAGATTGATTTTTCTAGTGTTTCAGTCTGGGTTATTCATTGTTTTGGTCTATCGGGGCAGG
CACTCTATCTCAGCATGGATCGAACCAATTGGCGTTGGGGCAAAAAAGACATCAATATTTTAATGCTATCAGTTGTGTATAAAGGGATAGCAATACCATT
ATTTTGGACATTGTTAGCTAAAGGAGGAAATAGTGATACAAGAGAGAGAATTGAAATCGTCCAGCGTTTTATCACGAAATTTGGAAAATCAATGATTGCT
GGATTACTTGCTGACCGAGAATTTGTTGGTGACAACTGGTTTGCATGGTTGTTGACGGAAAAAATACCATTTTGTATTCGCATCAAAAACAATGTTATTA
CTACAAATAGTCGAGGCTTAGAGGTAAGTATTGATGCCTTGTTTTATGATTTGAAATCAGGAGAACAAAGAATTTTACAAGGCTTGAGAAAATTATGGAG
ACAAAAGATATATTTAAGTGCGCTGAGACTTGCCGATGGTGAATTATTGATTGTAGCTACCGATCATTTAATGTATGAACCTATTGAACATTATGCCTTG
CGTTGGGAAATAGAAACGTTGTTTTCATGTCTCAAAGGGCGTGGCTTCAACTTTGAAGACACACACATGACTCAACCGGATCGCATTGAAAAATTACTGG
TGCTATTGACCATTGCTTTTTGTTGGGCCCATAAAACTGGAGAGTGGCGGCATGTTCAGAAGGCAATTAAAATCAAAAAACATGGTCGCAAAGGGGTAAG
TTTTTTTCGTTATGGACTTGATTTATTACGTGATGCTGCGCTTAATGGCTGTCAGTTTATTCGCCATTCTTTCTCCGATATACTTGGGTTTTTGTGCATT
AGTCGCGTGATATGCGCTGCTGAATGAATTGGTCCAATAACAAGGAAGAAGCATGCAAGTGAAACAACCAGCCATTTACATCATGGCGAATAAACGCAAT
GGAACGATCTACACGGGTGTCACAAGCGATTTGATCAAACGTGTCTATGAACATAAATATGGGGATGTACCCGGGTTTACTCAAGAGCATGGATGTAAGT
TTCTTGTTTACTATGAGCTCATTGAAGACATGATAAGTGCCATAGCTCGAGAAAAACAACTTAAAGGCGGGTCAAGAAAAAAGAAATTGGCTTTAATTGA
AAAGCTAAACCCTTATTGGGAAGATCTTTACGAAAAACTGTTGTGAAGATTAGCAATTTTAAGGTCACTGGATTGCTTCGTCGCTATGCTCCTCGCAACG
ACGGTCCCAAAAATCGTACCGTACAGAG
AATCCATATTTTTTCCGCTAAGAAACGACATGGAGTCGTGAATGAGTATCACTGAGCTGTCAGATATTTTAAATGGTTATTTTTCATGGAACAAGTCGCG
AATCGAGTGTTTTGCGACGATGTTAATCTCTTTAATCAAAGTAAGAACGGTCAATTTAACTGAGATTGCATGTGGTTTTTCTAGCCCTGCTAAACAAGAT
TCAAGGTACACAAGAATCAAACGATTTTTTAGAGAATTTAAGATTGATTTTTCTAGTGTTTCAGTCTGGGTTATTCATTGTTTTGGTCTATCGGGGCAGG
CACTCTATCTCAGCATGGATCGAACCAATTGGCGTTGGGGCAAAAAAGACATCAATATTTTAATGCTATCAGTTGTGTATAAAGGGATAGCAATACCATT
ATTTTGGACATTGTTAGCTAAAGGAGGAAATAGTGATACAAGAGAGAGAATTGAAATCGTCCAGCGTTTTATCACGAAATTTGGAAAATCAATGATTGCT
GGATTACTTGCTGACCGAGAATTTGTTGGTGACAACTGGTTTGCATGGTTGTTGACGGAAAAAATACCATTTTGTATTCGCATCAAAAACAATGTTATTA
CTACAAATAGTCGAGGCTTAGAGGTAAGTATTGATGCCTTGTTTTATGATTTGAAATCAGGAGAACAAAGAATTTTACAAGGCTTGAGAAAATTATGGAG
ACAAAAGATATATTTAAGTGCGCTGAGACTTGCCGATGGTGAATTATTGATTGTAGCTACCGATCATTTAATGTATGAACCTATTGAACATTATGCCTTG
CGTTGGGAAATAGAAACGTTGTTTTCATGTCTCAAAGGGCGTGGCTTCAACTTTGAAGACACACACATGACTCAACCGGATCGCATTGAAAAATTACTGG
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TTTTTTTCGTTATGGACTTGATTTATTACGTGATGCTGCGCTTAATGGCTGTCAGTTTATTCGCCATTCTTTCTCCGATATACTTGGGTTTTTGTGCATT
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AAAGCTAAACCCTTATTGGGAAGATCTTTACGAAAAACTGTTGTGAAGATTAGCAATTTTAAGGTCACTGGATTGCTTCGTCGCTATGCTCCTCGCAACG
ACGGTCCCAAAAATCGTACCGTACAGAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1086 bp | 361 aa | 142 | 1227 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSITELSDILNGYFSWNKSRIECFATMLISLIKVRTVNLTEIACGFSSPAKQDSRYTRIKRFFREFKIDFSSVSVWVIHCFGLSGQALYLSMDRTNWRWG
KKDINILMLSVVYKGIAIPLFWTLLAKGGNSDTRERIEIVQRFITKFGKSMIAGLLADREFVGDNWFAWLLTEKIPFCIRIKNNVITTNSRGLEVSIDAL
FYDLKSGEQRILQGLRKLWRQKIYLSALRLADGELLIVATDHLMYEPIEHYALRWEIETLFSCLKGRGFNFEDTHMTQPDRIEKLLVLLTIAFCWAHKTG
EWRHVQKAIKIKKHGRKGVSFFRYGLDLLRDAALNGCQFIRHSFSDILGFLCISRVICAAE
KKDINILMLSVVYKGIAIPLFWTLLAKGGNSDTRERIEIVQRFITKFGKSMIAGLLADREFVGDNWFAWLLTEKIPFCIRIKNNVITTNSRGLEVSIDAL
FYDLKSGEQRILQGLRKLWRQKIYLSALRLADGELLIVATDHLMYEPIEHYALRWEIETLFSCLKGRGFNFEDTHMTQPDRIEKLLVLLTIAFCWAHKTG
EWRHVQKAIKIKKHGRKGVSFFRYGLDLLRDAALNGCQFIRHSFSDILGFLCISRVICAAE
Blast result :
Comments
The copy number in Legionella pneumophila str. Paris. 1 is 7 plus 2 truncated copy and in L. pneumophila str Philadelphia, 1 copy is found.
ISLpn9 is 58% aa similar to ISSysp2.
ISLpn9 is 58% aa similar to ISSysp2.
References
1] Cazalet,C., et al. (1998) Nat Genet. 2004 Nov;36(11):1165-73.