ISFac11
- Family IS200/IS605
- Group IS1341
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AABC05000015 | ND | Ferroplasma acidarmanus | Ferroplasma acidarmanus Fer1 |
DNA section
IS Length : 1514 bp
Ends
Left end : AAATCATTCTACCAGAAAGAAAGACACTGAGTTTAAGATGTGGATGAATTTCTGGAAATAAAGAAATAAATGGAAATAATTTATATATTAAATTGATATA II struct. : No
Right end : ATTGCCTCTGGCTTTGAAGGGCTTAATATAAGCCCCTATGTGAAGTTAAGCATGGTCAATGAAGCAGGAAGCCTCTATGCTTTAGCATGAGGTAGTTCAC II struct. : Yes
Insertion site
Left flank | LE cleavage site | Right flank | RE cleavage site |
---|---|---|---|
ATCATGGGTAATAGAAA | TTAC | TTTTACCATACATAT | tcac |
DNA sequence
AAATCATTCTACCAGAAAGAAAGACACTGAGTTTAAGATGTGGATGAATTTCTGGAAATAAAGAAATAAATGGAAATAATTTATATATTAAATTGATATA
ATAAAATTAATAGAAGGAAGTATGATAGAAGAAAAGAGGAACAAAATTAAAAATTCGTTAAGAATAACAAAAGAAAGAAGAAAAACGCAGGATGTAATAA
TACTTAAACTAAAAATAGACAATGATAAATTAAATAATAATACTATAAAGGCATTAAACACAATCTTTTTAGAAGCTAAATGGCTATATAATTATGTTAT
AAACAAAGAATTCAACAATGATATTTTTAATATAGATCCTAAAATAAAGAATGTACAGGTGTATGTAATAGACCATTATGAAACAAGGAAATTAAAATAT
TTATCATCACAGATGAAGGAGGAAATTATTAACAGGGCAATGGACAATATAAGAGGCCTCCATAAATTAAAAGAAAAGGGACTTAAGATAGGAAAATTGA
AATTTAAATCATTTATAACATCAATACCATTGAATCAATATACTATAACATATAAAATAATAAACAATAATTATATTAAAATACAGAATATAAAGCAGTT
GTTAAAAGTAAATGGCCTGGATAACTTAGAATGCTATTATGAACCGGCAAGTGCATTGTTAATCAATAAAAACAGTAATTATTATATCAACATAACAGCA
TACAAAAATAAATACATTTTAGAAAAACCTGTCAATAATCAAAAAATAATATCATTTGACTTAGGAATAAAGAACCAGTTGACATGCTCTAATGGATCAA
TATTAAACTATAATATACCAAAATCCAGAAAAGAAATAAGATTGCAAAGGTCATTGTCAAGGAAAGCTAAATATGCAGAAGGAACTAAAAAACTAAGCAG
AGGGCAATCCAGGAATTATTATAAAAATAAAAACAAATTAAACAAAGAACAGAATAAGACAATGAACAAAAGAAAAGATACTATTAACAAAATAACCCAT
TATCTAACATCCAATTATGATATAGTAGTAACACAGAATGACAATATAAGAGGATGGAAGTATCTCTTTGGCAAAAGGATAGAGTCTACAGGCATAGGTG
GAATAATAGATGCACTTAAACATAAGGCATCAACACTTATACTTATAGATCGTTTTATTCCTACCACAAAGGAATGCTCTAAATGCCATAATAAATATGA
TATAAAATTAGATGAAAGAATATATCAATGCCATAACTGTGGTTTTATAATTGATAGGGATTATAATTCTTCATTGAATATGATTTATTATGGAACAATA
AAATTAAATGAATTATTAAAAATTAAAAATAAAAAATTAAATAATTATTTTAAGAAATATAATATAAATTTAAATGTACCTATGGAGCGTAGGGAACTAA
CGCCTGTGGAGATTATTGCCTCTGGCTTTGAAGGGCTTAATATAAGCCCCTATGTGAAGTTAAGCATGGTCAATGAAGCAGGAAGCCTCTATGCTTTAGC
ATGAGGTAGTTCAC
ATAAAATTAATAGAAGGAAGTATGATAGAAGAAAAGAGGAACAAAATTAAAAATTCGTTAAGAATAACAAAAGAAAGAAGAAAAACGCAGGATGTAATAA
TACTTAAACTAAAAATAGACAATGATAAATTAAATAATAATACTATAAAGGCATTAAACACAATCTTTTTAGAAGCTAAATGGCTATATAATTATGTTAT
AAACAAAGAATTCAACAATGATATTTTTAATATAGATCCTAAAATAAAGAATGTACAGGTGTATGTAATAGACCATTATGAAACAAGGAAATTAAAATAT
TTATCATCACAGATGAAGGAGGAAATTATTAACAGGGCAATGGACAATATAAGAGGCCTCCATAAATTAAAAGAAAAGGGACTTAAGATAGGAAAATTGA
AATTTAAATCATTTATAACATCAATACCATTGAATCAATATACTATAACATATAAAATAATAAACAATAATTATATTAAAATACAGAATATAAAGCAGTT
GTTAAAAGTAAATGGCCTGGATAACTTAGAATGCTATTATGAACCGGCAAGTGCATTGTTAATCAATAAAAACAGTAATTATTATATCAACATAACAGCA
TACAAAAATAAATACATTTTAGAAAAACCTGTCAATAATCAAAAAATAATATCATTTGACTTAGGAATAAAGAACCAGTTGACATGCTCTAATGGATCAA
TATTAAACTATAATATACCAAAATCCAGAAAAGAAATAAGATTGCAAAGGTCATTGTCAAGGAAAGCTAAATATGCAGAAGGAACTAAAAAACTAAGCAG
AGGGCAATCCAGGAATTATTATAAAAATAAAAACAAATTAAACAAAGAACAGAATAAGACAATGAACAAAAGAAAAGATACTATTAACAAAATAACCCAT
TATCTAACATCCAATTATGATATAGTAGTAACACAGAATGACAATATAAGAGGATGGAAGTATCTCTTTGGCAAAAGGATAGAGTCTACAGGCATAGGTG
GAATAATAGATGCACTTAAACATAAGGCATCAACACTTATACTTATAGATCGTTTTATTCCTACCACAAAGGAATGCTCTAAATGCCATAATAAATATGA
TATAAAATTAGATGAAAGAATATATCAATGCCATAACTGTGGTTTTATAATTGATAGGGATTATAATTCTTCATTGAATATGATTTATTATGGAACAATA
AAATTAAATGAATTATTAAAAATTAAAAATAAAAAATTAAATAATTATTTTAAGAAATATAATATAAATTTAAATGTACCTATGGAGCGTAGGGAACTAA
CGCCTGTGGAGATTATTGCCTCTGGCTTTGAAGGGCTTAATATAAGCCCCTATGTGAAGTTAAGCATGGTCAATGAAGCAGGAAGCCTCTATGCTTTAGC
ATGAGGTAGTTCAC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1383 bp | 460 aa | 122 | 1504 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MIEEKRNKIKNSLRITKERRKTQDVIILKLKIDNDKLNNNTIKALNTIFLEAKWLYNYVINKEFNNDIFNIDPKIKNVQVYVIDHYETRKLKYLSSQMKE
EIINRAMDNIRGLHKLKEKGLKIGKLKFKSFITSIPLNQYTITYKIINNNYIKIQNIKQLLKVNGLDNLECYYEPASALLINKNSNYYINITAYKNKYIL
EKPVNNQKIISFDLGIKNQLTCSNGSILNYNIPKSRKEIRLQRSLSRKAKYAEGTKKLSRGQSRNYYKNKNKLNKEQNKTMNKRKDTINKITHYLTSNYD
IVVTQNDNIRGWKYLFGKRIESTGIGGIIDALKHKASTLILIDRFIPTTKECSKCHNKYDIKLDERIYQCHNCGFIIDRDYNSSLNMIYYGTIKLNELLK
IKNKKLNNYFKKYNINLNVPMERRELTPVEIIASGFEGLNISPYVKLSMVNEAGSLYALA
EIINRAMDNIRGLHKLKEKGLKIGKLKFKSFITSIPLNQYTITYKIINNNYIKIQNIKQLLKVNGLDNLECYYEPASALLINKNSNYYINITAYKNKYIL
EKPVNNQKIISFDLGIKNQLTCSNGSILNYNIPKSRKEIRLQRSLSRKAKYAEGTKKLSRGQSRNYYKNKNKLNKEQNKTMNKRKDTINKITHYLTSNYD
IVVTQNDNIRGWKYLFGKRIESTGIGGIIDALKHKASTLILIDRFIPTTKECSKCHNKYDIKLDERIYQCHNCGFIIDRDYNSSLNMIYYGTIKLNELLK
IKNKKLNNYFKKYNINLNVPMERRELTPVEIIASGFEGLNISPYVKLSMVNEAGSLYALA
Blast result :
Comments
ISFac 11 is 48% aa similar to ISBlo12.
References
1] ISfinder annotation (2010)
2] Allen,E.E., Tyson,G.W., Whitaker,R.J., Detter,J.C., Richardson,P.M. and Banfield,J.F. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (6), 1883-1888.
2] Allen,E.E., Tyson,G.W., Whitaker,R.J., Detter,J.C., Richardson,P.M. and Banfield,J.F. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (6), 1883-1888.