ISShwo5
- Family IS110
- Group IS1111
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010506 | ND | Shewanella woodyi | Shewanella woodyi MS-32 |
DNA section
IS Length : 1611 bp
Ends
IR Length : 14/31
IRL : CTTGATAATCATTGAGCCTCCTCCCTAGCAAACCGCATTAGCAGTATGCT
IRR : -----ACACATATGAGCCTCCCGCCAGTCAATAGGCGAGCTTAACTAGTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TGTTTAACAG | TATGTAACGG | 0 | |
TATTAATTAG | TAGCTGCCTT | 0 |
DNA sequence
CTTGATAATCATTGAGCCTCCTCCCTAGCAAACCGCATTAGCAGTATGCTGAAGGTGACGAAACCAACAGGAGAAAGCTCAATGAGATTTTATAATAACT
CACATCCATACTACTGTGGAATTGATTTACATGCGCGCTTACTTTATGTCTGCATTATTGATTCTAAAGGGAAAGTTGCTGTACATAAAAAGATTGATGC
AGACAAAGGTGACCTGTTGCGCATACTTGAACCATATATAGGTAATGTCATAGTCGGCGTTGAGTGCATGCACTGCTGGTATTGGGTCTCTGATTGGTGT
GCTGAACTTGGCATCGACTTTGTCTTAGGCCATGCCCTGTATATGAAGGCTATTCACGGAGGTAAAACCAAAAACGATAAAATCGACTCCTTTAAAATAG
CGTCGCTACTTCGTGGTGGTAACTTCCCAATCGCTTACAACTACCCTAACGAAATGCGTGCTGCCCGCGACCTACTACGTCGCAGAATGAAGATAGTCCG
TCACGGTGCCATGCTCAAAGCTCATGTTGTTAATACAAACAGCCAGTACAACTTACCTGCGACAGAGTTAAATCTTAAAAACATTTCCGCAAGACAAAAA
TTACGTCAACAATATAAAGACCCTATCGTACAGCGAAATATAGACTTAGACATGGCACTTCTCGATTGCTATGCCAAGGAACTCGCTCAGGTTGAATGGT
TTATTGAGAAACAAGCCAAAAACCATAATCCCGTTTATCTTGAATTACTTAAAACCGTTCCAGGTATTGGTAAGATTTTATCGCTGACTATCCTTTATGA
AATCGGTGATGTCACTCGGTTTGAATCAGTTCAAAAATTTGCCTCATACTCTCGTTTAGTGAAATGCAAAGCTGAGTCAGCTGGTAAAACCTACGGCACC
AACGGCAATAAAATCGGTAATGCGCACTTGAAATGGGCGTTCTCTGAAGCGGCAGTGCTTTACCTTCGTGGTAATGATAAAGCGCGTAACTATCTTAACC
GATTACAAAAACGGATGAGCAAAGCCAAAGCACTATCTGCGCTAGCTCATAAGCTTGGACGTTGTGTCTACTTCATGCTGAAAAACAAAACGGTGTTTGA
TGAACAACGATTTTTGAAAGGATAAGTCGCGCAATAAGGTGAGCTGAACGTCTAACTAGATACTCTTAAAAAGAGAAGCGAGCATGACTGTGAATGATGT
GGCTAATGAAATAATAATTTCTCACCATCATCACTATGCCAAGTGCGACTTAAGCTACATAGACTTGATTAGACACCTTATTGGCGCGCATTAATTAATA
CAATCAACAAAGTCGTTTACCCCCTAAATGAGCCTGAAACTAACTGTGCTATAAGCACCTGAGACTTGAATAGTGCCATCTTAGGGTTAACCGATAACTG
TCTAGTGCCCCTGATATTCCAAAGGATTGGACTGCGTCAGGCTGCGATAAGATCGTAATAAGAGAGCCTCTATATGTGTTTGCTGTAAACGATGATTTGA
CAGCGCACCGACATGCGAAGTGGATGAATTTGTTGATTGATTTAAATTTGACTGCACAAGCAGCCAAACTAGTTAAGCTCGCCTATTGACTGGCGGGAGG
CTCATATGTGT
CACATCCATACTACTGTGGAATTGATTTACATGCGCGCTTACTTTATGTCTGCATTATTGATTCTAAAGGGAAAGTTGCTGTACATAAAAAGATTGATGC
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GCTGAACTTGGCATCGACTTTGTCTTAGGCCATGCCCTGTATATGAAGGCTATTCACGGAGGTAAAACCAAAAACGATAAAATCGACTCCTTTAAAATAG
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CAGCGCACCGACATGCGAAGTGGATGAATTTGTTGATTGATTTAAATTTGACTGCACAAGCAGCCAAACTAGTTAAGCTCGCCTATTGACTGGCGGGAGG
CTCATATGTGT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1044 bp | 347 aa | 82 | 1125 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MRFYNNSHPYYCGIDLHARLLYVCIIDSKGKVAVHKKIDADKGDLLRILEPYIGNVIVGVECMHCWYWVSDWCAELGIDFVLGHALYMKAIHGGKTKNDK
IDSFKIASLLRGGNFPIAYNYPNEMRAARDLLRRRMKIVRHGAMLKAHVVNTNSQYNLPATELNLKNISARQKLRQQYKDPIVQRNIDLDMALLDCYAKE
LAQVEWFIEKQAKNHNPVYLELLKTVPGIGKILSLTILYEIGDVTRFESVQKFASYSRLVKCKAESAGKTYGTNGNKIGNAHLKWAFSEAAVLYLRGNDK
ARNYLNRLQKRMSKAKALSALAHKLGRCVYFMLKNKTVFDEQRFLKG
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Blast result :
Comments
The ISShwo5 transposase has 94% identity to ISShfr7_aa1. There are 2 full length copies encoded in the Shewanella woodyii chromosome. The inverted repeats begin at positions 13 and 8 from the left and right end, respectively.
References
1] Romine, M. (2009) Direct submission