ISCpe8
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
FJ589781 | ND | Clostridium perfringens | Clostridium perfringens |
DNA section
IS Length : 1964 bp
Ends
IR Length : 22/24
IRL : GGCTATGTTAGCTAACTTTGTGATTAATTATATCTAAAATAGGCTATAAT
IRR : GGCTATGTTAGCTATCTTCGTGATAGATATGACATAAAAACAACCACGCC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TACTCCCATTCATATATTAT | AAAATAAT | AAATAATATGGGAGTATTTA | 8 |
DNA sequence
GGCTATGTTAGCTAACTTTGTGATTAATTATATCTAAAATAGGCTATAATATAGGTATAGACTATATTTCAACTAATTTACAGAAAGGATACCTAATATT
ATGTCAAAAATAGATATAAAAGCTATGATAAAAGATTTAAAAAAGAATGAACTTACAGAGTTAATTTCAGTAGCACAAGAAGTATTAAGTACTTTATTTA
ATTCTTCTGAAATTAGAGATAATGTTAAAGAAAGTAGATTTTCTAAAGGATACGAGTGCCCAAAATGTCAATGTAAAGATGTAAATAAAAATGGGAAATC
TAATGGAAGACAAAGATATATATGTAAACGTTGTCGTACAAGTTTTGATGAGTTTACTATGTCCCCATTCTCTAATACAAAATTAGGGTTAGATAAATGG
ATAAAATACTGCGAATTAATGATATTAGGACTTTCTATAAGAAAATGTGCTGAAGAAGTAGGAGTAGGTGTTAAAACGTCTTTTTACATGCGTCATAGGA
TACTTGATGTAATCAATTTATCATTAAAAAATGATAAAGTTGAAGGTATAGTTGAAGTAGATGAATGCTTTATTAAGGAGTCTTTTAAAGGGAATCATTC
TAAAAGTACTACATTTGTAATGCCTAGAAATCCTAGAAAAAGAGGTAAAGGTAAAAATGATAAGAAGAAAAGAGGAATATCAAAAGAGCAGATTTGCATA
GAGACAGCAATTGATAGAAAAGGAAATATCCTTATGAGTGCTGTTTGTAATGGCAGAATTACAACAAATCAAATAATTAACTTCTTTGACAATAAAATAT
GTGAAGATGCTACTTTTTGCGTAGATTCACATAAATCATATATGGCAATAAAGGATAAGTTGAATATAGAGTTAAAGCAAGTTCCTAGGGGAAAATCAAT
GATAGATAGTGTTTATCATTTACAGCATATAAATGCTCTTCACAGTAGCTTTAAGAGATGGTTAATGACTTTTAATGGTGTATCCACAAAATATATCAAT
AATTATTTGGCTTGGTTTAAATTTCTACAACTAAGTAAGAAAAATAAAAAGAATGACCGAATTAAAGATATGCTAGTGAATGTAGCTACTAAGGATACTT
ATGTAACTAGAGCCACTATTAGAAATAGATTCATTGAGTTAATATAAAATAAGGAACTTTACTTAGAATTAATGAAACCATTTTATAATTGGAAAATAAT
CGAATACTTTGTATAATATAATTAAGTTCACAATTGTTATATAATGTGAAGTGAAGATATTATTAATATTATATATAAATAGAAATTTCTAGAGGTGATA
AAGTGATTGGAATAAATGATGCTTGTGAAATATTGAGTTGGGCATATAATAATAATATAGAAATATGGTTAGATGGTGGTTGGGGTGTAGATGCTTTACT
TGGAAAAGAAACACGTCAGCATAATGACATTGATTTATTTGTAGAAGAAAAAAACTATAATAAATTTATTGAAATAATTAAAAATAAAGGATTTAATGAA
ATTGTAGTGGAGTATACAAGTGAAGTGCATACTATTTGGTCTGATAATAAATTACGAATTATTGATTTACACATGTTTAAAGATAACTGTGATGGAACCA
TATGTTATGAAGGCGAAGTTTTTCAAAAAAATATATTCGATGGTGTTGGAAAAATAGGAAATATTATGGTTTCTTGTATAAATGCTAAAAATCAAGTCTT
ATTTCACTTAGGGTATGAATTTGGAGAAAGTGATATTCATGATGTAAAATTATTATGTAAAGAATTTAACATTCCGATACCTAAAGAATATGAAAATTTT
TAAATTAGCGATAATTATAATCTTTAGATTTAATAATATTACTATATCACGAAGAATTTATAATAAGTCATAAAAACAACCACATCTTATAATTCAATGT
ATTGAAAAATCTAAGGCGTGGTTGTTTTTATGTCATATCTATCACGAAGATAGCTAACATAGCC
ATGTCAAAAATAGATATAAAAGCTATGATAAAAGATTTAAAAAAGAATGAACTTACAGAGTTAATTTCAGTAGCACAAGAAGTATTAAGTACTTTATTTA
ATTCTTCTGAAATTAGAGATAATGTTAAAGAAAGTAGATTTTCTAAAGGATACGAGTGCCCAAAATGTCAATGTAAAGATGTAAATAAAAATGGGAAATC
TAATGGAAGACAAAGATATATATGTAAACGTTGTCGTACAAGTTTTGATGAGTTTACTATGTCCCCATTCTCTAATACAAAATTAGGGTTAGATAAATGG
ATAAAATACTGCGAATTAATGATATTAGGACTTTCTATAAGAAAATGTGCTGAAGAAGTAGGAGTAGGTGTTAAAACGTCTTTTTACATGCGTCATAGGA
TACTTGATGTAATCAATTTATCATTAAAAAATGATAAAGTTGAAGGTATAGTTGAAGTAGATGAATGCTTTATTAAGGAGTCTTTTAAAGGGAATCATTC
TAAAAGTACTACATTTGTAATGCCTAGAAATCCTAGAAAAAGAGGTAAAGGTAAAAATGATAAGAAGAAAAGAGGAATATCAAAAGAGCAGATTTGCATA
GAGACAGCAATTGATAGAAAAGGAAATATCCTTATGAGTGCTGTTTGTAATGGCAGAATTACAACAAATCAAATAATTAACTTCTTTGACAATAAAATAT
GTGAAGATGCTACTTTTTGCGTAGATTCACATAAATCATATATGGCAATAAAGGATAAGTTGAATATAGAGTTAAAGCAAGTTCCTAGGGGAAAATCAAT
GATAGATAGTGTTTATCATTTACAGCATATAAATGCTCTTCACAGTAGCTTTAAGAGATGGTTAATGACTTTTAATGGTGTATCCACAAAATATATCAAT
AATTATTTGGCTTGGTTTAAATTTCTACAACTAAGTAAGAAAAATAAAAAGAATGACCGAATTAAAGATATGCTAGTGAATGTAGCTACTAAGGATACTT
ATGTAACTAGAGCCACTATTAGAAATAGATTCATTGAGTTAATATAAAATAAGGAACTTTACTTAGAATTAATGAAACCATTTTATAATTGGAAAATAAT
CGAATACTTTGTATAATATAATTAAGTTCACAATTGTTATATAATGTGAAGTGAAGATATTATTAATATTATATATAAATAGAAATTTCTAGAGGTGATA
AAGTGATTGGAATAAATGATGCTTGTGAAATATTGAGTTGGGCATATAATAATAATATAGAAATATGGTTAGATGGTGGTTGGGGTGTAGATGCTTTACT
TGGAAAAGAAACACGTCAGCATAATGACATTGATTTATTTGTAGAAGAAAAAAACTATAATAAATTTATTGAAATAATTAAAAATAAAGGATTTAATGAA
ATTGTAGTGGAGTATACAAGTGAAGTGCATACTATTTGGTCTGATAATAAATTACGAATTATTGATTTACACATGTTTAAAGATAACTGTGATGGAACCA
TATGTTATGAAGGCGAAGTTTTTCAAAAAAATATATTCGATGGTGTTGGAAAAATAGGAAATATTATGGTTTCTTGTATAAATGCTAAAAATCAAGTCTT
ATTTCACTTAGGGTATGAATTTGGAGAAAGTGATATTCATGATGTAAAATTATTATGTAAAGAATTTAACATTCCGATACCTAAAGAATATGAAAATTTT
TAAATTAGCGATAATTATAATCTTTAGATTTAATAATATTACTATATCACGAAGAATTTATAATAAGTCATAAAAACAACCACATCTTATAATTCAATGT
ATTGAAAAATCTAAGGCGTGGTTGTTTTTATGTCATATCTATCACGAAGATAGCTAACATAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
501 bp | 166 aa | 1303 | 1803 | + | No |
Annotation : O-lincosamide nucleotidyltransferaseDescription : Antibiotic resistance
ORF sequence :
MIGINDACEILSWAYNNNIEIWLDGGWGVDALLGKETRQHNDIDLFVEEKNYNKFIEIIKNKGFNEIVVEYTSEVHTIWSDNKLRIIDLHMFKDNCDGTI
CYEGEVFQKNIFDGVGKIGNIMVSCINAKNQVLFHLGYEFGESDIHDVKLLCKEFNIPIPKEYENF
CYEGEVFQKNIFDGVGKIGNIMVSCINAKNQVLFHLGYEFGESDIHDVKLLCKEFNIPIPKEYENF
Blast result :ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1047 bp | 348 aa | 101 | 1147 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSKIDIKAMIKDLKKNELTELISVAQEVLSTLFNSSEIRDNVKESRFSKGYECPKCQCKDVNKNGKSNGRQRYICKRCRTSFDEFTMSPFSNTKLGLDKW
IKYCELMILGLSIRKCAEEVGVGVKTSFYMRHRILDVINLSLKNDKVEGIVEVDECFIKESFKGNHSKSTTFVMPRNPRKRGKGKNDKKKRGISKEQICI
ETAIDRKGNILMSAVCNGRITTNQIINFFDNKICEDATFCVDSHKSYMAIKDKLNIELKQVPRGKSMIDSVYHLQHINALHSSFKRWLMTFNGVSTKYIN
NYLAWFKFLQLSKKNKKNDRIKDMLVNVATKDTYVTRATIRNRFIELI
IKYCELMILGLSIRKCAEEVGVGVKTSFYMRHRILDVINLSLKNDKVEGIVEVDECFIKESFKGNHSKSTTFVMPRNPRKRGKGKNDKKKRGISKEQICI
ETAIDRKGNILMSAVCNGRITTNQIINFFDNKICEDATFCVDSHKSYMAIKDKLNIELKQVPRGKSMIDSVYHLQHINALHSSFKRWLMTFNGVSTKYIN
NYLAWFKFLQLSKKNKKNDRIKDMLVNVATKDTYVTRATIRNRFIELI
Blast result :
Comments
tISCpe8 is 99% (ORFA : the transposase) aa similar to ISCba1. The second ORF is a passenger gene annotated as lincosamide nucleotidyltransferase (lnuP).
References
1] Julian Roods (2009) Direct submission.
2] Dena Lyras , Vicki Adams1, Susan A. Ballard, Wee L. Teng, Pauline M. Howarth, Paul K. Crellin , Trudi L. Bannam, J. Glenn Songer and Julian I. Rood. (2009) J. Bact
2] Dena Lyras , Vicki Adams1, Susan A. Ballard, Wee L. Teng, Pauline M. Howarth, Paul K. Crellin , Trudi L. Bannam, J. Glenn Songer and Julian I. Rood. (2009) J. Bact