ISOt5

  • Family IS110
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_010793 ND Orientia tsutsugamushi
Orientia tsutsugamushi Ikeda
DNA section
IS Length : 1245 bp

Ends


Left end : TGTATGATAAAAATAAGTGAAATTGCAATAAAATAAAAGATTATAGCAATAGCACAAAAGAAAGCTAGTATACAGTAGCGTTCCTAAGGCTAATAGCCTG
Right end : AATCCTAATGTTTTAATCAATCAGAAATAATAATTTTATAAAAACTTACATCTTTTTTATAAAATTATTATTTCTTTTCTTGATTCTTATCACGGTATCT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CTGATAGGCTTGGCGTATCTTGTATGATAAAAATAAGTGA0
GCATATATTCGAGCATTCCTTGACATCCAGCACATCAAAA0
TTAATGCATCAGCTAATCCTATATATAGTGTCTTTCCACT0
TTAATGCATCAGCTAATCCTATATGCTTTTTCCTAACAAT0
TTAAAGTTGATAATATTCCTATAGGTATTGCAATGTTTGC0
TGGTTATACCATCTATTCCTATAGCTTTCTTGCTATCGAG0
TGAAGGTTGATAACATTCCTATATGCTTTTTCCTAACAAT0
TGAACTGTTTTAGCATACCTATAACGTTTTCATTCACAAC0
TTAAAGTTGATAATATTCCTATAGGTATTGCAATGTTTGC0
CTTTAGAAACATCAATTCCTATAATTATACTATTCATAAT0

DNA sequence

TGTATGATAAAAATAAGTGAAATTGCAATAAAATAAAAGATTATAGCAATAGCACAAAAGAAAGCTAGTATACAGTAGCGTTCCTAAGGCTAATAGCCTG
TTCTATAGATAAGTAACTAGCTTTTTTAATTAAAAACCGGACGGTATTCTTAGGCAAAAAGCCTGTATTTACAAGGTTGGTTTTGAGATATTTAACATAA
AATTTGGTGATTATGAATAGTATAATTGTAGGAATTGACGTTTCTAAAGAGACATTTGATGCAGCTGTGTTAATTAATAATAAAGTTCAAACAAGAAAAT
TTAATAATAATTCTGAAGGGTTTAACAAATTAGTAACATGGTTAAAAAGCAGAGGAACTGGACATGTTTGTATGGAAGCAACAGGTATCTACTGGAAAAA
TTTAGCTAAATATCTGTACGATTATGGTTATAAAGTAAGCGTAGTAAATCCTGCCCGTATTAAAGGTTTTGCAATGAGTAAACTTAGTCGTACAAAAACA
GATAAAGCAGACAGTGTATTAATAGCAGATTTTTGCAAAGCAATGAAACCGGAAGCATGGTATCCACAGCCTCTTTATATTCAAGAACTACAGCAGCTAG
TTAATCGCCTGAATGTTTTAATTAAGCATAAAACACAAGAAACAAATAGATTAGAAGGAGCTTCTAAAGCAATTGCTAATAATATTCAAATGCATATTGA
ATTTCTTGAAACACAAATTAAAGAAATTGAACAACTAATCAATGACCATATTAAAAATAACAAAGATCTTCATAATAAGGCTATGTTACTTGAGTCAATA
CCAGGCATAGGAGCAAAAACACAGGCTGTAGTTCTTGCTTTTTTAGCAGATATTGAGAAATTTAGTTCTGCTAAACAAGTTGTAGCTTTTGTAGGTCTTA
ATCCTAAGCATCGTCAATCTGGCAGTTCCGTGCGGGGTGCTAGTAGAATCTCTAGAACTGGTAATTCAGATCTACGTAAGTCTTTTTATATGCCTGCTAT
GTCTGCCTTAAGACATAATTGTATTATCAAGCAATTTTCTCAACGTTTGTCTGATACTGGCAAACCCAAAATGCTTATCCTTATTGCCGCTATGCGTAAG
TTATTACATATCATTTATGGTGTTTTAAAGCATAATTCTCCTTTTAATCCTAATGTTTTAATCAATCAGAAATAATAATTTTATAAAAACTTACATCTTT
TTTATAAAATTATTATTTCTTTTCTTGATTCTTATCACGGTATCT
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
969 bp322 aa2071175+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DEDD

ORF sequence :

MIMNSIIVGIDVSKETFDAAVLINNKVQTRKFNNNSEGFNKLVTWLKSRGTGHVCMEATGIYWKNLAKYLYDYGYKVSVVNPARIKGFAMSKLSRTKTDK
ADSVLIADFCKAMKPEAWYPQPLYIQELQQLVNRLNVLIKHKTQETNRLEGASKAIANNIQMHIEFLETQIKEIEQLINDHIKNNKDLHNKAMLLESIPG
IGAKTQAVVLAFLADIEKFSSAKQVVAFVGLNPKHRQSGSSVRGASRISRTGNSDLRKSFYMPAMSALRHNCIIKQFSQRLSDTGKPKMLILIAAMRKLL
HIIYGVLKHNSPFNPNVLINQK

 

Blast result :
Comments
ISOt5 is 66% aa similar to ISCARN57.
References
1] Nakayama,K., Yamashita,A., Kurokawa,K., et al. (2008) DNA Res.