ISPph3
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_011060 | ND | Pelodictyon phaeoclathratiforme | Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1 |
DNA section
IS Length : 1810 bp
Ends
IR Length : 21/25
IRL : CCTAAACTGAGCGATTTGTTATAAAAAAAGCTCCCATATTTACGGTTAAA
IRR : CCTAAACTGAGCGATTCGTAAAACAGCAACCCATCCAACGTCAGAAATAC
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| GTCGAGATTC | TTTAA | GTTATCACGC | 5 |
| GCTATCCGTC | TTTGA | AATTATTTCC | 5 |
DNA sequence
CCTAAACTGAGCGATTTGTTATAAAAAAAGCTCCCATATTTACGGTTAAAGTGTTATATTAAAATGTGTAACGGGAAATTACCACTTGTAATGCAACACA
AACAGAAAAATAAGGAAGCTCTATGTCGAAAGGTACAAAAAATAGCCGCAAAAAAGACCATCACATCAGTTCTGTCGGGACAACCAATGATTGTATTACC
AACCGTGCTGGGCTGACATTGTTCGCCACCTATCTGCAGAGTATTCAGCTCATGCCGATTATGGATGAAATGTTTTGTGCCATGCGAAAAAACAAAAAAG
GCGTCCCGGTTGTTGATCTGCTTCTTCAATTGTTGTGCTTTTTTATGGATGGTACCAGCCGTCACCTGACGCAGTTCGACCAGCTCAAAAAAGAAAGGAG
CTATGCTCCGCTGATTGGCTGTAAGCCAGAGCACTTGGCATCGTCTCATGCAGTCAAGAGATTTTTTGGAATTTTCTCTTTTCATCAAGTCAAGCTGTTC
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CTCTGAAACGAGAAGGTGTTGAACCAACGTACAAGAAAGTCAACGGTTTTCATCCCGTACAAATGAATTGGGGCAGGTACTTTGTTGATGCTGTTTTCCG
TGTTGGCTCAGATCATTCAAATCATGGTCAAACGGTTGAAATGATGATACGTCATATTGTTGCTACGATCAGAAAGGAGTATCGTGTTAACGTACCGATC
ATTATTCGAATGGATTCCGGCTTCTACGATCAGAAGTTGTTCAAAACCTGTGAGTCGTTGCATGTTGGTTATATATGCGGCGGAAAGCTTTACGACAATG
TAAAAAAAGCTGCGGAGGAGAACGCCAATTGGTCTAACTTTAACTCGCACAATAAAAAGGAGATATGGGAGTATACCGAGTTTATGTGTCAACAAGAAAC
TTGGGATTTGGCCCGTCGGACGATTTATAGTCGTATGATTCAGCATGACCGGCAACTTGTCGTACCTGGACTGGGTACTGATAGCGTCATCGTCACCAAC
ATTGGTATGGGTTGTTGTTTGATTGACGAACTTCTCTATCAAGCCGGTGCCGAGAATCTTCTTTTCGCTCACGATATTCTCGGAAACTATCACCAGCGTG
GCAATGATGAATTGGCCAACCGTGCCATCAAAAACTTTGGCGAAGAACAATTACCCTTCAAGTATTTTTATGCTAATGCAGCATGGTACTTTCTCATGCT
GCTTGGTAATAATCTGTTCGAGAGCTTCAAAGCAGATGTCAGCTCATCAGTTATTGCTACAACAGTTTATGCAGATACATTTCGTCGGCAGCTTATTGAT
ACCGCAGCCCAAAAATTGTTCGTAATGGCAAAAAGCTTATGATGAAAGTTCCAACGGACTGCTTTCATCGGCTGCAATTCGATAAACTCTTTGAGCGCTG
TTTAAACGTTACTGTTTTGATGTGTTAAACAACGCGTTACGGCAATAGAATGCCTATGCCAATTAGCATTGGAGGGGAGGTTGCGCCCAAAAAGAACCTA
CCACAGCTATTTCGCTCAGATTGTCACAATATTTTTAAAATGAGTGCCTTGCTGTTCAGAAAATGGACAAGCAATTGGGTCTGGAATAATCTTTTTTGGT
ATAAAATCAGGATTCTTCAGGCTGTTTGGCTATAATTTGTCTCAATTGTTTTTCTTTTCTGTATTTCTGACGTTGGATGGGTTGCTGTTTTACGAATCGC
TCAGTTTAGG
AACAGAAAAATAAGGAAGCTCTATGTCGAAAGGTACAAAAAATAGCCGCAAAAAAGACCATCACATCAGTTCTGTCGGGACAACCAATGATTGTATTACC
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TTTAAACGTTACTGTTTTGATGTGTTAAACAACGCGTTACGGCAATAGAATGCCTATGCCAATTAGCATTGGAGGGGAGGTTGCGCCCAAAAAGAACCTA
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ATAAAATCAGGATTCTTCAGGCTGTTTGGCTATAATTTGTCTCAATTGTTTTTCTTTTCTGTATTTCTGACGTTGGATGGGTTGCTGTTTTACGAATCGC
TCAGTTTAGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1320 bp | 439 aa | 123 | 1442 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSKGTKNSRKKDHHISSVGTTNDCITNRAGLTLFATYLQSIQLMPIMDEMFCAMRKNKKGVPVVDLLLQLLCFFMDGTSRHLTQFDQLKKERSYAPLIGC
KPEHLASSHAVKRFFGIFSFHQVKLFRYLLQKIFLWRLKIDQPAVIELGIDSMVMDNNDALKREGVEPTYKKVNGFHPVQMNWGRYFVDAVFRVGSDHSN
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SFKADVSSSVIATTVYADTFRRQLIDTAAQKLFVMAKSL
Blast result :
Comments
ISPph3 is 71% aa similar to ISPelu1.
References
1] Isfinder annotation (2009)
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Liu,Z., Li,T., Zhao,F., Overmann,J., Bryant,D.A. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Liu,Z., Li,T., Zhao,F., Overmann,J., Bryant,D.A. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.