ISLar3
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NZ_ABCK01000031 | ND | Lentisphaera araneosa | Lentisphaera araneosa HTCC2155 |
DNA section
IS Length : 1655 bp
Ends
IR Length : 13
IRL : CCTGAATCCGTGAGCTGAGGCTGAAAAATACAGCTAAAACAAGAAAACCT
IRR : CCTGAATCCGTGACAAGGATTTGTGAACTACCTCAAAAGCTGTAGTTGGT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| AAAAACTGAG | TTCTT | TATTGTATCA | 5 |
DNA sequence
CCTGAATCCGTGAGCTGAGGCTGAAAAATACAGCTAAAACAAGAAAACCTGTTGGTTTATAGTAATTTAAGTTACCACACCAAAATCACCCAACAGGTTT
CCTCATGAATAAAGCATTCAAACTCGACACAGGCAATGATTCTCTTCACAGTATTGGCGGAATATTTTTAGGAGGTCAAGTTCTTCAACAAAGTGAAATT
GACGATGAGTTCAGAACAGATCACAAAGCTAATCATATCTTTCAAGATGTAGATATCTTCAAGTCTCAGGTTGGGTTGCTGATTCAGGGGCGTGAACGCT
TCACAGATATTAGTCAGTTTCGAGAAAACGAAGTTTTTACGAAATCACTTGGATTAAATAAAGTTCCATCAGAGGAACGTTTGCGTCAACGATTAGAAAT
CATGTCCTCTGAGCATGAAGTGCGTTTAAAGTCAGCTAATACGAAGCTTATTAAAAAGCAATCGATAGGTAGCTTATCAAGAGGCGGAATGGATTTTATT
CCACTCGATATGGACGTATCACCCATGGATAACTCCGGAAGTCACAAAGAAAATGTGAGTTGGACGTATAAAAATCATGATGGTTTTTCTCCTATGTTTG
CCTACCTCGGAATTGAGGGTTTTATGCTGAACAATGAACTACGTCCAGGTTCACAACATGCACAAAAAGGAATGCCTGAGTTCTTAGACGAAAGCTTTAC
TATGATCAAAAAATTAAAGCTTAAACACCCCGTTCTACTTCGTTTAGACTCCGCTCACGATGCTGAAGTTAATTTCGATCACCTCCCTGATGACCAATAC
TTTCTGATTAAACGGAACCTGAGAAAGGAATCCAAAGAACAGTGGTTATCCAACGCACGGCGTTTAGGGCGACAGCTTAAATCTCGAGATGGTAAGAATG
TATTTGTCGGTGAGCTCCATCACAGACAACCTGGAAACAATGAAGAGCGTAAAGTGGTTCCTTTTATTTTTAAAGTTACGGAGCAACTCGAGGATCAAGA
CGGCAATCGACTTTTGATGCCAGAGATCGAAGTGGAAACCTATTGGACCAATTTACCTCTGGAAGCCGAGGATGTGATCGAACTTTATCACGATCATGGA
ACCAGTGAACAGTTCCATAGCGAATTAAAGAGCGATATGAATGTAGAGCGTTTGCCATCCGGAAAATTCAAAGCGAATCAATTCTTTTTACACTGCGCCA
TGCTGGCCTTTAATGTTCTCAGAGTCATTGGCAATCACCTTATCCATAATAAATCTTTGGCTCCAATAAAAATCAAAGTTCAACGGCGACGCTTACGTTG
TGTAATACGTGACTTAATTTTTATCGCTTGTAAACACGTAAAACACGCAGGAGATGAATTCCTTAAATTTGGACGACATTGCCCTTGGTTTAAGCTGTAT
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CGTGGAGGACTCTAGTTTTTGAGGTTTTCGTAGTCCATACACATCTCTGTCATCATAGCAGATAGAAAAAATTTCATAAGACGGACTTAAATGCTCCTCA
AATTGACCAACTACAGCTTTTGAGGTAGTTCACAAATCCTTGTCACGGATTCAGG
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AATTGACCAACTACAGCTTTTGAGGTAGTTCACAAATCCTTGTCACGGATTCAGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1320 bp | 439 aa | 105 | 1424 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNKAFKLDTGNDSLHSIGGIFLGGQVLQQSEIDDEFRTDHKANHIFQDVDIFKSQVGLLIQGRERFTDISQFRENEVFTKSLGLNKVPSEERLRQRLEIM
SSEHEVRLKSANTKLIKKQSIGSLSRGGMDFIPLDMDVSPMDNSGSHKENVSWTYKNHDGFSPMFAYLGIEGFMLNNELRPGSQHAQKGMPEFLDESFTM
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IRDLIFIACKHVKHAGDEFLKFGRHCPWFKLYQKISFSL
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IRDLIFIACKHVKHAGDEFLKFGRHCPWFKLYQKISFSL
Blast result :
Comments
ISLar3 is 58% aa similar to ISVva1.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Giovannoni,S., Cho,J.-C., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Beeson,K., Sutton,G., Rogers,Y.-H., Friedman,R., Frazier,M. and Venter,J.C. (2007) Direct submission GenBank.
2] Giovannoni,S., Cho,J.-C., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Beeson,K., Sutton,G., Rogers,Y.-H., Friedman,R., Frazier,M. and Venter,J.C. (2007) Direct submission GenBank.