ISCra1
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
DQ787200 | ND | Cylindrospermopsis raciborskii | Cylindrospermopsis raciborskii T3 |
DNA section
IS Length : 1753 bp
Ends
IR Length : 14
IRL : CCTGGATTATTCATCAGAGTAGAATAAAAATCGCTGAAAGGGTTATACTG
IRR : CCTGCATTATTCATGAAGGCAAAAACAGGAAAAACAAAACCTAACATTTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GCAAGCCTAT | TTAAACAGCA | 0 |
DNA sequence
CCTGGATTATTCATCAGAGTAGAATAAAAATCGCTGAAAGGGTTATACTGCAACAGCTACGGCAATTTTGTCATCCCAACACTCTGTAATTCCTATCCGT
CACCAAATTAAATAATAACTAACTTTAGTTATAAACTGAAAAAAAGGAATAAAAACAGCTATAATAAATCAGGATTTTAAAAATTAAACCTATCCACTAT
ATATGACTAAATCTTCCTCAAGATTATCTTTAAATTTCTTCGATAAAAAAACTTTAGATCTGACTTTTTCTGATATGAGTTTAAGTAGTGATGGCGGAAT
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TCTCAATTAATTAGCCAACGAATTTATCAAATAATTGCTGGCTATGAAGATAGCAACGATAGTAATAAATTGCGCCAAGATCCAATTTTTAAGCTAGTTT
GTAATCAAGTTCCCACAGTAGGAGAAAACTTATTAGCTAGTCAACCAACTATGAGTCGTTTAGAAAATCAGGTGACTCAAAAAGATATCAAACAAATTCG
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GTATAAATGTTAGGTTTTGTTTTTCCTGTTTTTGCCTTCATGAATAATGCAGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1350 bp | 449 aa | 203 | 1552 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MTKSSSRLSLNFFDKKTLDLTFSDMSLSSDGGIILARQVEEKVKICQDMADCLTDNRDQTKVKHSLSQLISQRIYQIIAGYEDSNDSNKLRQDPIFKLVC
NQVPTVGENLLASQPTMSRLENQVTQKDIKQIRRLFVDKFLESYPRESKEIVLDIDAWDALTHGHQQLSLFNGYHRHDIYFPVLINEASSGYPLVLQLRA
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LRETIIKIAAKVTVSARRVLVELPYYCPFSSEINLIMERLASEFEIIFS
Blast result :
Comments
ISCra1 is 75% aa similar to ISAcma21.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Kellmann,R., Mihali,T.K., Jeon,Y.J., Pickford,R., Pomati,F. and Neilan,B.A. (2008) Appl. Environ. Microbiol. 74 (13), 4044-4053.
2] Kellmann,R., Mihali,T.K., Jeon,Y.J., Pickford,R., Pomati,F. and Neilan,B.A. (2008) Appl. Environ. Microbiol. 74 (13), 4044-4053.