ISCwa5
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AADV02000001 | ND | Crocosphaera watsonii | Crocosphaera watsonii WH 8501 |
DNA section
IS Length : 1996 bp
Ends
IR Length : 16/20
IRL : CCCGAATTTCTCACAAAATCTGCGATCGCCAAACACAGAAGCCTTACAGG
IRR : CCCGGATTTCTCACAAATTAATTTGAAAGCCCAATCCAGAGATGAAAAAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAGCAGGTTT | GTTACCATTA | 0 | |
GAATGGTTAT | TTTAGCATAT | 0 | |
ATGGTGATTC | TAAT | ACACAACAGG | 4 |
ACAGTAATTC | TTTT | GAGTAAACGC | 4 |
TATGGCTACT | CAATCCATTC | 0 | |
TCTAACCCTC | GTCG | TTGATTTATAA | 4 |
TGGGGGTGGA | TAAGGTGGTG | 0 | |
CAAAACAATA | TATAGTATTC | 0 | |
TAATAATAAC | ATTAAGCTCC | 0 | |
GCTGAAAAAAG | TTTA | CATATAGTCAT | 4 |
GTCCCCTAGT | ATTAGCGGTTG | 0 |
DNA sequence
CCCGAATTTCTCACAAAATCTGCGATCGCCAAACACAGAAGCCTTACAGGAAGTGGGTTTGAACAGAGCGATCGCAGATTTCCCCAACCAACAGTCTGTT
GTCAGATTTTAAGTTAAAATCAACCCGAATTAGACAAAGATGAAAAGATAAATCAATCACTCATTTTTCCAAAAAAATTATTAATAAAATCTCTAATAGT
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TAATCAACTTTAGTAAACAGAAAGGAAAAGAAATAATCGCTAATTTTGATGGGGGACTAATCACTTCAGATGCGGGGATTGTCTGGATAGCTGAGTTGGA
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1485 bp | 494 aa | 267 | 1751 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSPSHPRTPRQVINFSKQKGKEIIANFDGGLITSDAGIVWIAELDKKLGITEKFGNCFQDHRHQSYVDHSVHELLAQRLYGIILGYEDVNDHDKLRHDPA
LKIALEKLNELEDKKGWLAGKSTINRLEYCPETILDQKTSRYHKIEPNFEAIEKSFVEFCLESYKKPPLSIILDMDVTDDQVHGNQEGAFFNSYYHGVCY
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Blast result :
Comments
ISCwa5 is 58% aa similar to IS1380.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,C., Glavina,T., Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S. and Richardson,P. (2005) Direct submission GenBank.
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,C., Glavina,T., Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S. and Richardson,P. (2005) Direct submission GenBank.