ISCwa5

  • Family IS1380
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NZ_AADV02000001 ND Crocosphaera watsonii
Crocosphaera watsonii WH 8501
DNA section
IS Length : 1996 bp

Ends


IR Length : 16/20

IRL : CCCGAATTTCTCACAAAATCTGCGATCGCCAAACACAGAAGCCTTACAGG
IRR : CCCGGATTTCTCACAAATTAATTTGAAAGCCCAATCCAGAGATGAAAAAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
AAGCAGGTTTGTTACCATTA0
GAATGGTTATTTTAGCATAT0
ATGGTGATTCTAATACACAACAGG4
ACAGTAATTCTTTTGAGTAAACGC4
TATGGCTACTCAATCCATTC0
TCTAACCCTCGTCGTTGATTTATAA4
TGGGGGTGGATAAGGTGGTG0
CAAAACAATATATAGTATTC0
TAATAATAACATTAAGCTCC0
GCTGAAAAAAGTTTACATATAGTCAT4
GTCCCCTAGTATTAGCGGTTG0

DNA sequence

CCCGAATTTCTCACAAAATCTGCGATCGCCAAACACAGAAGCCTTACAGGAAGTGGGTTTGAACAGAGCGATCGCAGATTTCCCCAACCAACAGTCTGTT
GTCAGATTTTAAGTTAAAATCAACCCGAATTAGACAAAGATGAAAAGATAAATCAATCACTCATTTTTCCAAAAAAATTATTAATAAAATCTCTAATAGT
ACTAGATTGTTAGAATAAAATATGCTATAATTTAATTATTAAAGCAATTTATCTTAAACTGATTTAATGAGTCCCAGTCATCCCCGAACCCCTCGTCAAG
TAATCAACTTTAGTAAACAGAAAGGAAAAGAAATAATCGCTAATTTTGATGGGGGACTAATCACTTCAGATGCGGGGATTGTCTGGATAGCTGAGTTGGA
TAAAAAACTGGGAATTACGGAGAAGTTTGGTAACTGTTTTCAAGATCATCGTCATCAATCTTATGTAGATCATTCCGTTCATGAGTTATTAGCACAAAGG
CTTTATGGAATTATTTTAGGCTATGAAGATGTCAATGACCATGATAAATTACGTCACGATCCTGCCCTTAAGATCGCTTTAGAAAAGCTTAATGAACTTG
AAGATAAAAAGGGATGGTTAGCTGGAAAAAGTACAATTAATAGATTGGAATATTGTCCTGAGACTATTCTCGACCAAAAAACGAGTCGTTATCATAAAAT
AGAACCCAACTTTGAAGCCATTGAAAAATCTTTTGTCGAATTTTGTTTAGAGTCTTATAAAAAACCTCCCTTAAGTATTATATTAGATATGGATGTCACG
GATGACCAAGTACATGGTAATCAAGAAGGGGCATTTTTTAATAGTTATTATCACGGAGTATGTTATGCTCCTTTATATATTTTCTGTGGGCATCATTTAT
TAGTGGCTAAACTTCGTTCATCTAATGTAGATCCAGCCGATGGAGCCTTAGACGAATTACAAAGAATTATCGGACTAATTAGAGAAAAATGGTCAGAGAC
TCATATCCTAGTTAGGGGTGATAGTGCCTATGCCCGTGAAGAAATCTTCTATTTTTGTGAAAATCAGCCTTTAGTTGATTATGTTATAGCTATGGGAACA
AATGGCGTTCTTAAGTTACGAGCGGATGATGTAATTGAAAAAGCCAAACATGAATATGAAAAAAAACTAGCTCCAATAACTGAATTAATGGATAGTTTAT
TTCAGAAAAAAGAAGATTTAGAAGAAGTTAAAAAATTAGTACCAATTTCTACTTGGTATCGCTCTATTCGTTATAAAACAGAAAAGTCATGGAGTTGTCA
AAGAAGAGTAGTGACAAAAGTTTGTTATGGAAGTGATGGCTTAAAAATGCGCCATGTGGTGACATCTTTGCCCGCTTCAAAAATTCCACCCTCAAAACTT
TATACAAAAAAATACTGTCCGAGAGGCGAGATGGAAAATCGGATTAAAGAACAACAATTAGACTTGTTAGCTGATAGAACTTCAACTCAAACATTTCAAA
GTAATCAACTAAGATTATGGATACATTCCTGGGCTTATGTTCTCATAAATGCTTTTCGTCAACACTGTTTAAAAAAAACTTCATTGGCTAAAGCAACTGT
GGGAAGAATACGTCTAAATCTTCTTAAGTTGGGAGCCAGAATAAAGATTAGTTGTAGAAGAATTATTATCGCTATAGCTAGTGCTTGTCCTTATCAAGAT
ATTTTGTCTATTGCTAACAAAAGAATTAAAACTATTCCTAATACTGGATAAGTAGAATAAGTTGTTTTCTAAAAAAGATATCTATCATAAGTTGTTGACT
GACTGATACTTTCATTTAGTCTTATTTATCGTGGAGAAAATCAAAAGTTAATATAATTATTCCCTCTTAAACTCAATTTTTGGATAATCAAAGTCAATTT
TTTTATTCATCTATATTCAAAATTTCTATTAGTCCTAAAAATTATCATTTTTCATCTCTGGATTGGGCTTTCAAATTAATTTGTGAGAAATCCGGG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1485 bp494 aa2671751+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MSPSHPRTPRQVINFSKQKGKEIIANFDGGLITSDAGIVWIAELDKKLGITEKFGNCFQDHRHQSYVDHSVHELLAQRLYGIILGYEDVNDHDKLRHDPA
LKIALEKLNELEDKKGWLAGKSTINRLEYCPETILDQKTSRYHKIEPNFEAIEKSFVEFCLESYKKPPLSIILDMDVTDDQVHGNQEGAFFNSYYHGVCY
APLYIFCGHHLLVAKLRSSNVDPADGALDELQRIIGLIREKWSETHILVRGDSAYAREEIFYFCENQPLVDYVIAMGTNGVLKLRADDVIEKAKHEYEKK
LAPITELMDSLFQKKEDLEEVKKLVPISTWYRSIRYKTEKSWSCQRRVVTKVCYGSDGLKMRHVVTSLPASKIPPSKLYTKKYCPRGEMENRIKEQQLDL
LADRTSTQTFQSNQLRLWIHSWAYVLINAFRQHCLKKTSLAKATVGRIRLNLLKLGARIKISCRRIIIAIASACPYQDILSIANKRIKTIPNTG

 

Blast result :
Comments
ISCwa5 is 58% aa similar to IS1380.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,C., Glavina,T., Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S. and Richardson,P. (2005) Direct submission GenBank.