ISCysp9
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_011729 | ND | Cyanothece sp. | Cyanothece sp. PCC 7424 |
DNA section
IS Length : 2001 bp
Ends
IR Length : 17
IRL : CCCGGATTTCTCACAAAAAGTGTAATCGCACCCAACTGAACACCTTATCG
IRR : CCCGGATTTCTCACAAACTGACTGGATCAACCGATGGAAAGGGTGAAAAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAGAAATGAG | GAAT | ATATTAAACT | 4 |
DNA sequence
CCCGGATTTCTCACAAAAAGTGTAATCGCACCCAACTGAACACCTTATCGAACCTTAATTTGAACGAGAAAATTCTCGATCAGGACTTACCGGCAGTATG
CTAACTTTTATCAGCTTAATAACACTATCAATTAGAGTTTTGGGAAAATCCTATTTAATTAGCGTAATTTTTACGCTAATTAATAATTAATTATTTATTT
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G
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GAATGCTGAATTGGATGACTTCCACAGCTTATCCAATTTTTTTTAAGCTCAATTTTCACCCTTTCCATCGGTTGATCCAGTCAGTTTGTGAGAAATCCGG
G
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1485 bp | 494 aa | 273 | 1757 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MALIPSAKNDEKLNLGKIKGKEVLVNFDGGRITSNGGIVLIAELDKKLKITHRFANCFQDYRNLSYINYSVHQLLAQRIYGIILGYEDINDHDKLRYDPA
LAIALEKLHIFESNEERLAGKSTINRLEYCPAIILNQEESRYHRIEHQPRDIEKAFIDIFLESYKKPPRQIILDMDVTDDPVHGNQEKAFFNSYYKGVCY
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Blast result :
Comments
ISCysp9 is 61% aa similar to IS1380.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Chertkov,O., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Liberton,M., Stoeckel,J., Banerjee,A., Singh,A., Page,L., Sato,H., Zhao,L., Sherman,L., Pakrasi,H. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Chertkov,O., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Liberton,M., Stoeckel,J., Banerjee,A., Singh,A., Page,L., Sato,H., Zhao,L., Sherman,L., Pakrasi,H. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.