ISTps2
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010321 | ND | Thermoanaerobacter pseudethanolicus | Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 |
DNA section
IS Length : 1750 bp
Ends
IR Length : 15/16
IRL : CTTGGATTCGGCAAGTGAATTTACGAAATGCCCAAATAGAGCCATTTGAG
IRR : CTTGAATTCGGCAAGTAGCAAGCAAATTAAAAATTCAATTTCCATGAATG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATGCCCCATCATGTATTAAA | TTTACTATTCCAAGGAGGTA | 0 | |
CCTAATTATTTAAATTTAAA | TTTAATTTTGTAACTGTAAG | 0 | |
ATTCACTAAACAATGTTTAC | TTAAAAAAAGATAGGGAAAT | 0 |
DNA sequence
CTTGGATTCGGCAAGTGAATTTACGAAATGCCCAAATAGAGCCATTTGAGGGCTAAATTAAGTGAAAAATTTTTTACAAAAAATATATGGAGATTCCCCT
TTTTCTGATAAAATTTAAGTGTCAAACAAAAACATTAACAGAAAGGAGAATCTCCATAATATGAGTTTAACACTTAATCTTACAAAAGAAAAGGGGTTTT
CAAAATATATTTTGCCAGCAACTTTTGATAATTTTACAGTATCAAACAATGTAACTTTCACCTATATCCAAGCATTTAAAGAAAAAATCGGCTTTAATAA
AATTCTTTCAAGCATATTATCCTTTAAAAAAGCACCAAATGCTGTTTTTCAACCAGCCGAGATTATTGACTTTATGATTGATTCTGTAATTCAAGGGAAT
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AAGCTTTGCCTGAAAGTTCTCTTGAAGAATTAAGACTTATTAACAAGACTTTGCTTTCCTTGCAATCTAAAGGAACGAAACGTGAAGTCATTATGAATTT
TGATGATACAGTTTGTACTATATTTGGAGAGCAGGAAGGTGCTTCAGTAGGTTATAATCCAAGGTACCATGGTCGACCATCTTTCAAAGAGAAAATCGGC
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GTAAATGAAATATATGCAAAAATGCCTAAATGGGATAAAGTACGCAGAATTGTGATTATACGCAAAAAACTGCCACAGCCCAAAACAGGGCAGATTTGTA
TGGATATAGACGAATTCAAATATGAATATCAAGCTATAGTAACAAATATTGAGTACATGACACCTGAAGAAATATTTCATGAATACAACCAACGCTGCGA
CATTGAAAACAAAATAGATGAACTAAAAGAAGGATTTGCTTTTTCAAAAAACAGTCAAAGAAACAAATTTTGCAACGAAATATTTTTGCTTATCAAAATG
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CTGGTAATCTTGTTGGGAAAGGACGTTATAGGCATATACGTTATCCTAATAATCCGTTTCTTAAAACTGTGATAACGTATATACGAAAAGCACTAATGGT
ATTTTGCTTAACATAGTAAACACATAGAATATACCAAAAAATATACCAAATGATAGAAACCGCCATATCAAGTAGACGGTTAGCTTTGCTATACCTTAAA
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TTTTCTGATAAAATTTAAGTGTCAAACAAAAACATTAACAGAAAGGAGAATCTCCATAATATGAGTTTAACACTTAATCTTACAAAAGAAAAGGGGTTTT
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CATTCATGGAAATTGAATTTTTAATTTGCTTGCTACTTGCCGAATTCAAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1356 bp | 451 aa | 161 | 1516 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSLTLNLTKEKGFSKYILPATFDNFTVSNNVTFTYIQAFKEKIGFNKILSSILSFKKAPNAVFQPAEIIDFMIDSVIQGNTRFLHMDQLRYDNAYTEIKG
HKVPSEKVCRDLIKALPESSLEELRLINKTLLSLQSKGTKREVIMNFDDTVCTIFGEQEGASVGYNPRYHGRPSFKEKIGIIANTDELVNVTLEEGKHHT
NHGFLDFVKSCEEQLPENWIIKRVRVDRGAFDYDNMLYFESKGYEYVMKAKNQAWIRCFIDYVNQREHLYPWTEIDKTFSVNEIYAKMPKWDKVRRIVII
RKKLPQPKTGQICMDIDEFKYEYQAIVTNIEYMTPEEIFHEYNQRCDIENKIDELKEGFAFSKNSQRNKFCNEIFLLIKMIAYNLHNWFKRTILPEFMSH
HEITTIRRILYNVPGNLVGKGRYRHIRYPNNPFLKTVITYIRKALMVFCLT
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NHGFLDFVKSCEEQLPENWIIKRVRVDRGAFDYDNMLYFESKGYEYVMKAKNQAWIRCFIDYVNQREHLYPWTEIDKTFSVNEIYAKMPKWDKVRRIVII
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HEITTIRRILYNVPGNLVGKGRYRHIRYPNNPFLKTVITYIRKALMVFCLT
Blast result :
Comments
ISTps2 is 61% aa similar to ISDre2.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Bruce,D., Goodwin,L., Saunders,E., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Lykidis,A., Hemme,C., Fields,M.W., He,Z., Zhou,J. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Bruce,D., Goodwin,L., Saunders,E., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Lykidis,A., Hemme,C., Fields,M.W., He,Z., Zhou,J. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank