ISClbu1
- Family IS1182
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_ABDT01000006 | ND | Clostridium butyricum | Clostridium butyricum 5521 |
DNA section
IS Length : 1830 bp
Ends
IR Length : 14
IRL : GGGGCTGTATCAAAACAAGTTTGATACTAGCCGATAAAAAAAAGAGAATT
IRR : GGGGCTGTATCAAATTGAAATTTTTTAAATTCAATTTGATACAGCCTATT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTCAAAAAAAGATG | ATCTTTTCACATATATT | 0 |
DNA sequence
GGGGCTGTATCAAAACAAGTTTGATACTAGCCGATAAAAAAAAGAGAATTCATAAATTTGAATTCTCTTTTTTGCGCATAATATTAATATGAACACTAAT
AATATTATACCTATGCATCAAATAGGTTTCCCAATAAATCTAGAAAATATTATATCTGATAGTGATTCAGTAAGAGTGCTTTATGATGTTATGGAGGGAT
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ATTTAAAAAATTTCAATTTGATACAGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1584 bp | 527 aa | 89 | 1672 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNTNNIIPMHQIGFPINLENIISDSDSVRVLYDVMEGLDYSELNRTYSTIGRNPALLPKTMFAIIVYGYMEGIYSSRALEKACKRDINFKWLLQGQLPPG
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FGYNVNKLYHKTIQNRNGELLHKQQAS
Blast result :
Comments
ISClbu1 is 52% aa similar to IS660.
References
1] ISfinder annotation (2008)
2] Paulsen,I. (2007) Direct submission GenBank.
2] Paulsen,I. (2007) Direct submission GenBank.