ISFnu7
- Family IS1182
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Fusobacterium nucleatum | Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256 |
DNA section
IS Length : 1756 bp
Ends
IR Length : 15
IRL : GGGCTGTTGCAAATTAAATAATTAAGTCCCAAAAGAAAAAGTGACACTAG
IRR : GGGGCTGTTGCAAATTGATGGTTTTTATCATCAGCTTGTAACAGCTTTTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTCTCAATGAAAAAAT | TATTTTTCACTAAAAAA | 0 |
DNA sequence
GGGCTGTTGCAAATTAAATAATTAAGTCCCAAAAGAAAAAGTGACACTAGAAAACAATTTTTGTGATTTAGTGCCATTTTTAATTTAAAAAGTATATTAC
ATAAATTTTTTAGAAATTTTCCTCAAAATTTAATATAATATACTTATGATAAAAGTAATTAATAATAACAGATATTTTAAATTTTTTCAACCTAAACTTT
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AAAATAAAAAAGCTGTTACAAGCTGATGATAAAAACCATCAATTTGCAACAGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
2158 bp | 488 aa | 146 | 2303 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MIKVINNNRYFKFFQPKLFYINQDIDNDDPVRFLSAILEEMDFSNLLQVFPNKTKVHPVNMFAVIIYAYSQGKYSTRDIEFLCKDSQRTKFLLNSANTPN
YSTISRFLSKANNIIYELFCQFVEKLLKLSEITTETIYIDGTKIEAYANKYSFVWKKSTLKYKERLEENILQLIDEFNKYFNKELDSIFDILSFLEELKI
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Blast result :
Comments
ISFnu7 is 93% aa simialr to ISFnu1.
References
1] ISfinder annotation (2004)
2] Kapatral,V., Ivanova,N., Anderson,I., Reznik,G., Bhattacharyya,A., Gardner,W.L., Mikhailova,N., Lapidus,A., Larsen,N., D'Souza,M., Walunas,T., Haselkorn,R., Overbeek,R. and Kyrpides,N. (2003) Genome Res. 13 (6), 1180-1189
2] Kapatral,V., Ivanova,N., Anderson,I., Reznik,G., Bhattacharyya,A., Gardner,W.L., Mikhailova,N., Lapidus,A., Larsen,N., D'Souza,M., Walunas,T., Haselkorn,R., Overbeek,R. and Kyrpides,N. (2003) Genome Res. 13 (6), 1180-1189