ISCac1
- Family IS1182
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_003030 | ND | Clostridium acetobutylicum | Clostridium acetobutylicum ATCC 824 |
DNA section
IS Length : 1861 bp
Ends
IR Length : 11/15
IRL : GGGGTTGTTTCAAAACTAATTTAGTTTTGAAATGGCTCCTTTTCTATATA
IRR : GGGAGTGTCGCAAAATGATTAAAATTAATCATGAGCGATGCTCTTTTTTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
GGGGTTGTTTCAAAACTAATTTAGTTTTGAAATGGCTCCTTTTCTATATATAAAAAATGTGAGTTCCGAAGAACTCACATTAATTGTATAATTAAGCTAT
GCTAGTAACGAAATTACACACAAAAAATTATAATCAATTTAATGATAATTTGCAACTTATATTACCATTAAATTTAGAAAACTTAATACCGGAAGATGAT
TCTGTTCGCTTGCTAAGCTATTTATTGGAGGGATTAAATTATAAAAAATTGTACAAAGCGTATTCTTCCTTAGGAAGAAAATCAGCAGTTGAACCAAAAA
TCATGTTCAAAATAATATCCTATGCGTATTCGCAAAATATTTATTCAAGTAGAAAAATAGAAAAAGCATGCAAAAGGGATATAAATTTCAAGTGGCTACT
TCAAAGCTTTAAAGTACCTGATCATGCTACTATAAGTAGATTCAGAAAAAAATACCTTTCAAATGAAGTAATTGAAGATCTATTTTATCAACAAGTTAAC
TATTTAGCTAAGGAAAAAGAATTATTATTTGAAAATGTATTTATCGATGGTACTAAAATTGAGGCAAATGCTAATCGATACACTTTTGTTTGGAAGAAAG
TTATTTATAAAAATGAGGGCAAGATGTTTGATAAAATTATTGCTCTTGTTGAAGATATTAATCTTGAAAACTTAAAAGGATTTACTATTGGAAAAGAAAC
TTTGATAGATGATATAAATAAAATTCTTCAATGGCTTTTATTTGAAAAAGAAAAAAGAAATATAGAATTTGTTCATGGAATCGGTAAAAGAAAAACTAAA
ATTCAGAAATGGATAGAACAACTATCTCAATATAAAGAAAGACAAGAAAAATATAATTTAAGTAAGAAAATATTTTCAAAAAGAAATAGCTATTCTAAAA
CTGACAATGATGCAACTTTCATGCATATGAAAGATGATCATATGAGAAATGGTCAATTAAAACCTGCCTATAATGTACAAATAGCAGTTGATAGTGAATA
TGTAACTGGTGTTGGAGTATTTGATGATAGAAATGATATAGCAACATTAATACCAATGATTACTAACATGCAAAAAAAATTGGTCATACATACACCAATG
TGATTGCGGATTCTGGTTATGAAAGTGAAGAAAACTATTTGTTTTTAGAGTCTAATAATCAAATCCCATATATAAAACCTCAAACTTATGAGAAGTGGAA
AAAAAGAAGTTTTAAAAATGATATCAGTAGACGTGAAAATATGGAATATGATGCTAAAACAGATACATATACTTGCCATAATAATAGAAAATTATCACCA
TCATGTATTATTCATAAAAAATCTGCAAGTGGCTATACATCTGAGGTTACTGTTTATGAATGTGAAATTTGTGATAACTGCACTTTGAAACCAAAGTGCA
CAAAAGCAAAGAAGAATCGAAAAATGCAGGTTTCAAAGGCTTTTATTAAAAAGCGTGAAATTTCCTACAACAATATCAAAACTGAATTGGGAACTAAATT
AAGAATGAACAGATCTATTCAAGTTGAAGGTGCATTTGGAGTTTTAAAAAGCGACTATGAATTCAAAAGATTTTTAACACGTGGAAAAAATAGTGTGAAA
ACCGAATTTATTTTGCTTTGTTTTGGATATAACATTAACAAATTACACTCGAAAATTCAAAATAAAAGAACTCAAAAGTATCTTCATGAATTAAAGTCTA
TTTCCTAATTATGGAATAATATGATTAGGTTTATTTTAGTGCGCTAAAATATCATGGAAATTCAAATAATTAATTTAGCATTTAAAATATTTGGAGATTT
TGTAACTTAAATAAAAAAGAGCATCGCTCATGATTAATTTTAATCATTTTGCGACACTCCC
GCTAGTAACGAAATTACACACAAAAAATTATAATCAATTTAATGATAATTTGCAACTTATATTACCATTAAATTTAGAAAACTTAATACCGGAAGATGAT
TCTGTTCGCTTGCTAAGCTATTTATTGGAGGGATTAAATTATAAAAAATTGTACAAAGCGTATTCTTCCTTAGGAAGAAAATCAGCAGTTGAACCAAAAA
TCATGTTCAAAATAATATCCTATGCGTATTCGCAAAATATTTATTCAAGTAGAAAAATAGAAAAAGCATGCAAAAGGGATATAAATTTCAAGTGGCTACT
TCAAAGCTTTAAAGTACCTGATCATGCTACTATAAGTAGATTCAGAAAAAAATACCTTTCAAATGAAGTAATTGAAGATCTATTTTATCAACAAGTTAAC
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TTATTTATAAAAATGAGGGCAAGATGTTTGATAAAATTATTGCTCTTGTTGAAGATATTAATCTTGAAAACTTAAAAGGATTTACTATTGGAAAAGAAAC
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TGATTGCGGATTCTGGTTATGAAAGTGAAGAAAACTATTTGTTTTTAGAGTCTAATAATCAAATCCCATATATAAAACCTCAAACTTATGAGAAGTGGAA
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CAAAAGCAAAGAAGAATCGAAAAATGCAGGTTTCAAAGGCTTTTATTAAAAAGCGTGAAATTTCCTACAACAATATCAAAACTGAATTGGGAACTAAATT
AAGAATGAACAGATCTATTCAAGTTGAAGGTGCATTTGGAGTTTTAAAAAGCGACTATGAATTCAAAAGATTTTTAACACGTGGAAAAAATAGTGTGAAA
ACCGAATTTATTTTGCTTTGTTTTGGATATAACATTAACAAATTACACTCGAAAATTCAAAATAAAAGAACTCAAAAGTATCTTCATGAATTAAAGTCTA
TTTCCTAATTATGGAATAATATGATTAGGTTTATTTTAGTGCGCTAAAATATCATGGAAATTCAAATAATTAATTTAGCATTTAAAATATTTGGAGATTT
TGTAACTTAAATAAAAAAGAGCATCGCTCATGATTAATTTTAATCATTTTGCGACACTCCC
Recoding section
- Recoding by frameshift
- Frame
- Type
- Experimentally demonstrated
Stimulators :
- Shine-Dalgarno sequence :
- Secondary structure :
Recoding motif :
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1005 bp | 334 aa | 99 | 1103 | + | No |
Description : First part of the transposase
ORF sequence :
MLVTKLHTKNYNQFNDNLQLILPLNLENLIPEDDSVRLLSYLLEGLNYKKLYKAYSSLGRKSAVEPKIMFKIISYAYSQNIYSSRKIEKACKRDINFKWL
LQSFKVPDHATISRFRKKYLSNEVIEDLFYQQVNYLAKEKELLFENVFIDGTKIEANANRYTFVWKKVIYKNEGKMFDKIIALVEDINLENLKGFTIGKE
TLIDDINKILQWLLFEKEKRNIEFVHGIGKRKTKIQKWIEQLSQYKERQEKYNLSKKIFSKRNSYSKTDNDATFMHMKDDHMRNGQLKPAYNVQIAVDSE
YVTGVGVFDDRNDIATLIPMITNMQKKLVIHTPM
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YVTGVGVFDDRNDIATLIPMITNMQKKLVIHTPM
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
570 bp | 189 aa | 1139 | 1708 | + | No |
Description : Second part of the transposase
ORF sequence :
MFLESNNQIPYIKPQTYEKWKKRSFKNDISRRENMEYDAKTDTYTCHNNRKLSPSCIIHKKSASGYTSEVTVYECEICDNCTLKPKCTKAKKNRKMQVSK
AFIKKREISYNNIKTELGTKLRMNRSIQVEGAFGVLKSDYEFKRFLTRGKNSVKTEFILLCFGYNINKLHSKIQNKRTQKYLHELKSIS
AFIKKREISYNNIKTELGTKLRMNRSIQVEGAFGVLKSDYEFKRFLTRGKNSVKTEFILLCFGYNINKLHSKIQNKRTQKYLHELKSIS
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1610 bp | 536 aa | 99 | 1708 | + | Yes |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
Blast result :
Comments
ISCac1 is 55% (ORF1) and 52% (ORF2) aa similar to IS663.
References
1] ISfinder annotation (2004)
2] Nolling,J., Breton,G., Omelchenko,M.V., Markarova,K.S., Zeng,Q., Gibson,R., Lee,H.M., Dubois,J., Qiu,D., Hitti,J., Wolf,Y.I., Tatusov,R.L., Sabathe,F., Doucette-Stamm,L., Soucaille,P., Daly,M.J., Bennett,G.N., Koonin,E.V. and Smith,D.R.(2001) J. Bacteriol. 183 (16), 4823-4838
2] Nolling,J., Breton,G., Omelchenko,M.V., Markarova,K.S., Zeng,Q., Gibson,R., Lee,H.M., Dubois,J., Qiu,D., Hitti,J., Wolf,Y.I., Tatusov,R.L., Sabathe,F., Doucette-Stamm,L., Soucaille,P., Daly,M.J., Bennett,G.N., Koonin,E.V. and Smith,D.R.(2001) J. Bacteriol. 183 (16), 4823-4838