ISCth7
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_009012 | ND | Clostridium thermocellum | Clostridium thermocellum ATCC 27405 |
DNA section
IS Length : 1595 bp
Ends
Left end : ACCTCCTTGTACAATATAGTTAGTTTTTCGACGTGCTGAAAAATCAACTTTAAGCTCTTTGACAACCACATAGGAATTCTGATACCTTTTGTCTAAATTA
Right end : TATCAATGGTCACCCACAAACTCTCGTTAGTACCAGAATCTCTATGTGGTTGTCAAAGAACAATTAAATATTTGTTGACTTTTCATAGCACGTCTTTTAA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| CTCTTGTTTTTCATAAGCAA | ATTTTAATTTTTAATTTAAT | 0 | |
| ATTTTTGTCCATGAAGCCAT | ACATTAAATTATTGTCTTTA | 0 |
DNA sequence
ACCTCCTTGTACAATATAGTTAGTTTTTCGACGTGCTGAAAAATCAACTTTAAGCTCTTTGACAACCACATAGGAATTCTGATACCTTTTGTCTAAATTA
TTCTCGTAGTGGCAGGGGGCTTCGATCTACCTCCTTGGGAAGCTTAACTGTCCCGATTTAAAGAGTGTTGCCCCTCCCCTATGAGATGTTTCGAATGAGC
ACGTTGTGGATGCGGCTTGCTGCATGCCTCGAGTCACGAGCAAGGTTGAAACTCATAGGGAGCTGCGGGAAACCCTGCCAAATAATCAGAAAGTAGGGAT
TAACATGTTCTATGGTGGTATTGATGTAGCCAAGTATCGTCATGAGATTTGTATTGTGGATGAAAGCGGTAATGTAATCCTCCAAATTTTTGTGGATAAT
ACTAGAAATGGCCTTGATAAACTCATTCATAACTTGAAGCGATTAGAAATCGAAGTGAGTAATGTTGAGTTTTGTTTGGAAGCTACCGGCCACTACTGGC
TAAGTCTTTACTACCACCTTACAGAGTTGGGGTATAAAATCCATGTGATAAATCCTATCCAATCCGATGCTTTACGTAATTTCTATGTCCGTAAAACTAA
AACAGATCGTAAGGATGCTCACCTTCTTGCAGATATCGTTCGTTTTGGTCATATTTCTGAAACCAAACTTGCTTCAGAAACTGTTCTTAAGCTGCAAAAC
CTATCACGGCTTCGTTTCGAATTTGTCCGGCAAGTGGGTGGGCTAAAAAACAGGGTTCTAGGTATCCTTGATAGGATCTTTCCTGAATACCCGCAATGTT
TTTCTAATGTTTTTATTAATACATCCCGGGAATTGCTTAAGTCTTTTACTGCACCAGAAGACCTGGCTGAAGCAGATCTATCAGAGCTAACCGATTTTTT
AAATAAGCATTCTCGGGGTAGGTTGGGAGTTGATCGGGCCAAACAGATACAGGCTCTGGCTAAAGGCACTTTTGGCATTAATATTGCACTAGATGCTTTT
ACTCTTGAACTTCGATTATTAGTCGAACAAATTGAATTTATCGAAGAACAAATCAGTGTTATAGAAGAAGCCATTGACCAAGTTATGGAGGAAATGCGGC
CTAGTAAGGATACTGCTTATCGACATGTTTTAGAGACTATCCCTGGTATTGGGCCTGTTCTTGCTGCTTCAATTATTGGAGAAATTGGCGATATTAACCG
CTTTCCTAATGCTAAGGCTCTTGTGGCTTATGCTGGTTTAGATGCAACTGTGCGCTCTTCCGGTCAGTTTGAGGGTACCCGTAATCGTATTTCAAAAAGG
GGTTCTCCTGTCCTAAGGCATAGTATTTGGCTCGCTGCTGTTTCTGCTAGACGTTTCAATCCGGAAATGAAAGAGTTTTTTGAGAAAAAACGCAGTGAAG
GAAAGCATACCTTGGTTGCAACGGGTGCCGTAGCTCGCCGTATGGTTCACTTGATATACTCTCTATGGAAAGATAACAGGCCTTTTGACCCTAACTATCA
ATGGTCACCCACAAACTCTCGTTAGTACCAGAATCTCTATGTGGTTGTCAAAGAACAATTAAATATTTGTTGACTTTTCATAGCACGTCTTTTAA
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ATGGTCACCCACAAACTCTCGTTAGTACCAGAATCTCTATGTGGTTGTCAAAGAACAATTAAATATTTGTTGACTTTTCATAGCACGTCTTTTAA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1221 bp | 406 aa | 305 | 1525 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MFYGGIDVAKYRHEICIVDESGNVILQIFVDNTRNGLDKLIHNLKRLEIEVSNVEFCLEATGHYWLSLYYHLTELGYKIHVINPIQSDALRNFYVRKTKT
DRKDAHLLADIVRFGHISETKLASETVLKLQNLSRLRFEFVRQVGGLKNRVLGILDRIFPEYPQCFSNVFINTSRELLKSFTAPEDLAEADLSELTDFLN
KHSRGRLGVDRAKQIQALAKGTFGINIALDAFTLELRLLVEQIEFIEEQISVIEEAIDQVMEEMRPSKDTAYRHVLETIPGIGPVLAASIIGEIGDINRF
PNAKALVAYAGLDATVRSSGQFEGTRNRISKRGSPVLRHSIWLAAVSARRFNPEMKEFFEKKRSEGKHTLVATGAVARRMVHLIYSLWKDNRPFDPNYQW
SPTNSR
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SPTNSR
Blast result :
Comments
ISCth7 is 51% aa similar to ISFnu3. There are 2 copies in the genome.
References
1] Miriam Land (2009) Direct submission
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,J.C., Glavina del Rio,T., Hammon,N., Israni,S., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Chertkov,O., Brettin,T., Bruce,D., Han,C., Tapia,R., Gilna,P., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Wu,J.H.D., Newcomb,M. and Richardson,P. (2007) Direct submission GenBank.
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,J.C., Glavina del Rio,T., Hammon,N., Israni,S., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Chertkov,O., Brettin,T., Bruce,D., Han,C., Tapia,R., Gilna,P., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Wu,J.H.D., Newcomb,M. and Richardson,P. (2007) Direct submission GenBank.