ISCysp8
- Family ISAs1
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_011729 | ND | Cyanothece sp. | Cyanothece sp. PCC 7424 plasmid pP742401 Cyanothece sp. PCC 7424 Cyanothece sp. PCC 7424 plasmid pP742402 |
DNA section
IS Length : 1556 bp
Ends
IR Length : 21
IRL : CAGGGCAATCGCATTTAATTTTATTAAGTTATCTTGACAAATTAAGCTCT
IRR : CAGGGCAATCGCATTTAATTTCCCGAACGACGGCTGCGCCTTGGTATAGG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| GCTTCCAGCGCTGGACGAGA | GGGTATCTTCGGAAATATTCA | 0 | |
| CCGTGTACAC | CACAAAACCC | CAATCATGGA | 10 |
| CATGAAGTAG | GGGGTCATCC | CGTCGAAGTG | 10 |
| ATTATGATCGCTCTCCGGCT | TTGGACTCCTGAGATAATCG | 0 | |
| ACTTTTTCCCATAATAAGCC | AGTTCGTACCCTTTCTCGGT | 0 | |
| AGTTCAAACA | CCCCCAGGGA | AGTTAAGTTT | 10 |
| CTTTGCACAAGACATACAGC | TTGGACTCCTGAGATAATCG | 0 |
DNA sequence
CAGGGCAATCGCATTTAATTTTATTAAGTTATCTTGACAAATTAAGCTCTAATGTAAATTGATTAAAAAGATGAAGAAAGCCCAATTAATTTAAGTACAA
ATACTCAAGACCTAACTTAAGAATTTTTTTCGTTTAAATTGTTACAAAGTTAGGGATAATTATTATCCTGTTTAACTTTTAATTATTCATGAAACTTCGA
TTCAAAAGAACAATTTGTGATTATTTTAGTGATATTAAAGATCCGCGTCTTGAGAGAAGAAAACGTCATAAACTCATTGATATTATTACCATTACCATCT
GTGCGATTATCTCAGGAGTCCAACAGTGGACTGAAATTGAAGCCTACGGACAAGCTAAATCGAAATGGTTCAAAAAAATGTTAGAATTACCAAATGGTAT
CCCTTCGCATGATACATTTTCGAGGGTTTTTCAAATTCTCGACCCCGAAGAATTACGAAAAGGCTTTTTGAAATGGGTGCAATCAGTTTATGAAATAACT
GAAGGGGAAATCGTTCCCATTGATGGGAAAACTTTAAAAGGTTCTTCCGATATGACTAATGACCAAAAAGCGATCCACATGGTGAGTGCATGGGCGAGTA
AAAATAGATTAGTTTTAGGGCAAATCAAAGTTGATAAAAAATCCAATGAAATAACGGCTATTCCCACTTTGTTAAAACTGCTAAAATTAAAAGGATGTAT
TGTCACTATCGATGCTATGGGGTGTCAAAGAAAAATTGTTGACGAAATTGTTAAGCAAGAAGCTGACTATTTAATTACGGTTAAAAAGAATCAATCAAGT
TTATATAAAATCTTAGAAGAACTTTTTAAGCCAACTTTAAATTCTAAAAATTTGCCCCCTAACGCTCAAGTCGATTGTGAAGATAATTGGGATCATGGAA
GGGATGAGAGACGAGACGTTACGGTACTTAACAATATTCAGCCGGTGACGGATTTATCGTCAAAATGGAAAAATTTGAAATCGATTATTAAAGTTGAGTA
TGTTCAGTTTGACTCCAAGGGGAAAATGAAATATAATAGAAGATATTTTATTAGTAGTTTGCTCTTAGATGCTAAGTCGTTTGCTAAAATTATTCGGACT
CATTGGACGATAGAAAATCAAATGAATTGGGTTCTTGACGTACAATTGGGCGAAGATGCTTCAAGAATAAGAAAAGGGCATTCTCCGGAAAATTTGGCAA
TTATTAGGCATTTGGCTTTAAGTTTAATTAACCAAGAAACTACTCTTAAAAAATCAGTTAAAGGTAAACAAAATAAAGCGGGATGGGATAACAATTATCT
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AATTAAGTTTCAAGAAATTTAATCCGCGAACACGAAGTGGCGCTGCGCGCTCGCTTGGCGAGGCGGCGATCGCTTTTTGACCAAGTTTCTAAACAAATTC
AAGCAGCCTATACCAAGGCGCAGCCGTCGTTCGGGAAATTAAATGCGATTGCCCTG
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1134 bp | 377 aa | 189 | 1322 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MKLRFKRTICDYFSDIKDPRLERRKRHKLIDIITITICAIISGVQQWTEIEAYGQAKSKWFKKMLELPNGIPSHDTFSRVFQILDPEELRKGFLKWVQSV
YEITEGEIVPIDGKTLKGSSDMTNDQKAIHMVSAWASKNRLVLGQIKVDKKSNEITAIPTLLKLLKLKGCIVTIDAMGCQRKIVDEIVKQEADYLITVKK
NQSSLYKILEELFKPTLNSKNLPPNAQVDCEDNWDHGRDERRDVTVLNNIQPVTDLSSKWKNLKSIIKVEYVQFDSKGKMKYNRRYFISSLLLDAKSFAK
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Blast result :
Comments
ISCysp8 is 83% aa similar to ISCwa3.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Chertkov,O., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Liberton,M., Stoeckel,J., Banerjee,A., Singh,A., Page,L., Sato,H., Zhao,L., Sherman,L., Pakrasi,H. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.
2] Lucas,S., Copeland,A., Lapidus,A., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Chertkov,O., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Mikhailova,N., Liberton,M., Stoeckel,J., Banerjee,A., Singh,A., Page,L., Sato,H., Zhao,L., Sherman,L., Pakrasi,H. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.