ISDha9
- Family IS1634
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_011830 | ND | Desulfitobacterium hafniense | Desulfitobacterium hafniense DCB-2 |
DNA section
IS Length : 1860 bp
Ends
IR Length : 13
IRL : CTCGAGTTTGACAGTAACGCCTTAAAATTTGTTATTGTTAAATTGTAATT
IRR : CTCGAGTTTGACACCTCAAAAACTGAAACTATTGAATTTCAAGGGTTTGA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTTATTGAA | TCTGA | GGTATCTGAG | 5 |
TGGGATGATC | CTTAA | GCATTCACTC | 5 |
DNA sequence
CTCGAGTTTGACAGTAACGCCTTAAAATTTGTTATTGTTAAATTGTAATTATGGCTCCCCATGCGGATTTGAAATGTACAAATGAGTAAAATACCTATTC
GAAAACCAAAATGTAGTGCCGCACAATATGAATATTTTTATTGAAGAATATAGATTGATTTGGTATAATTGTAGTGATATGTTTGCGCGAATTAAAACGG
CCTACAACCGGGACGGCTCACCACGCCGTTACCTTCAACTTGTTGAGAGTCGCCGCGAAGAGGGTAAAGTTCGTCAGAAAGTCCTTTGTAACTTGGGGAG
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GCGGATTGGAGCAAAGAGTTTGGTCCTTCTATGGTCTTTCGTCGGCTTTGGGAAAACCTTGGCCTCCATACAATTCTCGATGGACTCTTTAACGAGAGAG
ACTTGAGCATCGATGTTCAAGAGGCTATTTTTTGTATGGTCTTAAATCGTTTGACAGAGCCTACCAGTAAATTGGGGGTTAGCGATTGGAAAGATTCCGT
CTATCGCCCTGAATTTGAAAGCTTAAAGCTTCACCACTTCTATAAAGCCATTGACTTTCTCGATGAAAACAAAGACACCCTCGAAGAACAGTTATTTTTT
CATCATACCAATTTATTCACACAACAGCTGGATTTGGTGTTCTTTGATACCACCTCCACCTATGTCGAAGGAGATGCCGGAGCCTTTGACCTCTTGGAAT
ACGGTCATTCTAAGGATCATCGTCCCGACCGCCTTCAGGTCATGATTGGCCTATTGATGTCCAGAGACGGGATTCCCATAGCTCATCATGTGTTCCCAGG
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GGAAAACGAACGTTGGAACTGCTCGAAGAATTACAACTTCACTACATCCTTGGGGTTCGTATGCGCAATGTAAAGGCCGGCCCAGAACTCGCAACCTCTC
CGGAACCTTATGTCTTCACGAAGGATAACCTAAAGGTTAAAGAAGTCCTCCATCAGGGTAAACGCTATATCGTGTGTTTAAACGAAGAAGAAGCCAAACG
CGATCAGTGGGTCCGAGAGCAAATCGAAGTGAAACTGAGAAGCAAGCTGGAGCATGGAAGTATTAAGGATTTAATCGGCCATAGTGAATACAAAAAATAT
CTTAACGTGTCTGCCGAAGCAGCCACGATTAATACCGATAAATTGAAGCAAGCGGCCGTTTTTGATGGACTCTATATCCTCCAAACCAATACAGAGCTCC
CAACGGAAGAGGTAGCCACAGCGTATCGTGACCTATGGCAAATAGAACGGGCCTTCCGGAATCTTAAGAGTACTCTCGACTTACGCCCTGTTTACCACTG
GAAAGAAAGGCGAATCTCTGGTCACATCATGCTTTGCTTTTTAGCCCTAGTGGTCCAGATCAGGTTCCAGAAACTCCTGGAAAACTGCGCAAGCGAGTAT
GGCTATACGGAGGTAATAAGAGCTTTAAGAAAAGTTCATGCCGTTAAGCTTAAACTAAAGGACCAGGATCATTTAGTCAGAACGGAAATCCATGGAGCAG
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GAAAACCAAAATGTAGTGCCGCACAATATGAATATTTTTATTGAAGAATATAGATTGATTTGGTATAATTGTAGTGATATGTTTGCGCGAATTAAAACGG
CCTACAACCGGGACGGCTCACCACGCCGTTACCTTCAACTTGTTGAGAGTCGCCGCGAAGAGGGTAAAGTTCGTCAGAAAGTCCTTTGTAACTTGGGGAG
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GCGGATTGGAGCAAAGAGTTTGGTCCTTCTATGGTCTTTCGTCGGCTTTGGGAAAACCTTGGCCTCCATACAATTCTCGATGGACTCTTTAACGAGAGAG
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AATGAACCTTTCAAACCCTTGAAATTCAATAGTTTCAGTTTTTGAGGTGTCAAACTCGAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1650 bp | 549 aa | 128 | 1777 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNIFIEEYRLIWYNCSDMFARIKTAYNRDGSPRRYLQLVESRREEGKVRQKVLCNLGRVEDLQNGKLDDLIRSLAKFSDTLAVVDAAEDLFADWSKEFGP
SMVFRRLWENLGLHTILDGLFNERDLSIDVQEAIFCMVLNRLTEPTSKLGVSDWKDSVYRPEFESLKLHHFYKAIDFLDENKDTLEEQLFFHHTNLFTQQ
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ELQLHYILGVRMRNVKAGPELATSPEPYVFTKDNLKVKEVLHQGKRYIVCLNEEEAKRDQWVREQIEVKLRSKLEHGSIKDLIGHSEYKKYLNVSAEAAT
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RKVHAVKLKLKDQDHLVRTEIHGAAAMAFRAVGLRVPERVQKMQDNYHK
Blast result :
Comments
ISDha9 is 50% aa similar to ISMasp1.
References
1] Miriam Land (2008) Direct submission.