ISDha9

  • Family IS1634
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_011830 ND Desulfitobacterium hafniense
Desulfitobacterium hafniense DCB-2
DNA section
IS Length : 1860 bp

Ends


IR Length : 13

IRL : CTCGAGTTTGACAGTAACGCCTTAAAATTTGTTATTGTTAAATTGTAATT
IRR : CTCGAGTTTGACACCTCAAAAACTGAAACTATTGAATTTCAAGGGTTTGA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTTTATTGAATCTGAGGTATCTGAG5
TGGGATGATCCTTAAGCATTCACTC5

DNA sequence

CTCGAGTTTGACAGTAACGCCTTAAAATTTGTTATTGTTAAATTGTAATTATGGCTCCCCATGCGGATTTGAAATGTACAAATGAGTAAAATACCTATTC
GAAAACCAAAATGTAGTGCCGCACAATATGAATATTTTTATTGAAGAATATAGATTGATTTGGTATAATTGTAGTGATATGTTTGCGCGAATTAAAACGG
CCTACAACCGGGACGGCTCACCACGCCGTTACCTTCAACTTGTTGAGAGTCGCCGCGAAGAGGGTAAAGTTCGTCAGAAAGTCCTTTGTAACTTGGGGAG
AGTGGAGGATCTCCAAAATGGGAAACTTGACGACCTTATTCGCTCTCTAGCGAAGTTCTCAGATACGCTCGCAGTGGTTGATGCTGCGGAAGATCTTTTT
GCGGATTGGAGCAAAGAGTTTGGTCCTTCTATGGTCTTTCGTCGGCTTTGGGAAAACCTTGGCCTCCATACAATTCTCGATGGACTCTTTAACGAGAGAG
ACTTGAGCATCGATGTTCAAGAGGCTATTTTTTGTATGGTCTTAAATCGTTTGACAGAGCCTACCAGTAAATTGGGGGTTAGCGATTGGAAAGATTCCGT
CTATCGCCCTGAATTTGAAAGCTTAAAGCTTCACCACTTCTATAAAGCCATTGACTTTCTCGATGAAAACAAAGACACCCTCGAAGAACAGTTATTTTTT
CATCATACCAATTTATTCACACAACAGCTGGATTTGGTGTTCTTTGATACCACCTCCACCTATGTCGAAGGAGATGCCGGAGCCTTTGACCTCTTGGAAT
ACGGTCATTCTAAGGATCATCGTCCCGACCGCCTTCAGGTCATGATTGGCCTATTGATGTCCAGAGACGGGATTCCCATAGCTCATCATGTGTTCCCAGG
AAACACATCGGATACCGATGCCTTTATTGAAGCGGTGAGTGATTTGAAAAAGCGCTTTACTATCCAGCGAGTCATTGTTGTTGGGGATCGGGGCATGATG
GGAAAACGAACGTTGGAACTGCTCGAAGAATTACAACTTCACTACATCCTTGGGGTTCGTATGCGCAATGTAAAGGCCGGCCCAGAACTCGCAACCTCTC
CGGAACCTTATGTCTTCACGAAGGATAACCTAAAGGTTAAAGAAGTCCTCCATCAGGGTAAACGCTATATCGTGTGTTTAAACGAAGAAGAAGCCAAACG
CGATCAGTGGGTCCGAGAGCAAATCGAAGTGAAACTGAGAAGCAAGCTGGAGCATGGAAGTATTAAGGATTTAATCGGCCATAGTGAATACAAAAAATAT
CTTAACGTGTCTGCCGAAGCAGCCACGATTAATACCGATAAATTGAAGCAAGCGGCCGTTTTTGATGGACTCTATATCCTCCAAACCAATACAGAGCTCC
CAACGGAAGAGGTAGCCACAGCGTATCGTGACCTATGGCAAATAGAACGGGCCTTCCGGAATCTTAAGAGTACTCTCGACTTACGCCCTGTTTACCACTG
GAAAGAAAGGCGAATCTCTGGTCACATCATGCTTTGCTTTTTAGCCCTAGTGGTCCAGATCAGGTTCCAGAAACTCCTGGAAAACTGCGCAAGCGAGTAT
GGCTATACGGAGGTAATAAGAGCTTTAAGAAAAGTTCATGCCGTTAAGCTTAAACTAAAGGACCAGGATCATTTAGTCAGAACGGAAATCCATGGAGCAG
CAGCTATGGCTTTTAGGGCAGTGGGGCTTCGGGTTCCTGAACGAGTACAGAAGATGCAAGATAATTACCATAAATAGTTAATTGTAGTGGCACGCCCAAA
AATGAACCTTTCAAACCCTTGAAATTCAATAGTTTCAGTTTTTGAGGTGTCAAACTCGAG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1650 bp549 aa1281777+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MNIFIEEYRLIWYNCSDMFARIKTAYNRDGSPRRYLQLVESRREEGKVRQKVLCNLGRVEDLQNGKLDDLIRSLAKFSDTLAVVDAAEDLFADWSKEFGP
SMVFRRLWENLGLHTILDGLFNERDLSIDVQEAIFCMVLNRLTEPTSKLGVSDWKDSVYRPEFESLKLHHFYKAIDFLDENKDTLEEQLFFHHTNLFTQQ
LDLVFFDTTSTYVEGDAGAFDLLEYGHSKDHRPDRLQVMIGLLMSRDGIPIAHHVFPGNTSDTDAFIEAVSDLKKRFTIQRVIVVGDRGMMGKRTLELLE
ELQLHYILGVRMRNVKAGPELATSPEPYVFTKDNLKVKEVLHQGKRYIVCLNEEEAKRDQWVREQIEVKLRSKLEHGSIKDLIGHSEYKKYLNVSAEAAT
INTDKLKQAAVFDGLYILQTNTELPTEEVATAYRDLWQIERAFRNLKSTLDLRPVYHWKERRISGHIMLCFLALVVQIRFQKLLENCASEYGYTEVIRAL
RKVHAVKLKLKDQDHLVRTEIHGAAAMAFRAVGLRVPERVQKMQDNYHK

 

Blast result :
Comments
ISDha9 is 50% aa similar to ISMasp1.
References
1] Miriam Land (2008) Direct submission.