ISShfr7
- Family IS110
- Group IS1111
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_008345 | ND | Shewanella frigidimarina | Shewanella frigidimarina NCBM4000 |
DNA section
IS Length : 1611 bp
Ends
IR Length : 12/19
IRL : CTTGATACTCATTGAGCCCCCTCCCTAGCAAGCCGCATCAGCGGTATGCT
IRR : -----ACACATATGAGCCTTCCACCAGTCAATAGGCGAGCCTAACTTATT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AACAGCAGCGC | CGATTCACGGT | 0 | |
TGTTTAACAA | TAGGCTTCTT | 0 | |
TTTTGAGCAG | TATGTGTATT | 0 |
DNA sequence
CTTGATACTCATTGAGCCCCCTCCCTAGCAAGCCGCATCAGCGGTATGCTTAAGGTGACTAAACCAACAGGAGAAAGCTCAATGAGATTTTATAATAACT
CACATCCATACTACTGTGGTATCGATTTACATGCGCGTTTACTTTATGTCTGTATCATTGATTCTAAAGGGGAAGTTGTAGCTCATAAAAAGATAGGTGC
CAGTAAAGATGACTTATTACTCATTCTAGAACCTTATATCGGCAATGTAATTGTCGGGGTTGAGTGCATGCATTGCTGGTATTGGGTGTCAGACTGGTGT
GCTGAACTTGGGATTGATTTTATCTTAGGTCATGCGCTTTATATGAAGGCGATTCACGGTGGTAAAACCAAAAATGATAAAGTCGATTCCTTTAAAATTT
CCACACTACTGCGTGGTGGTAACTTTCCAATAGCTTATGATTATCCAAGTGAAATGCGCGCAGCTCGTGATCTACTGCGCCGAAGAATGAAGATTGTCCG
TCACGGGGCCATGCTCAAAGGTCATGTGGTTAACACCAACAGCCAATACAATTTACCTGCCACTGAACTTAACCTTAAAAACATCTCTGCAAGAAAAAAA
CTTCGCGAGCAATATCAAGATCCTATCGTACAACGCAACATTGATTTAGACATGGCACTACTTGATTGTTATGCAAAGGAACTCGCACAGGTTGAATGGT
TCATTGAAAAACAGGCCAAAAATCATAATCCCGTCTATTTAGAATTACTGAAAACAGTACCAGGTATTGGCAAGATTTTGTCACTGACAATCCTCTATGA
AATCGGTGATATCAGTCGATTTGAGTCAGTACAAAAGTTTGCTTCATACTCTCGATTGGTCAAATGCAAAGCAGAATCAGCGGGTAAAACCTATGGTACC
AATGGCAATAAAATCGGTAATGCTCATTTGAAATGGGCATTCTCAGAAGCAGCGGTGCTGTACCTGCGAGGCAATGACAAAGCACGTAACTACCTTAATC
GATTACAAAAACGAATGAGTAAAGCAAAGGCGTTGTCTGCACTGGCACATAAGCTTGGTCGCTGCGTCTATTTCATGCTGAAGAACAAAACGGTGTTTGA
TGAACAACGATTCTTAAAAGGATAAGTCGCGCAATAAGGTGAGCTGAACGTCTAACTAGATACTCTTAAAAAGAGAAGCGAGCATGACCGTGAATGATGT
GGCTAATGAAGCAATGACTTCTCACCATCATCACTATGCCAAATGCTATTTAAGCTACATTGCCTTGATTAGACACCTTATTGGCGCGCATTGATAAATA
CAATCAACAAAGTCGTTTACACCCTAAATGAGCCTGAAACTAACTGTGCAAAAAGCACCTCTGACTTGAATAGTGCCATCTTAGGGTTAACCGATAAATG
TCTAGTGCCCCTGATATTTCAACGGATTGAAAAGAGTCAGGCAGCGATAAGATCGCACTAAGAGAGCCTCTATATGTGTTTGCTGTAAACGATGATTTGA
CAGCTAAATGACAGACGAAGTAGATGAATTTGTTGATTGATTTTAATTTGACTGCAAAAGCAGTCAAATAAGTTAGGCTCGCCTATTGACTGGTGGAAGG
CTCATATGTGT
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CAGTAAAGATGACTTATTACTCATTCTAGAACCTTATATCGGCAATGTAATTGTCGGGGTTGAGTGCATGCATTGCTGGTATTGGGTGTCAGACTGGTGT
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CCACACTACTGCGTGGTGGTAACTTTCCAATAGCTTATGATTATCCAAGTGAAATGCGCGCAGCTCGTGATCTACTGCGCCGAAGAATGAAGATTGTCCG
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CAGCTAAATGACAGACGAAGTAGATGAATTTGTTGATTGATTTTAATTTGACTGCAAAAGCAGTCAAATAAGTTAGGCTCGCCTATTGACTGGTGGAAGG
CTCATATGTGT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1044 bp | 347 aa | 82 | 1125 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MRFYNNSHPYYCGIDLHARLLYVCIIDSKGEVVAHKKIGASKDDLLLILEPYIGNVIVGVECMHCWYWVSDWCAELGIDFILGHALYMKAIHGGKTKNDK
VDSFKISTLLRGGNFPIAYDYPSEMRAARDLLRRRMKIVRHGAMLKGHVVNTNSQYNLPATELNLKNISARKKLREQYQDPIVQRNIDLDMALLDCYAKE
LAQVEWFIEKQAKNHNPVYLELLKTVPGIGKILSLTILYEIGDISRFESVQKFASYSRLVKCKAESAGKTYGTNGNKIGNAHLKWAFSEAAVLYLRGNDK
ARNYLNRLQKRMSKAKALSALAHKLGRCVYFMLKNKTVFDEQRFLKG
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Blast result :
Comments
There are 3 copies of ISShfr7 encoded in the Shewanella frigidimarina chromosome. The terminal inverted repeats begin at 13 and 8 bp from the left and right end of the element, respectively. The ISShfr7 transposase has 52% identity with that of ISGsu4.
References
1] Romine, M. F. (2008) Direct submission.