ISNth1
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NZ_ABKR01000003 | ND | Natranaerobius thermophilus | Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF |
DNA section
IS Length : 1226 bp
Ends
IR Length : 17/23
IRL : AGTTCTGTTAAGTTATATGATATTTGAATCAGTCTCCGTCCCGGAGTTAA
IRR : GAGTCTGTTAAGTTGTTATGAAAAATAAGCTCACTTGCTCGCAAGATTTC
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TAGCCTCCCAACC | ATTTATTT | CTAAGGGGAAAAATT | 8 |
DNA sequence
AGTTCTGTTAAGTTATATGATATTTGAATCAGTCTCCGTCCCGGAGTTAAGATAGTTTTAGACAGAAATCAAAACCCTCCGGGAGAAAGGAGACTGATTC
ATGACTAAAGTTGTATGCCCTAGATGCAATAACAACTGCTCTGACAAGTTTTATAAGTTTGGTTTTGATAATCATGGTCATCAAAAGTATCAATGTCAAG
AATGTTTTAGTCAGTTTGCACCTAAGACACTTTCTAAAGGCGGGGATAAAAGAGGCCCTAATATGCCTCGCAAATATCCCTCTTGCCCTAAATGCGGGAA
AGCTACGTTTTTACATCACGACTATGAATTTTATTCTAATTTGAGGTGTTGTGACAAAAGCTGTAATCATTCTTTCTATGTCCCTAAACCTCAAAGTATT
CCTGAACCTTCGCAACTTGATATTAACGGCAAAGTAGACTTCTCTAACATGAGACATCCTCTTCATACTATTATTCGAGCTCTTTACCTGTACTTCATTA
ATGGCAGCTCTACTAGAGGTGTCTCTCAATTCCTTCTTGATTGTGAAGGAATTAAAGTGTCTCATGTTACTATTGCTGACTGGACTAAAAAGTTTGCACC
TCTTTTTCTTTATATCTCTAGATATCTTAAACCTATTGATCTAGACTCTTCTGATGAGTGGCATGTTGACGAAACTGTAATTAAAATTAAAGGCCAAAGA
TTCTACGCCTGGACTGTTATTGATGCTGAAACTAGATTTGTACTTGCATTTCATCTATCTCCTTACAGAGATAGCCAGGCTGCTTTTAAAGTGCTGAACT
ATGCTAAGAAACATTTTGGACGACCTCATAGTATCGTCACAGATAGATATTGGGCTTACAATGCTCCAATTAAAGTTCTGTTTCCAAACTCTAATCACAT
CAGAGTCAAGTCTTTTCAAGATGATATCTCTAATAACTTAATTGAATCTTTTTTTCAGATTTTCAAAAGCTGGGTTAAGCAACGCAGAGGATTTGCTTCT
TTCCAGTCAGCCAACAAGTTGATTGCGGTATTTGTGTTTGCTTTTAACTTTGTTAGGACAAGCAATGTTTTGAATCAGTCTACTCCTGCTCAAGTTGCTG
GGATTAATTACTCTAATCGTAATAGGACTTTTTGGCTTTTACATAGTAATAATGCCGCTTGACTGCCAAATCTTTTGAAATCTTGCGAGCAAGTGAGCTT
ATTTTTCATAACAACTTAACAGACTC
ATGACTAAAGTTGTATGCCCTAGATGCAATAACAACTGCTCTGACAAGTTTTATAAGTTTGGTTTTGATAATCATGGTCATCAAAAGTATCAATGTCAAG
AATGTTTTAGTCAGTTTGCACCTAAGACACTTTCTAAAGGCGGGGATAAAAGAGGCCCTAATATGCCTCGCAAATATCCCTCTTGCCCTAAATGCGGGAA
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GGATTAATTACTCTAATCGTAATAGGACTTTTTGGCTTTTACATAGTAATAATGCCGCTTGACTGCCAAATCTTTTGAAATCTTGCGAGCAAGTGAGCTT
ATTTTTCATAACAACTTAACAGACTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1062 bp | 353 aa | 101 | 1162 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MTKVVCPRCNNNCSDKFYKFGFDNHGHQKYQCQECFSQFAPKTLSKGGDKRGPNMPRKYPSCPKCGKATFLHHDYEFYSNLRCCDKSCNHSFYVPKPQSI
PEPSQLDINGKVDFSNMRHPLHTIIRALYLYFINGSSTRGVSQFLLDCEGIKVSHVTIADWTKKFAPLFLYISRYLKPIDLDSSDEWHVDETVIKIKGQR
FYAWTVIDAETRFVLAFHLSPYRDSQAAFKVLNYAKKHFGRPHSIVTDRYWAYNAPIKVLFPNSNHIRVKSFQDDISNNLIESFFQIFKSWVKQRRGFAS
FQSANKLIAVFVFAFNFVRTSNVLNQSTPAQVAGINYSNRNRTFWLLHSNNAA
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Blast result :
Comments
ISNth1 is 46% aa similar to ISDge13.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Bruce,D., Goodwin,L., Pitluck,S., Larimer,F., Land,M.L., Hauser,L., Wiegel,J. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.