ISCpe7
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_008262 | ND | Clostridium perfringens | Clostridium perfringens SM101 |
DNA section
IS Length : 1274 bp
Ends
IR Length : 11/15
IRL : CGATCTGTTAAGTTAAATGAACATTGCTCTTTTCAACTTTTGAGAATACA
IRR : GAATCTGTTAAGTTGTTATGAAAAAATAGCTTAACTATTCTTAAAATTAC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATTTTCTCCTTTCA | CACTTACT | TTTTATTACTA | 8 |
DNA sequence
CGATCTGTTAAGTTAAATGAACATTGCTCTTTTCAACTTTTGAGAATACAATGAGTTTGCGAAAAACATTTATCCCCCCTCAAGAAAGGAGAAAAAAGCA
ATGAACAAAACTAATATAAAATGCCCTCGTTGTCATTCGGAAAAACTATATAAGTTTGGATTTGACAAGCAGGCTAATCAAAAATATCAATGTAAAGAAT
GTGGTAGACAATTCGCGCCTGACTCCGTCAGTAGCCGTCCAAAGTCTAAGTACCCTAGATGTCCTAAATGTAATAAAGCCACATATCTTCACCATAAATA
CAAGCACTATAATCGTTATAAATGTGGAAGCAGAAAGTGTAATCATGCTTTCTCTCAATATCACAATTTAAACATAGATTTAGCTTCAAGTGAGAATTTA
ACCGGGTCCCTTTCTATGAAAGGAATGCGTTTTCCACTTCACACGATACTTACAGCTTTAACCTTATATTTTTTAAATAATACTTCAACTAGAGCAATTT
CTCAATTTTTAAAAGTAACATCTAATATCTCGGTTTCACATGTTACTATATCTAGTTGGGTACATAAATTTGCACCTTATTTTAAAGAAAAAGCTAAGAT
ATTTAACGCTCAATTAGATTTAAATTCTGATGATTGGCATGCCGATGAAACCGTGGTGTTTATAAGCGGTAAAAAATATTATCTATGGCTTGCTATAGAC
TCTGAAACACGTTTTGTGTTAGCTTTTCATCTAACACAAGCACGTGATTCTGATGCAGCATTTATTCTTATGAATCAAGCTAAATCTATGGGTAAACCTA
ATAACTTTATCACAGATAGACTACCGTCCTATAATGAAGCAGTTAAAACCGTATTAGACGAAAGTACTCATATTCCTGTACCACCTATGTCTAGTGATAC
AAATAATAACTTAATAGAGTCCTTCAATAAAACATTTAAAGCATGGTATAAAACTAAAAAAGGTTTTAATTCTTTTGAAAAAGCTAATAACTTAATATAT
ATGTTTATATTTCACTATAATTTCATTAGACCTCATGGATCATTAAACGGCTCTACGCCTGCCGAAGTAGCCGGTTTTAGTACTAATGATTCTAATAAAC
ATAATTGGTTTATTGCTGCTTAAATTATTAATATCTTTGATTAACCTGCAAAAAATCAAATCATCTTGCAGGTTTGTTTGCCATGCAAAAATTTATTCAA
ACTTATATAATTTTCAAAGAACGAGTAATTTTAAGAATAGTTAAGCTATTTTTTCATAACAACTTAACAGATTC
ATGAACAAAACTAATATAAAATGCCCTCGTTGTCATTCGGAAAAACTATATAAGTTTGGATTTGACAAGCAGGCTAATCAAAAATATCAATGTAAAGAAT
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AAATAATAACTTAATAGAGTCCTTCAATAAAACATTTAAAGCATGGTATAAAACTAAAAAAGGTTTTAATTCTTTTGAAAAAGCTAATAACTTAATATAT
ATGTTTATATTTCACTATAATTTCATTAGACCTCATGGATCATTAAACGGCTCTACGCCTGCCGAAGTAGCCGGTTTTAGTACTAATGATTCTAATAAAC
ATAATTGGTTTATTGCTGCTTAAATTATTAATATCTTTGATTAACCTGCAAAAAATCAAATCATCTTGCAGGTTTGTTTGCCATGCAAAAATTTATTCAA
ACTTATATAATTTTCAAAGAACGAGTAATTTTAAGAATAGTTAAGCTATTTTTTCATAACAACTTAACAGATTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1023 bp | 340 aa | 101 | 1123 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNKTNIKCPRCHSEKLYKFGFDKQANQKYQCKECGRQFAPNSVSSRPKSKYPRCPKCNKATYLHHKYKHYNRYKCGSRKCNHAFSQYHNLNIDLASSENL
TGSLSMKGMRFPLHTILTALTLYFLNNTSTRAISQFLKVTSNISVSHVTISSWVHKFAPYFKEKAKIFNAQLDLNSDDWHADETVVFISGKKYYLWLAID
SETRFVLAFHLTQARDSDAAFILMNQAKSMGKPKHFITDRLPSYNEAVKTVLNESTHIPVPPMSSDTNNNLIESFNKTFKAWYKAKKGFNSFEKANNLVY
MFIFHYNFIRPHGSLNGSTPAEVAGFSTNDSSKHNWFITA
TGSLSMKGMRFPLHTILTALTLYFLNNTSTRAISQFLKVTSNISVSHVTISSWVHKFAPYFKEKAKIFNAQLDLNSDDWHADETVVFISGKKYYLWLAID
SETRFVLAFHLTQARDSDAAFILMNQAKSMGKPKHFITDRLPSYNEAVKTVLNESTHIPVPPMSSDTNNNLIESFNKTFKAWYKAKKGFNSFEKANNLVY
MFIFHYNFIRPHGSLNGSTPAEVAGFSTNDSSKHNWFITA
Blast result :
Comments
There are 14 copies of ISCpe7 in this strain.
ISCpe7 is 51% aa similar to ISBwe3.
ISCpe7 is 51% aa similar to ISBwe3.
References
1] Myers,G.S., Rasko,D.A., Cheung,J.K., Ravel,J., Seshadri,R., DeBoy,R.T., Ren,Q., Varga,J., Awad,M.M., Brinkac,L.M., Daugherty,S.C., Haft,D.H., Dodson,R.J., Madupu,R., Nelson,W.C., Rosovitz,M.J., Sullivan,S.A., Khouri,H., Dimitrov,G.I., Watkins,K.L., Mulligan,S., Benton,J., Radune,D., Fisher,D.J., Atkins,H.S., Hiscox,T., Jost,B.H., Billington,S.J., Songer,J.G., McClane,B.A., Titball,R.W., Rood,J.I., Melville,S.B. and Paulsen,I.T.(2006) Genome Res. 16 (8), 1031-1040