ISTps1
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP000924 | ND | Thermoanaerobacter pseudethanolicus | Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 |
DNA section
IS Length : 1349 bp
Ends
IR Length : 18/23
IRL : CGTTTTGTAAACTTAAATGAAAGTTGAGGACTTCAATCCTTTCTGGTACA
IRR : GGCTTTGTAAAGTAAATATGAAAAAATAGCATAGGATTTCTCATGATAGC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TACACCTCTCCTCAAATGTG | AAATTATTTAGTCATTAAA | 0 |
DNA sequence
CGTTTTGTAAACTTAAATGAAAGTTGAGGACTTCAATCCTTTCTGGTACAATGTTTTGCAGGAAAAACAAAATACCTCCCAGAAAGGATGAAGTCCTCAT
GCAAAACATTGTACCATTAAAGTGTCCAAAATGCAATAATACTAGTCTGTTCTACAAATATGGCAAAACTAAAGATGGTTATCAAAAGTATCTTTGCCGT
AAATGCCACCATCAATTTGCTCCTGATAAACCTTCTTCTAAAAAAACTCCTAAATATCCTCGCTGCCCTGTTTGTGGTAAAGCTTCTTTCCTTCATCATG
ATTATGAGTATTACTCTAATTACCGTTGTTGCGATAAAAAGTGTAATCATTCGTTTTTTGTCCCAAAACCTACTGCTATCCCCTCTACTTCTATGTCTAA
GCTCGTTGGCAAAACTAACTTTAAACGCATGCGCTATCCTCTACATATCATTCTCTCTGCTTTGTCTATGTTTTTTCTTGGTAAAAATTCATTTAGAAAT
ATTTCTTTAATTTTAAAAACTACCTTTAATGTTGAGGTCTCTCATACTACTATCAGTAATTGGTGTAGAAAGTTTGCTCCTTTGTTTCACAATATTTCTC
TAGAACTTATTCCTATGTTGAATTTTAATTCTGATGAATGGCATGTAGATGAAACTGTAGTTAAAATCGCTGGTGAAAAATATTATATCTGGTTTGTTAT
AGATTCTGAAACTCGTTTTATTCTGGGTTTTCACCTCACTCCTTATAGAGACTCTAGGCAAGCTTTTGCTTTGCTTAATTCTGTTAGAAATTTAGGAACT
CCTTCTGCTATTGTGAGTGATCGCTACAGTGCTTATAAAGTACCTGTTAAGTCTTTATTTGGTTACAGTGTTAAACATATTAGGGTTGAAAGCTTTAAGA
ATGACATCTCTAATAATTTGATAGAATCTTTCCACCATCAGTTTAAGGCCTGGTATAAGGCTAAACAGGGTTTTGCTTCTTTTGAATCAGCTAATAATTT
AATCAGTATGTTTGTGTTTTTTTACAATTTTGTAAGGCCTCATTCTTCTCTCAATGGTTGGACACCGGCTCAGGTGGCTGGTTTAAATCTTACTCCAAAA
GAAAAGAAAAAGTATTTGTTAGTTGCTTGAAGCAGTCTTCTCTTCTTAATCAATAAACTAGTAAATGGTTACCCTTGGAAATAGCAAGGGTATGCTTCCC
TATGCCTTTTTTGCTTTTGCTATAAATTGGATTTCGGTTTTCCTCATTCTTTTTATTGATTTTTTACCTCGTTTCGCTATATTTTGGACAAATTTTGAAG
CTATCATGAGAAATCCTATGCTATTTTTTCATATTTACTTTACAAAGCC
GCAAAACATTGTACCATTAAAGTGTCCAAAATGCAATAATACTAGTCTGTTCTACAAATATGGCAAAACTAAAGATGGTTATCAAAAGTATCTTTGCCGT
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TATGCCTTTTTTGCTTTTGCTATAAATTGGATTTCGGTTTTCCTCATTCTTTTTATTGATTTTTTACCTCGTTTCGCTATATTTTGGACAAATTTTGAAG
CTATCATGAGAAATCCTATGCTATTTTTTCATATTTACTTTACAAAGCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1032 bp | 343 aa | 99 | 1130 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MQNIVPLKCPKCNNTSLFYKYGKTKDGYQKYLCRKCHHQFAPDKPSSKKTPKYPRCPVCGKASFLHHDYEYYSNYRCCDKKCNHSFFVPKPTAIPSTSMS
KLVGKTNFKRMRYPLHIILSALSMFFLGKNSFRNISLILKTTFNVEVSHTTISNWCRKFAPLFHNISLELIPMLNFNSDEWHVDETVVKIAGEKYYIWFV
IDSETRFILGFHLTPYRDSRQAFALLNSVRNLGTPSAIVSDRYSAYKVPVKSLFGYSVKHIRVESFKNDISNNLIESFHHQFKAWYKAKQGFASFESANN
LISMFVFFYNFVRPHSSLNGWTPAQVAGLNLTPKEKKKYLLVA
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LISMFVFFYNFVRPHSSLNGWTPAQVAGLNLTPKEKKKYLLVA
Blast result :
Comments
ISTps1 is 95% aa similar to ISTsp1.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Bruce,D., Goodwin,L., Saunders,E., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Lykidis,A., Hemme,C., Fields,M.W., He,Z., Zhou,J. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.