ISTsp1
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010320 | ND | Thermoanaerobacter sp. | Thermoanaerobacter sp. X514 |
DNA section
IS Length : 1339 bp
Ends
IR Length : 12/16
IRL : CGTTTTGTAAACTTAAATGAAAGTTGAGGACTTCAATCCTTTCTGGTACA
IRR : GGCTTTGTAAAGTAAACATGAAAAAATAGCTTAATATTTCTTAGGATAGC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTGCCCCTTTTT | AATAATTA | AACTCATCATACTTCAA | 8 |
DNA sequence
CGTTTTGTAAACTTAAATGAAAGTTGAGGACTTCAATCCTTTCTGGTACAATGTTTCGCAGGAAAAACAAATACCTCCCAGAAAGGATGAAGTCCTCATG
CAAAACATTGTACCATTAAAGTGTCCAAAATGCAATAATACTCATTTGTTTTACAAATATGGCAAAGATAAAGATGGTTATCAAAAATATCTTTGCCGTA
AATGCTACCATCAATTTGCACCTGATAAACCATCTCCTAAAAAAACATCTAAATATCCTCGCTGCCCCGTTTGCGGTAAGTCTTCTTTCCTTCATCATGA
TTATGAGTATTACTCTAACTATCGTTGTTCTGATAAAAAGTGCAATCATTCCTTTTTCGTCCCCAAAGTTACTGCTATACCTTCAACTTCTATCTCTAAA
CTTTCTGGTAAAACCAATTTTAAACGTATCCGTTATCCTGTACATATAATCCTATCTGCTTTGTCTATGTTCTTCCTTGGTAAAAATTCTTTCAGAAATA
TTGCTCTGATTTTGAAAACTGTTTTTAATGTAAAAGTCTCTCATACAACCATTAGTAACTGGTGTAAAAAGTTTGCTCCTTTGTTCCATAATATTTCCTT
AGAACTTATTCCTATGTTAAATCTTAATTCTGATGAATGGCATGTCGATGAAACTGTTGTTAAAATCGCTGGTAAGAAATATTATCTTTGGTTTGTCATA
GATTCTGAAACCCGCTTTATCTTGGGCTTTCACCTCTCCCCTTACAGAGATTCCAGGCAAGCTTTTGCTTTGCTTAATTCTGTTAGAAACCTAGGAACCC
CTTCCGCTATCGTAACTGATCGCTATAGTGCTTACAAAGTACCTGTTAAGTCTTTGTTCGGTGACAGTGTTAAACATATTAGAGTTGAAAGCTTTAAGGA
TGACATCACCAATAATTTGATAGAATCTTTCCATCATCAATTTAAAGCCTGGTATAATACTAAACAAGGTTTTGCCTCTTTTGAGTCCGCAAATAATTTA
ATTTACATGTTTGTGTTCTTCTATAATTTTGTAAGGCCCCATTCTTCTCTTAATGGCTTGACACCAGCTCAAGTTGCTGGATTATGTCTTTCTCCAAAAG
AGAAGAAAAAGTATCTTCTTGTTGCTTGAAATTGAACTAATCTTTATCTCCTAACTGGCCATCCTTGGAAATGACAAGGGTGTACTTTGTTATACCCTTT
TTTGTTTTTGTAATAATCTGGAAATTAATTTGCTCATCTTATTTAGTCTGTTTGTGATTACTTTTTGGTGATTTTTGATAAATTTTAAAGCTATCCTAAG
AAATATTAAGCTATTTTTTCATGTTTACTTTACAAAGCC
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TTTGTTTTTGTAATAATCTGGAAATTAATTTGCTCATCTTATTTAGTCTGTTTGTGATTACTTTTTGGTGATTTTTGATAAATTTTAAAGCTATCCTAAG
AAATATTAAGCTATTTTTTCATGTTTACTTTACAAAGCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1032 bp | 343 aa | 98 | 1129 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MQNIVPLKCPKCNNTHLFYKYGKDKDGYQKYLCRKCYHQFAPDKPSPKKTSKYPRCPVCGKSSFLHHDYEYYSNYRCSDKKCNHSFFVPKVTAIPSTSIS
KLSGKTNFKRIRYPVHIILSALSMFFLGKNSFRNIALILKTVFNVKVSHTTISNWCKKFAPLFHNISLELIPMLNLNSDEWHVDETVVKIAGKKYYLWFV
IDSETRFILGFHLSPYRDSRQAFALLNSVRNLGTPSAIVTDRYSAYKVPVKSLFGDSVKHIRVESFKDDITNNLIESFHHQFKAWYNTKQGFASFESANN
LIYMFVFFYNFVRPHSSLNGLTPAQVAGLCLSPKEKKKYLLVA
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Blast result :
Comments
ISTsp1 is 47% aa similar to ISDge13.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Bruce,D., Goodwin,L., Saunders,E., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Kim,E., Hemme,C., Fields,M.W., He,Z., Zhou,J. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.