ISTsp1

  • Family IS6
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_010320 ND Thermoanaerobacter sp.
Thermoanaerobacter sp. X514
DNA section
IS Length : 1339 bp

Ends


IR Length : 12/16

IRL : CGTTTTGTAAACTTAAATGAAAGTTGAGGACTTCAATCCTTTCTGGTACA
IRR : GGCTTTGTAAAGTAAACATGAAAAAATAGCTTAATATTTCTTAGGATAGC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTGCCCCTTTTTAATAATTAAACTCATCATACTTCAA8

DNA sequence

CGTTTTGTAAACTTAAATGAAAGTTGAGGACTTCAATCCTTTCTGGTACAATGTTTCGCAGGAAAAACAAATACCTCCCAGAAAGGATGAAGTCCTCATG
CAAAACATTGTACCATTAAAGTGTCCAAAATGCAATAATACTCATTTGTTTTACAAATATGGCAAAGATAAAGATGGTTATCAAAAATATCTTTGCCGTA
AATGCTACCATCAATTTGCACCTGATAAACCATCTCCTAAAAAAACATCTAAATATCCTCGCTGCCCCGTTTGCGGTAAGTCTTCTTTCCTTCATCATGA
TTATGAGTATTACTCTAACTATCGTTGTTCTGATAAAAAGTGCAATCATTCCTTTTTCGTCCCCAAAGTTACTGCTATACCTTCAACTTCTATCTCTAAA
CTTTCTGGTAAAACCAATTTTAAACGTATCCGTTATCCTGTACATATAATCCTATCTGCTTTGTCTATGTTCTTCCTTGGTAAAAATTCTTTCAGAAATA
TTGCTCTGATTTTGAAAACTGTTTTTAATGTAAAAGTCTCTCATACAACCATTAGTAACTGGTGTAAAAAGTTTGCTCCTTTGTTCCATAATATTTCCTT
AGAACTTATTCCTATGTTAAATCTTAATTCTGATGAATGGCATGTCGATGAAACTGTTGTTAAAATCGCTGGTAAGAAATATTATCTTTGGTTTGTCATA
GATTCTGAAACCCGCTTTATCTTGGGCTTTCACCTCTCCCCTTACAGAGATTCCAGGCAAGCTTTTGCTTTGCTTAATTCTGTTAGAAACCTAGGAACCC
CTTCCGCTATCGTAACTGATCGCTATAGTGCTTACAAAGTACCTGTTAAGTCTTTGTTCGGTGACAGTGTTAAACATATTAGAGTTGAAAGCTTTAAGGA
TGACATCACCAATAATTTGATAGAATCTTTCCATCATCAATTTAAAGCCTGGTATAATACTAAACAAGGTTTTGCCTCTTTTGAGTCCGCAAATAATTTA
ATTTACATGTTTGTGTTCTTCTATAATTTTGTAAGGCCCCATTCTTCTCTTAATGGCTTGACACCAGCTCAAGTTGCTGGATTATGTCTTTCTCCAAAAG
AGAAGAAAAAGTATCTTCTTGTTGCTTGAAATTGAACTAATCTTTATCTCCTAACTGGCCATCCTTGGAAATGACAAGGGTGTACTTTGTTATACCCTTT
TTTGTTTTTGTAATAATCTGGAAATTAATTTGCTCATCTTATTTAGTCTGTTTGTGATTACTTTTTGGTGATTTTTGATAAATTTTAAAGCTATCCTAAG
AAATATTAAGCTATTTTTTCATGTTTACTTTACAAAGCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1032 bp343 aa981129+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MQNIVPLKCPKCNNTHLFYKYGKDKDGYQKYLCRKCYHQFAPDKPSPKKTSKYPRCPVCGKSSFLHHDYEYYSNYRCSDKKCNHSFFVPKVTAIPSTSIS
KLSGKTNFKRIRYPVHIILSALSMFFLGKNSFRNIALILKTVFNVKVSHTTISNWCKKFAPLFHNISLELIPMLNLNSDEWHVDETVVKIAGKKYYLWFV
IDSETRFILGFHLSPYRDSRQAFALLNSVRNLGTPSAIVTDRYSAYKVPVKSLFGDSVKHIRVESFKDDITNNLIESFHHQFKAWYNTKQGFASFESANN
LIYMFVFFYNFVRPHSSLNGLTPAQVAGLCLSPKEKKKYLLVA

 

Blast result :
Comments
ISTsp1 is 47% aa similar to ISDge13.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Bruce,D., Goodwin,L., Saunders,E., Brettin,T., Detter,J.C., Han,C., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Kim,E., Hemme,C., Fields,M.W., He,Z., Zhou,J. and Richardson,P. (2008) Direct submission GenBank.