ISShes9
- Family IS66
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_008750 | ND | Shewanella sp. | Shewanella sp. W3-18-1 |
DNA section
IS Length : 2370 bp
Ends
IR Length : 18/24
IRL : GTAACCGTCTAGCGAACCACACCTCGCATCATTAATCTGCCTATTTGAAA
IRR : GTAAGCGTCCGGGCAACTACACCTATCTTTTAAAATTCCATGGTAACAGG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| CCAGAATGGC | TCAGTAAA | GGTGAAGCCT | 8 |
| ATCTTTACCA | CATATTCC | GCAATGAAAT | 8 |
| CCTGTCCGAT | CTTTCATC | CATGACCGGA | 8 |
DNA sequence
GTAACCGTCTAGCGAACCACACCTCGCATCATTAATCTGCCTATTTGAAAATACCTGCTCAATGATAAATTTGGAGCAGGTGATGAAAACATACAGAACA
ACTACTCAGTGGCAGATGCTACTTCAACAACGCGGCTCGTTTAGTGGCACTAATGTTGAATTCTGCCAACATCATAATGTCTCGATTACCACTTATTATA
AACAACGTGCTTTACAGGCTGAGAACCAGCAAAAAATAACCTTACCAACGCGCGCTACATCATCACGCTTTATTCAACTAAAACAAACCACCACTGACGT
CTGCGAGCACACTCATCAAAATACACTGCAGTTTGATACCCGCACCGGCCAACTCACCCTACCTGCAGATTTAGCAACGACCGATATCGTTGCCATTATT
AAAGGGCTAATGGCATGAAGATGTTTGTTGATGTGCCCACCGTTTATGTATGTGCCGATGTGGTCGATTTTCGAAAATCGATTAATGGGTTAGCCGCCTT
AGTGGAAGCAGAGCTTGAACTCCCAGTGCTCAGTGGTGCGCTATTTGTCTTTTGTAATAAAGGCCGTGACAAACTCAAATTGCTTTATTGGGATAATACC
GGCTTTGCGCTGTGGTATAAGCGATTAGATAAGCATAAGTTCAAATGGCCCAAACTCATGTCACCCACCATGACATTAACCGAGCAACAATTACACTGGT
TATTGTCGGGTTATGATGTCATTGGCCACAGTAAAATTGATATAGCAGGTAAGCAATTACTTTAATATTTGCGATCGATTGATGATCATCAAAGGATGTT
CATTTAGCACTGGAAACCCGCTGGTGACGCCTTAAAATAGGCGTCATGAAAAATGTACTCGCCCTTCAACAGCGCATTGCTGAACTGGAAAAACTGCTCG
AAAATGAGCGGCAATTATCTTTACAAAAAGATGCGCAAATAGCTGCGCTAGAAGAACGCTGGCGCCTGGCCCAACAAAAACAATTTGGCAAAAGTGCTGA
AGGCTTTGTAGGGCAAGGCGAGTTATTCAATGAAGTAGAAGAGATTGTTGAAGCCGTTGAGGCTGAGCAACAATCCATTAGCTATACCCGCAAAAAACCG
GTGCGTAAGCCACTGCCAAAAGACTTACCCCGTGAGCAAGTTATCCACGACATTGAAGATAAAACCTGTGATTGCTGTGGCGGTGAGCTACATAAAATGG
GTGAAGATAAGTCAGAAAAGCTTGAGTTTATCCCAGCGCAAATAAAAGTCATTGAGCACATTCGGCCTAAATACGCGTGCCGTCACTGTGATAAATCCTC
GACGAATACGCCAATAAAACAAGCACCAATGCCTGCAATGCCGATTAATAAAGGTATCGCGACGAGCAGTTTGCTCAGTCAGCTTATCACCAGTAAATAC
CAATACGGGTTACCGCTTTATCGCCAGGAAGCGATGTTCAAGCAATACGGTATTGAGCTCAGTCGCCAGACCATGAGCAGCTGGATAGACAAATCCGCCG
CACTCTTCGCGCCACTAGTTGAGCGACTTAAAGCCGAACTGTTAAAGCAGCCCACGCTGTTTGCCGATGAAACGCCATTAAAGGTGGTGAAATCCGATAA
AGTGAACAGCTACATGTGGGTGTATTGCTCAGGTCGAGATTCACCAGACCCGAATAATCCTATCCCTAATATCGTGCTTTACGATTTTCACAATAGTCGC
GCGGCCGCGTGCGTGGTTAATTATCTTGATGGATATCAAGGGTACTTGCACGTAGATGGTTATCAAGCTTATGAAAAAACACAGGCAACCTTAACTGGCT
GCTGGGCGCATGCGCGTCGTAAATTTATTGAAGCCAAAAAGCTGCAAGGTAAAAATAAAACCGGCAAAGCGGATGTGGTATTGAGCCTTATCCAAAAACT
GTACGGCGTTGAGTCACGCGTTAAAGATAAAAGTGCGGATGATAAATACACGACAAGACAAGCAGTCAGTGTGTCTATACTGGACAAGCTAAAAGCATGG
CTTGAGCAAAACCAACCGAATTTAGTGGGTAATACCAAACTGATAGAGGCGGCTAATTACCTGGCTAATCAATGGCACAAACTTATTCGTTATGTTGATG
ATGGCAGATTGAGTATTGATAATAATCGTGCAGAGCGAGCGGTAAAACCGTTTGTGATTGGTCGAAAAAATTGGTTATTCAGTCAGACAGCTAATGGGGC
TCATGCCAGTGCCACGCTTTACAGCATTGTGGAAACCGCAAAGGTTAATGGCTTAGTGCCATTTGATTACATCATGGCTTGCCTTAATGAACTGTGCCAA
CCAGCACCGGATATAGACAGCCTGTTACCATGGAATTTTAAAAGATAGGTGTAGTTGCCCGGACGCTTAC
ACTACTCAGTGGCAGATGCTACTTCAACAACGCGGCTCGTTTAGTGGCACTAATGTTGAATTCTGCCAACATCATAATGTCTCGATTACCACTTATTATA
AACAACGTGCTTTACAGGCTGAGAACCAGCAAAAAATAACCTTACCAACGCGCGCTACATCATCACGCTTTATTCAACTAAAACAAACCACCACTGACGT
CTGCGAGCACACTCATCAAAATACACTGCAGTTTGATACCCGCACCGGCCAACTCACCCTACCTGCAGATTTAGCAACGACCGATATCGTTGCCATTATT
AAAGGGCTAATGGCATGAAGATGTTTGTTGATGTGCCCACCGTTTATGTATGTGCCGATGTGGTCGATTTTCGAAAATCGATTAATGGGTTAGCCGCCTT
AGTGGAAGCAGAGCTTGAACTCCCAGTGCTCAGTGGTGCGCTATTTGTCTTTTGTAATAAAGGCCGTGACAAACTCAAATTGCTTTATTGGGATAATACC
GGCTTTGCGCTGTGGTATAAGCGATTAGATAAGCATAAGTTCAAATGGCCCAAACTCATGTCACCCACCATGACATTAACCGAGCAACAATTACACTGGT
TATTGTCGGGTTATGATGTCATTGGCCACAGTAAAATTGATATAGCAGGTAAGCAATTACTTTAATATTTGCGATCGATTGATGATCATCAAAGGATGTT
CATTTAGCACTGGAAACCCGCTGGTGACGCCTTAAAATAGGCGTCATGAAAAATGTACTCGCCCTTCAACAGCGCATTGCTGAACTGGAAAAACTGCTCG
AAAATGAGCGGCAATTATCTTTACAAAAAGATGCGCAAATAGCTGCGCTAGAAGAACGCTGGCGCCTGGCCCAACAAAAACAATTTGGCAAAAGTGCTGA
AGGCTTTGTAGGGCAAGGCGAGTTATTCAATGAAGTAGAAGAGATTGTTGAAGCCGTTGAGGCTGAGCAACAATCCATTAGCTATACCCGCAAAAAACCG
GTGCGTAAGCCACTGCCAAAAGACTTACCCCGTGAGCAAGTTATCCACGACATTGAAGATAAAACCTGTGATTGCTGTGGCGGTGAGCTACATAAAATGG
GTGAAGATAAGTCAGAAAAGCTTGAGTTTATCCCAGCGCAAATAAAAGTCATTGAGCACATTCGGCCTAAATACGCGTGCCGTCACTGTGATAAATCCTC
GACGAATACGCCAATAAAACAAGCACCAATGCCTGCAATGCCGATTAATAAAGGTATCGCGACGAGCAGTTTGCTCAGTCAGCTTATCACCAGTAAATAC
CAATACGGGTTACCGCTTTATCGCCAGGAAGCGATGTTCAAGCAATACGGTATTGAGCTCAGTCGCCAGACCATGAGCAGCTGGATAGACAAATCCGCCG
CACTCTTCGCGCCACTAGTTGAGCGACTTAAAGCCGAACTGTTAAAGCAGCCCACGCTGTTTGCCGATGAAACGCCATTAAAGGTGGTGAAATCCGATAA
AGTGAACAGCTACATGTGGGTGTATTGCTCAGGTCGAGATTCACCAGACCCGAATAATCCTATCCCTAATATCGTGCTTTACGATTTTCACAATAGTCGC
GCGGCCGCGTGCGTGGTTAATTATCTTGATGGATATCAAGGGTACTTGCACGTAGATGGTTATCAAGCTTATGAAAAAACACAGGCAACCTTAACTGGCT
GCTGGGCGCATGCGCGTCGTAAATTTATTGAAGCCAAAAAGCTGCAAGGTAAAAATAAAACCGGCAAAGCGGATGTGGTATTGAGCCTTATCCAAAAACT
GTACGGCGTTGAGTCACGCGTTAAAGATAAAAGTGCGGATGATAAATACACGACAAGACAAGCAGTCAGTGTGTCTATACTGGACAAGCTAAAAGCATGG
CTTGAGCAAAACCAACCGAATTTAGTGGGTAATACCAAACTGATAGAGGCGGCTAATTACCTGGCTAATCAATGGCACAAACTTATTCGTTATGTTGATG
ATGGCAGATTGAGTATTGATAATAATCGTGCAGAGCGAGCGGTAAAACCGTTTGTGATTGGTCGAAAAAATTGGTTATTCAGTCAGACAGCTAATGGGGC
TCATGCCAGTGCCACGCTTTACAGCATTGTGGAAACCGCAAAGGTTAATGGCTTAGTGCCATTTGATTACATCATGGCTTGCCTTAATGAACTGTGCCAA
CCAGCACCGGATATAGACAGCCTGTTACCATGGAATTTTAAAAGATAGGTGTAGTTGCCCGGACGCTTAC
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 357 bp | 118 aa | 62 | 418 | + | No |
AG : IS66 TnpA
ORF sequence :
MINLEQVMKTYRTTTQWQMLLQQRGSFSGTNVEFCQHHNVSITTYYKQRALQAENQQKITLPTRATSSRFIQLKQTTTDVCEHTHQNTLQFDTRTGQLTL
PADLATTDIVAIIKGLMA
PADLATTDIVAIIKGLMA
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 351 bp | 116 aa | 415 | 765 | + | No |
AG : IS66 TnpB
ORF sequence :
MKMFVDVPTVYVCADVVDFRKSINGLAALVEAELELPVLSGALFVFCNKGRDKLKLLYWDNTGFALWYKRLDKHKFKWPKLMSPTMTLTEQQLHWLLSGY
DVIGHSKIDIAGKQLL
DVIGHSKIDIAGKQLL
Blast result :ORF 3
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1503 bp | 500 aa | 846 | 2348 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKNVLALQQRIAELEKLLENERQLSLQKDAQIAALEERWRLAQQKQFGKSAEGFVGQGELFNEVEEIVEAVEAEQQSISYTRKKPVRKPLPKDLPREQVI
HDIEDKTCDCCGGELHKMGEDKSEKLEFIPAQIKVIEHIRPKYACRHCDKSSTNTPIKQAPMPAMPINKGIATSSLLSQLITSKYQYGLPLYRQEAMFKQ
YGIELSRQTMSSWIDKSAALFAPLVERLKAELLKQPTLFADETPLKVVKSDKVNSYMWVYCSGRDSPDPNNPIPNIVLYDFHNSRAAACVVNYLDGYQGY
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HDIEDKTCDCCGGELHKMGEDKSEKLEFIPAQIKVIEHIRPKYACRHCDKSSTNTPIKQAPMPAMPINKGIATSSLLSQLITSKYQYGLPLYRQEAMFKQ
YGIELSRQTMSSWIDKSAALFAPLVERLKAELLKQPTLFADETPLKVVKSDKVNSYMWVYCSGRDSPDPNNPIPNIVLYDFHNSRAAACVVNYLDGYQGY
LHVDGYQAYEKTQATLTGCWAHARRKFIEAKKLQGKNKTGKADVVLSLIQKLYGVESRVKDKSADDKYTTRQAVSVSILDKLKAWLEQNQPNLVGNTKLI
EAANYLANQWHKLIRYVDDGRLSIDNNRAERAVKPFVIGRKNWLFSQTANGAHASATLYSIVETAKVNGLVPFDYIMACLNELCQPAPDIDSLLPWNFKR
Blast result :
Comments
ISShes9 (orfB) is 66% aa similar to ISPsy5 (orfA) and ISShes9 (orfC) is 60% aa similar to ISPpu13 (orfB).
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,J.C., Glavina del Rio,T., Hammon,N., Israni,S., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Chain,P., Malfatti,S., Shin,M., Vergez,L., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Lykidis,A., Tiedje,J. and Richardson,P. (2006) Direct Submission GenBank.