ISBeg1
- Family IS1
- Group ISMhu11
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_ABBZ01001324 | ND | Beggiatoa sp. | Beggiatoa sp. PS |
DNA section
IS Length : 1417 bp
Ends
IR Length : 28
IRL : GGTAGTGTCCCTTAACTGCCTTGATGAAATATTATAGTGAACGACACCAT
IRR : GGTAGTGTCCCTTAACTGCCTTGATGAATTTTATCTGGATTTGGAAACAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CATCCTAGCTCGTTCTTG | CTATTTTAAGTTAAA | 0 |
DNA sequence
GGTAGTGTCCCTTAACTGCCTTGATGAAATATTATAGTGAACGACACCATAAATGGGACTAAAATCTGAAGATTTTTTTCTAATAAAACAAATAGCTGGA
AACAATTACTCAGTCCCGTTTATGGTGTCGTTCACTATAGTTAATAATTTATTGTATGTGTGACATTCTCAACTGAACACCTTTTTGTTCACGAGAAAAG
TCACCATGAATTGGGAAACTCTTTATTGTTCAAATCAGTCTTGTTACTATTATGGAATCCCTTTTTATGAGGGATGTTTGGTAAAAAATGGTTCAAGTCA
TGGTCAGAAACAAGCCCTTTGTAAAGCTTGCTTCAGGCAGTATTTCTTTAAGATACGGTACAGCATACTACGATTTAGATGTGGAAACAACTTTATTTGA
AATAGCAATACGAGCATTTGCCGAAGGCAATTCGATCCGTGCCACCGCCAGGATTCTTCAAGTTGACAAAGATACTGCTTGTGATTGGCTTCATCGGGCC
GCACGACATTGTCGTATTGTTATGTTATACCTTTGGCAAAATCTTCATGTGACTTCGTTACAACTTGATGAATTGTGGAGTTTTATCCTGACCTTAGAGC
ATAACTGTACTGAAGCCAAACTCTACCATGAATCATACGGTGATGCTTGGGTATGGCTGGCTTTTGCACCTGTTTGGCGGGTAGTATTAGCTTTTGTCAT
TGGTTCACTCCCTCAGAAAAATGCTAACTTGTTGCTTGATCGCGTTGCTCATGTGACTGATGCACACATTCCTTTTTTTACCAGCGATCAATTTTCTTCA
TCACGAACAGCTCTTTTGCATACCTACGGACAATGGTATCAACCTCCAAGAAAAGGTAATCGAGGGCGTTATCCAAAACCACTTCTGGTTGAACCAAGTG
AACTTGTGTATGCACAAGTTGTAAAAATACGCAACAGCAACGGGCGACTTATTGAGGTCAAGAACAAAATTATTTTTGGTGATGAGAATGAACTTGCTTC
TAAGTTAGCCGAATCTCCAGTTCGTTCTGAAATTAATACCAGTTTTATTGAACGTGATAATCTTACTCAACGACAAAGTAATCGGCGACTCACTAGACGT
TCTAATGGTTTTTCTAAAGAACTTTCTTGGTTTGATTCGCCCTTATGGCTTTCTCTAGCTTATTATCATTTAGTGCTTCCACATCAAAGTTTACGCCAAA
AACTGCTTAATTCGGAACCAACTCTTGGGACAGGGTATCAAAGATGTTGGCAACCTAGAACACCTGCCATGGCAGCTAGTATTACCGATCACATTTGGAC
GACTTCTGAACTTCTTTCATATCGAGTTCCTGCGCCATTTATTGATGAACTTCCTCAACTTGAATATTTGTTTCCAAATCCAGATAAAATTCATCAAGGC
AGTTAAGGGACACTACC
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TCACCATGAATTGGGAAACTCTTTATTGTTCAAATCAGTCTTGTTACTATTATGGAATCCCTTTTTATGAGGGATGTTTGGTAAAAAATGGTTCAAGTCA
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TCTAATGGTTTTTCTAAAGAACTTTCTTGGTTTGATTCGCCCTTATGGCTTTCTCTAGCTTATTATCATTTAGTGCTTCCACATCAAAGTTTACGCCAAA
AACTGCTTAATTCGGAACCAACTCTTGGGACAGGGTATCAAAGATGTTGGCAACCTAGAACACCTGCCATGGCAGCTAGTATTACCGATCACATTTGGAC
GACTTCTGAACTTCTTTCATATCGAGTTCCTGCGCCATTTATTGATGAACTTCCTCAACTTGAATATTTGTTTCCAAATCCAGATAAAATTCATCAAGGC
AGTTAAGGGACACTACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1119 bp | 372 aa | 288 | 1406 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MVQVMVRNKPFVKLASGSISLRYGTAYYDLDVETTLFEIAIRAFAEGNSIRATARILQVDKDTACDWLHRAARHCRIVMLYLWQNLHVTSLQLDELWSFI
LTLEHNCTEAKLYHESYGDAWVWLAFAPVWRVVLAFVIGSLPQKNANLLLDRVAHVTDAHIPFFTSDQFSSSRTALLHTYGQWYQPPRKGNRGRYPKPLL
VEPSELVYAQVVKIRNSNGRLIEVKNKIIFGDENELASKLAESPVRSEINTSFIERDNLTQRQSNRRLTRRSNGFSKELSWFDSPLWLSLAYYHLVLPHQ
SLRQKLLNSEPTLGTGYQRCWQPRTPAMAASITDHIWTTSELLSYRVPAPFIDELPQLEYLFPNPDKIHQGS
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Blast result :
Comments
ISBeg1 is 52% aa similar to ISMac25.
References
1] Mussmann,M., Hu,F.Z., Richter,M., de Beer,D., Preisler,A., Jorgensen,B.B., Huntemann,M., Glockner,F.O., Amann,R., Koopman,W.J.H., Janto,B., Hogg,J., Boissy,R., Lasken,R.S., Stoodley,P. and Ehrlich,G.D. (2007) Direct submission GenBank.
2] ISfinder annotation (2008)
2] ISfinder annotation (2008)