ISBeg1

  • Family IS1
  • Group ISMhu11
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NZ_ABBZ01001324 ND Beggiatoa sp.
Beggiatoa sp. PS
DNA section
IS Length : 1417 bp

Ends


IR Length : 28

IRL : GGTAGTGTCCCTTAACTGCCTTGATGAAATATTATAGTGAACGACACCAT
IRR : GGTAGTGTCCCTTAACTGCCTTGATGAATTTTATCTGGATTTGGAAACAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CATCCTAGCTCGTTCTTGCTATTTTAAGTTAAA0

DNA sequence

GGTAGTGTCCCTTAACTGCCTTGATGAAATATTATAGTGAACGACACCATAAATGGGACTAAAATCTGAAGATTTTTTTCTAATAAAACAAATAGCTGGA
AACAATTACTCAGTCCCGTTTATGGTGTCGTTCACTATAGTTAATAATTTATTGTATGTGTGACATTCTCAACTGAACACCTTTTTGTTCACGAGAAAAG
TCACCATGAATTGGGAAACTCTTTATTGTTCAAATCAGTCTTGTTACTATTATGGAATCCCTTTTTATGAGGGATGTTTGGTAAAAAATGGTTCAAGTCA
TGGTCAGAAACAAGCCCTTTGTAAAGCTTGCTTCAGGCAGTATTTCTTTAAGATACGGTACAGCATACTACGATTTAGATGTGGAAACAACTTTATTTGA
AATAGCAATACGAGCATTTGCCGAAGGCAATTCGATCCGTGCCACCGCCAGGATTCTTCAAGTTGACAAAGATACTGCTTGTGATTGGCTTCATCGGGCC
GCACGACATTGTCGTATTGTTATGTTATACCTTTGGCAAAATCTTCATGTGACTTCGTTACAACTTGATGAATTGTGGAGTTTTATCCTGACCTTAGAGC
ATAACTGTACTGAAGCCAAACTCTACCATGAATCATACGGTGATGCTTGGGTATGGCTGGCTTTTGCACCTGTTTGGCGGGTAGTATTAGCTTTTGTCAT
TGGTTCACTCCCTCAGAAAAATGCTAACTTGTTGCTTGATCGCGTTGCTCATGTGACTGATGCACACATTCCTTTTTTTACCAGCGATCAATTTTCTTCA
TCACGAACAGCTCTTTTGCATACCTACGGACAATGGTATCAACCTCCAAGAAAAGGTAATCGAGGGCGTTATCCAAAACCACTTCTGGTTGAACCAAGTG
AACTTGTGTATGCACAAGTTGTAAAAATACGCAACAGCAACGGGCGACTTATTGAGGTCAAGAACAAAATTATTTTTGGTGATGAGAATGAACTTGCTTC
TAAGTTAGCCGAATCTCCAGTTCGTTCTGAAATTAATACCAGTTTTATTGAACGTGATAATCTTACTCAACGACAAAGTAATCGGCGACTCACTAGACGT
TCTAATGGTTTTTCTAAAGAACTTTCTTGGTTTGATTCGCCCTTATGGCTTTCTCTAGCTTATTATCATTTAGTGCTTCCACATCAAAGTTTACGCCAAA
AACTGCTTAATTCGGAACCAACTCTTGGGACAGGGTATCAAAGATGTTGGCAACCTAGAACACCTGCCATGGCAGCTAGTATTACCGATCACATTTGGAC
GACTTCTGAACTTCTTTCATATCGAGTTCCTGCGCCATTTATTGATGAACTTCCTCAACTTGAATATTTGTTTCCAAATCCAGATAAAATTCATCAAGGC
AGTTAAGGGACACTACC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1119 bp372 aa2881406+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MVQVMVRNKPFVKLASGSISLRYGTAYYDLDVETTLFEIAIRAFAEGNSIRATARILQVDKDTACDWLHRAARHCRIVMLYLWQNLHVTSLQLDELWSFI
LTLEHNCTEAKLYHESYGDAWVWLAFAPVWRVVLAFVIGSLPQKNANLLLDRVAHVTDAHIPFFTSDQFSSSRTALLHTYGQWYQPPRKGNRGRYPKPLL
VEPSELVYAQVVKIRNSNGRLIEVKNKIIFGDENELASKLAESPVRSEINTSFIERDNLTQRQSNRRLTRRSNGFSKELSWFDSPLWLSLAYYHLVLPHQ
SLRQKLLNSEPTLGTGYQRCWQPRTPAMAASITDHIWTTSELLSYRVPAPFIDELPQLEYLFPNPDKIHQGS

 

Blast result :
Comments
ISBeg1 is 52% aa similar to ISMac25.
References
1] Mussmann,M., Hu,F.Z., Richter,M., de Beer,D., Preisler,A., Jorgensen,B.B., Huntemann,M., Glockner,F.O., Amann,R., Koopman,W.J.H., Janto,B., Hogg,J., Boissy,R., Lasken,R.S., Stoodley,P. and Ehrlich,G.D. (2007) Direct submission GenBank.
2] ISfinder annotation (2008)