ISBvu2
- Family IS1595
- Group ISNwi1
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_009614 | ND | Bacteroides vulgatus | Bacteroides vulgatus ATCC 8482 |
DNA section
IS Length : 4641 bp
Ends
IR Length : 22/23
IRL : GGCATTAAGGAACAAATGGACACTTGATAAATAAGTTATAACAAAATGTT
IRR : GGTATTAAGGAACAAATGGACACCATTACAAATCGTTATAACAAATGGTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GTTTATTTTCAA | TAAATTTT | AAACAGCTTCT | 8 |
DNA sequence
GGCATTAAGGAACAAATGGACACTTGATAAATAAGTTATAACAAAATGTTATAATTATATATTTTCTGATTGTGTCAAATCAAATTTATAAAGTTATATA
ACATAATATTACATTCTATCTTTTCTTTGTATTTATTTGCATATTTAACTTTTTATCGTTATATTGCAAAAGAATCAAAGAAAAGGAGGCTGTATGAAAA
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TTATAACGATTTGTAATGGTGTCCATTTGTTCCTTAATACC
ACATAATATTACATTCTATCTTTTCTTTGTATTTATTTGCATATTTAACTTTTTATCGTTATATTGCAAAAGAATCAAAGAAAAGGAGGCTGTATGAAAA
AGTCAATGAATTTTCTAGAGTTTATACAGATTGTAAAGGATGAAAATGCTTGTTATGATCTGTACGAACAATGGAAATGGGGTGACAAAGTTGTTTCTCC
ATTTGATCCCACCTCCAAGGTTTATAAGTGTAAGAACCATAAGTATAAATGCAAGAATACAAACAGGTATTTCACAGTAAAAACAGGAACGTGTTTTGCA
AATAGTAAGATTCCTTTTACTAAATGGTTCTATGTTATGTGGTTATTTGCTCAAGGGAAAAGAGGCATATCTTCCTATCAGGTATCTAGAGATATTGATG
TTTCTCAAAAGACCGCATGGCGTATGTTACATAAGATACGTAAGGCTATGACAGGAGAAAACGACTACTATCTTGAAGGAGAAGTTGAGATTGATGAATC
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TCGGAGATTCCTCACAAGGTCTTTAATCGGACTTTTCTACAGGAAGTTTCGGCAAGTATAAAATTTGTCGAAACACCTTTGTTGAATAATAAAGAAGCAA
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TGAACGTATAGAAAAGGAAATCTTGACTTTTACAGGTTCTTATTCTGAAAAAGAAAAGATGCTAGGGAAACTTTCTAATTTTTTCTGTAAATTGAACAAA
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GGAATGTCTTTCCGTCACCTAACGGCACTATTTCCTTTGAGTTCAAAGAACGAGAGATTGCGGCAATGAGTGTCGGAAACAAAGACTTCTCGTATGTTGC
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AATGCGTTTTTCTTAGAACAATTACGCAGTGGTAAATGGGAGAAATATCTATCCGTATGGCGCACTTTACACAAGACTCCCACACGAGAAAATGTGACTT
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TTACATAAAAATAACTTAGATTTAATGCGATAAAAATATAAGTTTATATTTTTGTGCAAAAATTAATATTATTAGATTATGCACAGCCGAATTTGTTTAT
TATGCGCCTCTTTACTTATAGGTGTTTCTGTCTATGGACAAAGTTTGAAAATAAACGAAGTAGACAAATTTTCCAAAGAGAAAAAAGTATATACTTCTTT
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GAAAAAGCATTGAAAAAATGAAGATTGTAAAATTTGGAACAGCAGCATTAATAGCCTTTGTTGGATGTGTTTTAAAAGTTTGTATGTTAATTATCGGACT
GTTTAATTTTAGTATAGTAACTCCAACAATAAATACTATAGCAGATATTATTTCTTATTCTCTCATTGGATATTTCTTCATTATATTATATCTAAAAATA
GGATGGAAGATAAATTGGGATCAAACTAAAAAGGGAGCATAACTACACTCCCTTTTTGTTATCTTAGCAACTTGAAATATGGAACAAGTATAACCATTTG
TTATAACGATTTGTAATGGTGTCCATTTGTTCCTTAATACC
Protein section
ORF number : 5
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
924 bp | 307 aa | 194 | 1117 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MKKSMNFLEFIQIVKDENACYDLYEQWKWGDKVVSPFDPTSKVYKCKNHKYKCKNTNRYFTVKTGTCFANSKIPFTKWFYVMWLFAQGKRGISSYQVSRD
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GDYRYAG
IDVSQKTAWRMLHKIRKAMTGENDYYLEGEVEIDESFAGGKNANRHKDKKVERCQGRSFKDKVPVFGLIGRNGDLVAKVVSGTGSSKLLPIIRKYVEEGS
TIYTDGWDYGEVSEMYNQISVDHGRKYYGITYYNDNKETVMITTNTIENAWSVFKRIYATYYHISKKYMQRYVDEFVFRFNTRKLSDSDRFRLLLQYLDI
GDYRYAG
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
729 bp | 242 aa | 1580 | 2308 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
594 bp | 197 aa | 2313 | 2906 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
Blast result :ORF 4
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
444 bp | 147 aa | 2908 | 3351 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
Blast result :ORF 5
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
543 bp | 180 aa | 3779 | 4321 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
Blast result :
Comments
ISBvu2 is 64% aa similar to ISBun1. The transposase is the first ORF, the others are passenger genes.
References
1] Xu,J., Mahowald,M.A., Ley,R.E., Lozupone,C.A., Hamady,M., Martens,E.C., Henrissat,B., Coutinho,P.M., Minx,P., Latreille,P., Cordum,H., Van Brunt,A., Kim,K., Fulton,R.S., Fulton,L.A., Clifton,S.W., Wilson,R.K., Knight,R.D. and Gordon,J.I. (2007) PLoS Biol. 5 (7), E156 In press