ISBvu2

  • Family IS1595
  • Group ISNwi1
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_009614 ND Bacteroides vulgatus
Bacteroides vulgatus ATCC 8482
DNA section
IS Length : 4641 bp

Ends


IR Length : 22/23

IRL : GGCATTAAGGAACAAATGGACACTTGATAAATAAGTTATAACAAAATGTT
IRR : GGTATTAAGGAACAAATGGACACCATTACAAATCGTTATAACAAATGGTT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
GTTTATTTTCAATAAATTTTAAACAGCTTCT8

DNA sequence

GGCATTAAGGAACAAATGGACACTTGATAAATAAGTTATAACAAAATGTTATAATTATATATTTTCTGATTGTGTCAAATCAAATTTATAAAGTTATATA
ACATAATATTACATTCTATCTTTTCTTTGTATTTATTTGCATATTTAACTTTTTATCGTTATATTGCAAAAGAATCAAAGAAAAGGAGGCTGTATGAAAA
AGTCAATGAATTTTCTAGAGTTTATACAGATTGTAAAGGATGAAAATGCTTGTTATGATCTGTACGAACAATGGAAATGGGGTGACAAAGTTGTTTCTCC
ATTTGATCCCACCTCCAAGGTTTATAAGTGTAAGAACCATAAGTATAAATGCAAGAATACAAACAGGTATTTCACAGTAAAAACAGGAACGTGTTTTGCA
AATAGTAAGATTCCTTTTACTAAATGGTTCTATGTTATGTGGTTATTTGCTCAAGGGAAAAGAGGCATATCTTCCTATCAGGTATCTAGAGATATTGATG
TTTCTCAAAAGACCGCATGGCGTATGTTACATAAGATACGTAAGGCTATGACAGGAGAAAACGACTACTATCTTGAAGGAGAAGTTGAGATTGATGAATC
ATTTGCAGGTGGAAAAAATGCAAACCGACATAAGGATAAAAAAGTGGAGAGATGCCAGGGGAGAAGTTTTAAAGACAAAGTTCCTGTTTTTGGACTAATA
GGCAGAAATGGGGATTTGGTTGCCAAAGTAGTAAGCGGAACAGGTTCATCCAAGCTGCTTCCAATTATAAGAAAGTATGTTGAAGAAGGAAGTACAATAT
ATACTGATGGATGGGATTATGGCGAAGTATCCGAAATGTACAACCAAATATCTGTAGATCACGGGCGTAAATATTATGGTATTACTTATTACAATGATAA
TAAAGAAACGGTGATGATTACTACCAATACGATAGAAAACGCTTGGTCTGTTTTCAAGAGGATATACGCCACATATTATCATATAAGCAAGAAATATATG
CAACGCTATGTAGATGAATTTGTCTTTAGATTTAATACCAGAAAACTTAGCGATTCTGACAGATTTAGATTACTTTTGCAATACTTAGATATAGGAGATT
ACAGATATGCAGGATGATAAGAAAGAAAAGCCAAAGGACGAAAAGAAAAAGAAGAATAAATACATCGTAAAAGATGGAGATGGGAACATCATGGATGTGG
AAGTTCCTGAATCATGGATAAAGATTCTGGAAGCAATGAATAAGGGGGAAAAGAAAAAATGAATACCTTTTCTGAAAAATTATCTATTTTTATTTAGTTA
AACAAATATGATTTATTGCGTAAAACAGTTGGATATATTAAATATTATATCTAGTACGCTGGTATAATAAAGTAGAAGAAGCAGGGGTGCATTTCCAGCT
GGGACAAAGCGTTGGCAGCAATGAAGTTCTGATTAATCGGGGTGAAACAATTTAAGCACTTCATACTTTTAATTGGAAAAAGATTGTTAATGAAGCCAAA
TCGTTTAGAAAGGTTTAGAAAATCATGCTTGAAAATTTGTGTGTATGATTACAATTGACTAATTTCGCAACCTAAAATTATGGTTATACAAAATCCATAT
TCGGAGATTCCTCACAAGGTCTTTAATCGGACTTTTCTACAGGAAGTTTCGGCAAGTATAAAATTTGTCGAAACACCTTTGTTGAATAATAAAGAAGCAA
TAACTCATTTCTTGAAATCAAATTTTGGAATAATTGAATACTTTCCGGGAACCCTGACAGTTGGAGGAATAACCTTATCAGCCGAAACGGCAGTTGAAAG
ATATAATTTCTCAACTACTTCTGCATCGTTAACACTCGATGCCAGCATCTATCGGTGCTATAAAGTTACTTTGGCTCCTAAAATGAAACGCCTTGTTGAA
TTTTTAAAGGCTTTAGGAATTGAAAAAATAGAGGCTTTGACAATCTCTAAGAAAAATTTGTTTAAAGCGACTTCTCCCAATGCTTATTCTTCATGGAGAT
TTGCGTTACATGAATCTTTTAAAGATGAAAGTCTCAGAGAGCTTGCTGCTAACTCATCTGTTAGTGACAAACCGTTTAAAATAACAATTGAGGGGGCTGG
AAAATTTGATGGGGGCGAAGTTCGTGTACCTTTTTTGGTTGAAGTTGTTGATAAAGATAATTTCTATTTTCAAATGGATTTAATAGGAACTGTTTATGAT
ATTGACACTAAAGATATAATTGCGAACGCAGATGTATTGAATCATATTATATTCAGTGCATTTTGTAATATGGTTTCAGATAAAACGATTAATTTATTGC
AGCAATAATATTATGGAAACAACTGATTACACTTTTTTATCTCCAGCATCTTTGCCTAAGGCTAAAAAGAGAAAGGTTGTAACACGATTTGTCCTTGCTA
CTATAGTTGCAGTTGCTTGTACGTCTGATAATGTTGAGACAAGTGATGTTTCCAATAGTGATTTGGTTAGTGTTAATGATATTGTATGTCCTGTAAAGAT
TGAACGTATAGAAAAGGAAATCTTGACTTTTACAGGTTCTTATTCTGAAAAAGAAAAGATGCTAGGGAAACTTTCTAATTTTTTCTGTAAATTGAACAAA
GAGGGTTGGGATGGTTACAATGCCTTTCCCATAGAACGAGATTCATACTTAAATGCCCGTAAAATAGTAATGGATACCCCTGATTCGATTCTTCGGTTGT
GGAATGTCTTTCCGTCACCTAACGGCACTATTTCCTTTGAGTTCAAAGAACGAGAGATTGCGGCAATGAGTGTCGGAAACAAAGACTTCTCGTATGTTGC
CATGAAAGAATCAGGAGATTCTATAATGGAACAGAGGGAATTTAATATAGATAAAGCGGTTGAGGCTCTCATTGCTATGAGCAACCTATTTGGCTATTTT
ACTTAATATGGCTCAAACATTATACGATGTTGATGAATCAGAAGAAGTTGCCCGTATCCTTTTTTCTCCAACAATGGTTCAAGAAGGGAGGATAAGCCGT
AATGCGTTTTTCTTAGAACAATTACGCAGTGGTAAATGGGAGAAATATCTATCCGTATGGCGCACTTTACACAAGACTCCCACACGAGAAAATGTGACTT
TTCCTCCGCGCACTCCTGGCGATGAAGTGTTTGGATATGCAACATTAAATGTTGGTATTATTCATACTCAGGATATAATGGATTGTACGGCAAGGGTTAA
AAGGAACGTGGAGGATGAAAATCATTATCACGTAGGTATTTTCTATGAGTTAGCTCAACAGCCGATTGTAGGAAAATGTGATGCAGTGTCATTTATGGCT
CTCACAATGGCATTAGCAAACAAGGCTACCCTTATTCCTTTTCCCAAATAGAAAATAGTGTTTTGGAAGTTGCTAAATAGAGATAAGGGTGCACAAGGAC
TATTTATTTAAATGACTTATCGCCTTTTCCCATTCTTTATATACTCCATTCATTGTCATTTTGTTAAGATAAATATATGTATCCTTTAGTAACTTTCAAT
GCCTCTTCTTCTGTATCAAACATTAATGTTGATTCATGCTCATGGCCATAGCAGATAGATTTAACACTTATCTACCATTTATAATTGCCACTTCCATAAT
CATCGTAATTTCATTGTATAAAATGGCTCTATAATATCTTTGCACCTGTTTAATTTTGCAATTTTATTTTACTAAAAGCATATTCTTCAAATAGTTAACA
TTACATAAAAATAACTTAGATTTAATGCGATAAAAATATAAGTTTATATTTTTGTGCAAAAATTAATATTATTAGATTATGCACAGCCGAATTTGTTTAT
TATGCGCCTCTTTACTTATAGGTGTTTCTGTCTATGGACAAAGTTTGAAAATAAACGAAGTAGACAAATTTTCCAAAGAGAAAAAAGTATATACTTCTTT
TGAAAAAATATCTTCTGAATCTGTAATGATGGTATCTCCTATTGGGAAAAACATTTGGTTACGTTTTGCACATGATCATGGATTGGATTTTGCCCAGTTA
AGATGGTGCAGTAAAGAAGTCTTATCCGTTGATTCTGATGCTGATATTGTATTTCTTGACAAAGATGGAAATACTTACAATTTTAAAAACAAAGATTATA
CTTTATCTACACCTGGAGGTGGGGCTGTCGTTGCTTTTGGAATGAATCTGCTTGGAGTTGAATTAACTTTGATTGGAAACTGTTCGGTTTTCAAAGATAA
AACAATGACTGCTATTAGGATTTATACCAATGATGGATATTACGATTTTGATATAAAAGAAAAGAACGCAAAGAAACTAATTAAGACATATTCACTATTT
GAAAAAGCATTGAAAAAATGAAGATTGTAAAATTTGGAACAGCAGCATTAATAGCCTTTGTTGGATGTGTTTTAAAAGTTTGTATGTTAATTATCGGACT
GTTTAATTTTAGTATAGTAACTCCAACAATAAATACTATAGCAGATATTATTTCTTATTCTCTCATTGGATATTTCTTCATTATATTATATCTAAAAATA
GGATGGAAGATAAATTGGGATCAAACTAAAAAGGGAGCATAACTACACTCCCTTTTTGTTATCTTAGCAACTTGAAATATGGAACAAGTATAACCATTTG
TTATAACGATTTGTAATGGTGTCCATTTGTTCCTTAATACC
Protein section
ORF number : 5

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
924 bp307 aa1941117+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MKKSMNFLEFIQIVKDENACYDLYEQWKWGDKVVSPFDPTSKVYKCKNHKYKCKNTNRYFTVKTGTCFANSKIPFTKWFYVMWLFAQGKRGISSYQVSRD
IDVSQKTAWRMLHKIRKAMTGENDYYLEGEVEIDESFAGGKNANRHKDKKVERCQGRSFKDKVPVFGLIGRNGDLVAKVVSGTGSSKLLPIIRKYVEEGS
TIYTDGWDYGEVSEMYNQISVDHGRKYYGITYYNDNKETVMITTNTIENAWSVFKRIYATYYHISKKYMQRYVDEFVFRFNTRKLSDSDRFRLLLQYLDI
GDYRYAG

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
729 bp242 aa15802308+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

 

Blast result :
ORF 3
LengthBeginEndStrandFusion ORF
594 bp197 aa23132906+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

 

Blast result :
ORF 4
LengthBeginEndStrandFusion ORF
444 bp147 aa29083351+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

 

Blast result :
ORF 5
LengthBeginEndStrandFusion ORF
543 bp180 aa37794321+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : Hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

 

Blast result :
Comments
ISBvu2 is 64% aa similar to ISBun1. The transposase is the first ORF, the others are passenger genes.
References
1] Xu,J., Mahowald,M.A., Ley,R.E., Lozupone,C.A., Hamady,M., Martens,E.C., Henrissat,B., Coutinho,P.M., Minx,P., Latreille,P., Cordum,H., Van Brunt,A., Kim,K., Fulton,R.S., Fulton,L.A., Clifton,S.W., Wilson,R.K., Knight,R.D. and Gordon,J.I. (2007) PLoS Biol. 5 (7), E156 In press