ISLhe9
- Family IS607
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP000517 | ND | Lactobacillus helveticus | Lactobacillus helveticus DPC 4571 |
DNA section
IS Length : 2607 bp
Ends
IR Length : 0
IRL : GGGTTATCAGCAGTTAACAAAATAAATATTAAAAAGTGGCAAAATCTGTT
IRR : CCGAATTATAAAACCTAATAAAAACTAATATTCCTAATAGCTTTTATCAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CCTTACATTCACTCAGCTCGTGAAG | TAAAATTGCTTGG | 0 |
DNA sequence
GGGTTATCAGCAGTTAACAAAATAAATATTAAAAAGTGGCAAAATCTGTTAATTTATGTCAATAAGTGATATAATCTCCTTAACGAAAGTTGAGGAGTTT
TTTTATGGCATCCAATACACAATTACCCAAGTATTTATCTATCGGACAAGCTTCTAAATATTTAAATATCGCAATTCCTACTCTAAGGCTGTGGGAAAGA
AAAGGAATTATTAAGCCAATCAGAACTGCTGGAAATCAAAGAAGATATACCCTGCAAATGCTGGATGATGCACTAGCAGGGAAAAAGCCTGCCAAGCCAG
TATCCAAAGATAAATTGATAATTGGCTATTGTCGTGTCTCTTCTGCCGGACAAAAAAACGATTTAAAGCGTCAAATAGCAGTAGTTACTAATTTCTGTGA
AATGCAAGGCAAGCCGTTTAAAATTATTTCTGATATTGGTTCAGGGCTTAATTATCACAAAAAAGGCTTAAAAGAGCTGATTCATCTGATCTGCACCCAG
CAATGCAGTCAAGTAGTAGTCAATTATCAGGATCGTTTAGTTAGATTTGGTTTTGAATTAATTGAAGACATATGCCAAGAAAACGATGTTGAAATAACAG
TTATTAATCAAACCAAAGCCGAAAGCTCTAATGAAGAGCTAGTAGACGATGTGCTTTCAGTTATTACTGTTTATTCTGCTAAGCTTTATGGAAAGAGAAG
CCATCATAATGAAAAGATCATCAAAACCAATCAAGAGCTATTCAAAGACCGTTAGAGCATACTCGCTTAAGCTTGATGAAGATACTTATACTAAATTAGA
TCAGCTTTTTATAAATTATGGCAAATGTCGCAATATGTTTCTAAATCAATATTGTGGCATCAGTCATATGCTTGATGTTAAGCAGTATCGCAAATTACGT
GATCAAATTAAAGGCTCTAAGCAAAACAAAAAGTATGTAGCCAAATACAATTTCTTAGATAAACATTGGTGTTACGCATTAAGCGATGCTTGTGCCAACA
TCAATTCGATGTGGAGTAATTTAGCTAACCAAATTCGTAGAGTCGTGCAAGCAAATGAGGCAATAGATAAAGATGAAAGACACTTGATCTACTATCTGCT
TTCCATTAGAGAGTTGTGGTATTATGCCTTAACCAACAATCAAGCAGTACTTTTAGATTTGTCTCACGGATTGCAAAAGCACCTAGCAGAATTAGAAGAA
GCTGTTACGCCTAAACAAAGAAAACATGCTTATTCATATTTAAGCAGATTAACTAGACGCTATAAATATACTCCTCGAAAGCATCATAGCTTAAATAAAT
CTATGACTTATGATGAAAGCATGTACAAGTTTACCGGCGATCAGCTAGAAGAACTTGCCATTTCATCGCATGTATCAAGAAAGAGATTTAGTTTAAAGCT
GACAAGTCCATGGCATTATCGTTTAAATGGCAATTTACAAATTATCTTAGATCGCGATAAAAAGCGGCTTGAAATTCATAAGGTAATTAAAGTTAGACAA
AAGAAAGAATATCAAGCAGGCACTAAACTCGGTATTGATAAAGGGCTTGCCACGCTGGTTTCTTGCAGTAGTGGTCGTGAATATGGCAAAGGTTTTAGCC
AGTTTACTAGACCTGAAATTGAACAGGAAAGCCAATACTTAGCTAGACGCAATCCTTATTACGGTTATCGCTATCAATTAAAGAAAAAGCTTAATCAGCT
AAAAAACGCCAATATACCTAAACAAATTATCAAGAAAAAGCAATTAACTAGGCAATTAAACAAGTTGAACGCTAATAATATTGGTCATAAGCGCAAAGAT
AAGCGCCACGCATCTTATCATGCTTGTCTTGAAAGCAAAATTAACCATGCAATTAAAACAATGATTAAGCTGGAAACACCAAGTTTGATTGTTAAAGAAG
ATTTGACCTTTACTAAGGAAAAAATAGCTAAGAAAGGCAGTAAATATGAACGCCAAGTTAGACGCACTCTTTCATCATGGACTAAAGGAGTATTAAATGA
ACGTTTAGAGTATTATTGCCAGCAATATGGCATTGACTTTAAAGACGTTAACCCAGCCTACACTTCCCAATATTGTCCAAATTGCGGACGGCACTTTATC
GTAAGATTTGGCAAGCACAATGAAAAGACCTTATGTCCTAATTGTGGAGAAATGGACTGTAATATCGCCGCATCAAAGAATATCCTAGCAAGAGCCACAG
ATAAAGAAATTACGCTTTATAAGCCATATAAAAAAGTAAAAGCAATTCTTGATCAAAGAATTGCCAGTTAAGAAGAATTATTAAATAAGTCGACTGCCAC
AAAGCGAAAGGCGGAATGCCTCTCCTTTTATCAGCTAAGCTGAGGACATGTCGCAAAGGACTTTAAGTCCATTCTTAGAGCTAGGGAATGTTCCTAGGCT
AAAGAAAAACAAGAATCGAAGAACCTTCATGTGGGGCAGATCAAAGCCAGTCCCTATTAATAGGGTAATAGAAATATTAACCGCGCCGCGTTCAACCGTA
CCCACAGAGCTTAACGCTTAAAAAAATCGCTCTAGCAAAAGCTAGAGTGAGTGAGACATGATAAAAGCTATTAGGAATATTAGTTTTTATTAGGTTTTAT
AATTCGG
TTTTATGGCATCCAATACACAATTACCCAAGTATTTATCTATCGGACAAGCTTCTAAATATTTAAATATCGCAATTCCTACTCTAAGGCTGTGGGAAAGA
AAAGGAATTATTAAGCCAATCAGAACTGCTGGAAATCAAAGAAGATATACCCTGCAAATGCTGGATGATGCACTAGCAGGGAAAAAGCCTGCCAAGCCAG
TATCCAAAGATAAATTGATAATTGGCTATTGTCGTGTCTCTTCTGCCGGACAAAAAAACGATTTAAAGCGTCAAATAGCAGTAGTTACTAATTTCTGTGA
AATGCAAGGCAAGCCGTTTAAAATTATTTCTGATATTGGTTCAGGGCTTAATTATCACAAAAAAGGCTTAAAAGAGCTGATTCATCTGATCTGCACCCAG
CAATGCAGTCAAGTAGTAGTCAATTATCAGGATCGTTTAGTTAGATTTGGTTTTGAATTAATTGAAGACATATGCCAAGAAAACGATGTTGAAATAACAG
TTATTAATCAAACCAAAGCCGAAAGCTCTAATGAAGAGCTAGTAGACGATGTGCTTTCAGTTATTACTGTTTATTCTGCTAAGCTTTATGGAAAGAGAAG
CCATCATAATGAAAAGATCATCAAAACCAATCAAGAGCTATTCAAAGACCGTTAGAGCATACTCGCTTAAGCTTGATGAAGATACTTATACTAAATTAGA
TCAGCTTTTTATAAATTATGGCAAATGTCGCAATATGTTTCTAAATCAATATTGTGGCATCAGTCATATGCTTGATGTTAAGCAGTATCGCAAATTACGT
GATCAAATTAAAGGCTCTAAGCAAAACAAAAAGTATGTAGCCAAATACAATTTCTTAGATAAACATTGGTGTTACGCATTAAGCGATGCTTGTGCCAACA
TCAATTCGATGTGGAGTAATTTAGCTAACCAAATTCGTAGAGTCGTGCAAGCAAATGAGGCAATAGATAAAGATGAAAGACACTTGATCTACTATCTGCT
TTCCATTAGAGAGTTGTGGTATTATGCCTTAACCAACAATCAAGCAGTACTTTTAGATTTGTCTCACGGATTGCAAAAGCACCTAGCAGAATTAGAAGAA
GCTGTTACGCCTAAACAAAGAAAACATGCTTATTCATATTTAAGCAGATTAACTAGACGCTATAAATATACTCCTCGAAAGCATCATAGCTTAAATAAAT
CTATGACTTATGATGAAAGCATGTACAAGTTTACCGGCGATCAGCTAGAAGAACTTGCCATTTCATCGCATGTATCAAGAAAGAGATTTAGTTTAAAGCT
GACAAGTCCATGGCATTATCGTTTAAATGGCAATTTACAAATTATCTTAGATCGCGATAAAAAGCGGCTTGAAATTCATAAGGTAATTAAAGTTAGACAA
AAGAAAGAATATCAAGCAGGCACTAAACTCGGTATTGATAAAGGGCTTGCCACGCTGGTTTCTTGCAGTAGTGGTCGTGAATATGGCAAAGGTTTTAGCC
AGTTTACTAGACCTGAAATTGAACAGGAAAGCCAATACTTAGCTAGACGCAATCCTTATTACGGTTATCGCTATCAATTAAAGAAAAAGCTTAATCAGCT
AAAAAACGCCAATATACCTAAACAAATTATCAAGAAAAAGCAATTAACTAGGCAATTAAACAAGTTGAACGCTAATAATATTGGTCATAAGCGCAAAGAT
AAGCGCCACGCATCTTATCATGCTTGTCTTGAAAGCAAAATTAACCATGCAATTAAAACAATGATTAAGCTGGAAACACCAAGTTTGATTGTTAAAGAAG
ATTTGACCTTTACTAAGGAAAAAATAGCTAAGAAAGGCAGTAAATATGAACGCCAAGTTAGACGCACTCTTTCATCATGGACTAAAGGAGTATTAAATGA
ACGTTTAGAGTATTATTGCCAGCAATATGGCATTGACTTTAAAGACGTTAACCCAGCCTACACTTCCCAATATTGTCCAAATTGCGGACGGCACTTTATC
GTAAGATTTGGCAAGCACAATGAAAAGACCTTATGTCCTAATTGTGGAGAAATGGACTGTAATATCGCCGCATCAAAGAATATCCTAGCAAGAGCCACAG
ATAAAGAAATTACGCTTTATAAGCCATATAAAAAAGTAAAAGCAATTCTTGATCAAAGAATTGCCAGTTAAGAAGAATTATTAAATAAGTCGACTGCCAC
AAAGCGAAAGGCGGAATGCCTCTCCTTTTATCAGCTAAGCTGAGGACATGTCGCAAAGGACTTTAAGTCCATTCTTAGAGCTAGGGAATGTTCCTAGGCT
AAAGAAAAACAAGAATCGAAGAACCTTCATGTGGGGCAGATCAAAGCCAGTCCCTATTAATAGGGTAATAGAAATATTAACCGCGCCGCGTTCAACCGTA
CCCACAGAGCTTAACGCTTAAAAAAATCGCTCTAGCAAAAGCTAGAGTGAGTGAGACATGATAAAAGCTATTAGGAATATTAGTTTTTATTAGGTTTTAT
AATTCGG
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
651 bp | 216 aa | 105 | 755 | + | No |
Chemistry : Serine
ORF sequence :
MASNTQLPKYLSIGQASKYLNIAIPTLRLWERKGIIKPIRTAGNQRRYTLQMLDDALAGKKPAKPVSKDKLIIGYCRVSSAGQKNDLKRQIAVVTNFCEM
QGKPFKIISDIGSGLNYHKKGLKELIHLICTQQCSQVVVNYQDRLVRFGFELIEDICQENDVEITVINQTKAESSNEELVDDVLSVITVYSAKLYGKRSH
HNEKIIKTNQELFKDR
QGKPFKIISDIGSGLNYHKKGLKELIHLICTQQCSQVVVNYQDRLVRFGFELIEDICQENDVEITVINQTKAESSNEELVDDVLSVITVYSAKLYGKRSH
HNEKIIKTNQELFKDR
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1584 bp | 527 aa | 688 | 2271 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MEREAIIMKRSSKPIKSYSKTVRAYSLKLDEDTYTKLDQLFINYGKCRNMFLNQYCGISHMLDVKQYRKLRDQIKGSKQNKKYVAKYNFLDKHWCYALSD
ACANINSMWSNLANQIRRVVQANEAIDKDERHLIYYLLSIRELWYYALTNNQAVLLDLSHGLQKHLAELEEAVTPKQRKHAYSYLSRLTRRYKYTPRKHH
SLNKSMTYDESMYKFTGDQLEELAISSHVSRKRFSLKLTSPWHYRLNGNLQIILDRDKKRLEIHKVIKVRQKKEYQAGTKLGIDKGLATLVSCSSGREYG
KGFSQFTRPEIEQESQYLARRNPYYGYRYQLKKKLNQLKNANIPKQIIKKKQLTRQLNKLNANNIGHKRKDKRHASYHACLESKINHAIKTMIKLETPSL
IVKEDLTFTKEKIAKKGSKYERQVRRTLSSWTKGVLNERLEYYCQQYGIDFKDVNPAYTSQYCPNCGRHFIVRFGKHNEKTLCPNCGEMDCNIAASKNIL
ARATDKEITLYKPYKKVKAILDQRIAS
ACANINSMWSNLANQIRRVVQANEAIDKDERHLIYYLLSIRELWYYALTNNQAVLLDLSHGLQKHLAELEEAVTPKQRKHAYSYLSRLTRRYKYTPRKHH
SLNKSMTYDESMYKFTGDQLEELAISSHVSRKRFSLKLTSPWHYRLNGNLQIILDRDKKRLEIHKVIKVRQKKEYQAGTKLGIDKGLATLVSCSSGREYG
KGFSQFTRPEIEQESQYLARRNPYYGYRYQLKKKLNQLKNANIPKQIIKKKQLTRQLNKLNANNIGHKRKDKRHASYHACLESKINHAIKTMIKLETPSL
IVKEDLTFTKEKIAKKGSKYERQVRRTLSSWTKGVLNERLEYYCQQYGIDFKDVNPAYTSQYCPNCGRHFIVRFGKHNEKTLCPNCGEMDCNIAASKNIL
ARATDKEITLYKPYKKVKAILDQRIAS
Blast result :
Comments
ISLhe9 is 65% (ORFA) aa similar to ISCfe1.
References
1] Callanan,M., Kaleta,P., O'Callaghan,J., O'Sullivan,O., Jordan,K., McAuliffe,O., Sangrador-Vegas,A., Slattery,L., Fitzgerald,G.F., Beresford,T. and Ross,R.P. (2007) J. Bacteriol. In press