ISLhe4
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP000517 | ND | Lactobacillus helveticus | Lactobacillus helveticus DPC 4571 |
DNA section
IS Length : 1660 bp
Ends
Left end : CATACTAACCTAGTGTTGGATTATGAATCGACGGATTCATGATCTGGCACTTTTTATTTTGTCTAAAATAGAAAGTGAAGATAAAGCAAATAAAGTCTTG
Right end : ATTATTAATAAATTTAGTTTTCTAACTTAATTAGCTTCATTCGTACCAATAATTCTAATAAAATAATCTATTAAATTATTGATATTACTTGACTTAAGGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GAAAATCTGTACAA | AGAAAA | AGAACCAAACAGCC | 6 |
DNA sequence
CATACTAACCTAGTGTTGGATTATGAATCGACGGATTCATGATCTGGCACTTTTTATTTTGTCTAAAATAGAAAGTGAAGATAAAGCAAATAAAGTCTTG
GTTCTTTTGGACGTGTAACGTCGCAAAGAAAACGGACTGCTTTACCGCCTATTTATAAGTCTCTTCGAAGTCTGTGGGCACTTGACGCCGAGTTCAGAAA
ACGAGAATTAATAGGTTGATAAAACTGTTTGTCTTCACTTGGAGGTTAGAATGATGAAACAAAATATTATCTTTGGCATTGATGTTAGCAGTAAATCGTC
TACAGTTTGTGTAGTAATTGATCGAATTAAGCAAGGTGAAACCTTTAAGATTACTAATGATTCCTTTGGCTATCAAGATCTATTGGATCGTTTAAATCAA
TACTTGATCACGCCTTTAGTAGTTTTTGAAGCTACGGGAGTTTATTCATTGAGTTTACAGGCTTTTTTAGAAGATTATCATATCAAGTATTTAAAGCTTA
ATCCCTTAAAGGCTAAGAAGCTGATGGACAATAATCTAAGGCATAATAAAACCGATAAAGTTGATGCTTATCGGTTAGCTTTAATTCAATTCAATGCGCC
ACAAAAATTGCGTGCTCCTCAACCTAAGGAATATCATGAACTGCAAAATGCGAGTCGTTATTACGAAGAGCTTGCTCAAGCCCTGATAATCAATAAAAAT
CAGCTCCATCGTAATTTGCAGTCTGCTTTTCCTCAGATAGAGAGTATCCTTTCAACTTCATCTGGCAGAGTTTATTGGACGATTGTCAGCTTATTCCCGC
ATGCCCAATATGTTTTAAATCACAATGAAAACCAGGTCTTTCAAAGTTTATTGGCCATTTCAGGAATTGGCAGACAAAGAGCTCATTATTTAACAACTAG
GCTCTATGCCTTAGCCAGACAAGCTTATCCATATGACAATGAAAGCAGTATTACTATTCGAGCAATTCAGCGTAATATTGCCAATTTGCTTTCTCTAAGT
GCCGAAAGAGATAATGTGATCAATTATATGGAAAAGCTTGCTATGCAAGCAAATGCACGGTCTTTGAATATCTATGAGAGTATTCCTGGCATTGCCAAAA
CTACTGCTGTTAGGTTGGTAGCCGAATTAGGTGATTTAAGACGGTTTGATACTTCAGCCCAAATTGATGCCTTTGTTGGCATTGATCCAGGCCGCTATCA
ATCAGGTGAAAAGGACAGTCATTTAGGAATAACCAAACATGGCAATCACTTAGCTAGAAAGATTCTTTATCGAACAATTACTCAAATGGAAACTGTCAAA
GCTACTCAGCCTTGTCATATCACTGATTATTATGATAAGAAAAAACGATCTTCAAATAGCCGGGGCTATAAGAAAATCGCCATTGCATCAGTTCATAAAC
TGATACGTACAATGTTTGCTCTTATCAAACATGATCAATTATATGATTACAACGTAGCCACACATAACCAAAGACTTTAGTTGAAATCAAATGATCAACT
TCAGTATAACAACCTATGAAAAAACTACAAGTACTCATAGGCTTATTTGTGTTACATATAATTATTAATAAATTTAGTTTTCTAACTTAATTAGCTTCAT
TCGTACCAATAATTCTAATAAAATAATCTATTAAATTATTGATATTACTTGACTTAAGGT
GTTCTTTTGGACGTGTAACGTCGCAAAGAAAACGGACTGCTTTACCGCCTATTTATAAGTCTCTTCGAAGTCTGTGGGCACTTGACGCCGAGTTCAGAAA
ACGAGAATTAATAGGTTGATAAAACTGTTTGTCTTCACTTGGAGGTTAGAATGATGAAACAAAATATTATCTTTGGCATTGATGTTAGCAGTAAATCGTC
TACAGTTTGTGTAGTAATTGATCGAATTAAGCAAGGTGAAACCTTTAAGATTACTAATGATTCCTTTGGCTATCAAGATCTATTGGATCGTTTAAATCAA
TACTTGATCACGCCTTTAGTAGTTTTTGAAGCTACGGGAGTTTATTCATTGAGTTTACAGGCTTTTTTAGAAGATTATCATATCAAGTATTTAAAGCTTA
ATCCCTTAAAGGCTAAGAAGCTGATGGACAATAATCTAAGGCATAATAAAACCGATAAAGTTGATGCTTATCGGTTAGCTTTAATTCAATTCAATGCGCC
ACAAAAATTGCGTGCTCCTCAACCTAAGGAATATCATGAACTGCAAAATGCGAGTCGTTATTACGAAGAGCTTGCTCAAGCCCTGATAATCAATAAAAAT
CAGCTCCATCGTAATTTGCAGTCTGCTTTTCCTCAGATAGAGAGTATCCTTTCAACTTCATCTGGCAGAGTTTATTGGACGATTGTCAGCTTATTCCCGC
ATGCCCAATATGTTTTAAATCACAATGAAAACCAGGTCTTTCAAAGTTTATTGGCCATTTCAGGAATTGGCAGACAAAGAGCTCATTATTTAACAACTAG
GCTCTATGCCTTAGCCAGACAAGCTTATCCATATGACAATGAAAGCAGTATTACTATTCGAGCAATTCAGCGTAATATTGCCAATTTGCTTTCTCTAAGT
GCCGAAAGAGATAATGTGATCAATTATATGGAAAAGCTTGCTATGCAAGCAAATGCACGGTCTTTGAATATCTATGAGAGTATTCCTGGCATTGCCAAAA
CTACTGCTGTTAGGTTGGTAGCCGAATTAGGTGATTTAAGACGGTTTGATACTTCAGCCCAAATTGATGCCTTTGTTGGCATTGATCCAGGCCGCTATCA
ATCAGGTGAAAAGGACAGTCATTTAGGAATAACCAAACATGGCAATCACTTAGCTAGAAAGATTCTTTATCGAACAATTACTCAAATGGAAACTGTCAAA
GCTACTCAGCCTTGTCATATCACTGATTATTATGATAAGAAAAAACGATCTTCAAATAGCCGGGGCTATAAGAAAATCGCCATTGCATCAGTTCATAAAC
TGATACGTACAATGTTTGCTCTTATCAAACATGATCAATTATATGATTACAACGTAGCCACACATAACCAAAGACTTTAGTTGAAATCAAATGATCAACT
TCAGTATAACAACCTATGAAAAAACTACAAGTACTCATAGGCTTATTTGTGTTACATATAATTATTAATAAATTTAGTTTTCTAACTTAATTAGCTTCAT
TCGTACCAATAATTCTAATAAAATAATCTATTAAATTATTGATATTACTTGACTTAAGGT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1230 bp | 409 aa | 251 | 1480 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MMKQNIIFGIDVSSKSSTVCVVIDRIKQGETFKITNDSFGYQDLLDRLNQYLITPLVVFEATGVYSLSLQAFLEDYHIKYLKLNPLKAKKLMDNNLRHNK
TDKVDAYRLALIQFNAPQKLRAPQPKEYHELQNASRYYEELAQALIINKNQLHRNLQSAFPQIESILSTSSGRVYWTIVSLFPHAQYVLNHNENQVFQSL
LAISGIGRQRAHYLTTRLYALARQAYPYDNESSITIRAIQRNIANLLSLSAERDNVINYMEKLAMQANARSLNIYESIPGIAKTTAVRLVAELGDLRRFD
TSAQIDAFVGIDPGRYQSGEKDSHLGITKHGNHLARKILYRTITQMETVKATQPCHITDYYDKKKRSSNSRGYKKIAIASVHKLIRTMFALIKHDQLYDY
NVATHNQRL
TDKVDAYRLALIQFNAPQKLRAPQPKEYHELQNASRYYEELAQALIINKNQLHRNLQSAFPQIESILSTSSGRVYWTIVSLFPHAQYVLNHNENQVFQSL
LAISGIGRQRAHYLTTRLYALARQAYPYDNESSITIRAIQRNIANLLSLSAERDNVINYMEKLAMQANARSLNIYESIPGIAKTTAVRLVAELGDLRRFD
TSAQIDAFVGIDPGRYQSGEKDSHLGITKHGNHLARKILYRTITQMETVKATQPCHITDYYDKKKRSSNSRGYKKIAIASVHKLIRTMFALIKHDQLYDY
NVATHNQRL
Blast result :
Comments
ISLhe4 is 65% aa similar to ISL4.
ISLhe4 is inserted in ISLhe2 sequence and have generated a 6 bp direct repeat.
ISLhe4 is inserted in ISLhe2 sequence and have generated a 6 bp direct repeat.
References
1] Callanan,M., Kaleta,P., O'Callaghan,J., O'Sullivan,O., Jordan,K., McAuliffe,O., Sangrador-Vegas,A., Slattery,L., Fitzgerald,G.F., Beresford,T. and Ross,R.P. (2007) J. Bacteriol. In press