ISLhe4

  • Family IS110
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP000517 ND Lactobacillus helveticus
Lactobacillus helveticus DPC 4571
DNA section
IS Length : 1660 bp

Ends


Left end : CATACTAACCTAGTGTTGGATTATGAATCGACGGATTCATGATCTGGCACTTTTTATTTTGTCTAAAATAGAAAGTGAAGATAAAGCAAATAAAGTCTTG
Right end : ATTATTAATAAATTTAGTTTTCTAACTTAATTAGCTTCATTCGTACCAATAATTCTAATAAAATAATCTATTAAATTATTGATATTACTTGACTTAAGGT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
GAAAATCTGTACAAAGAAAAAGAACCAAACAGCC6

DNA sequence

CATACTAACCTAGTGTTGGATTATGAATCGACGGATTCATGATCTGGCACTTTTTATTTTGTCTAAAATAGAAAGTGAAGATAAAGCAAATAAAGTCTTG
GTTCTTTTGGACGTGTAACGTCGCAAAGAAAACGGACTGCTTTACCGCCTATTTATAAGTCTCTTCGAAGTCTGTGGGCACTTGACGCCGAGTTCAGAAA
ACGAGAATTAATAGGTTGATAAAACTGTTTGTCTTCACTTGGAGGTTAGAATGATGAAACAAAATATTATCTTTGGCATTGATGTTAGCAGTAAATCGTC
TACAGTTTGTGTAGTAATTGATCGAATTAAGCAAGGTGAAACCTTTAAGATTACTAATGATTCCTTTGGCTATCAAGATCTATTGGATCGTTTAAATCAA
TACTTGATCACGCCTTTAGTAGTTTTTGAAGCTACGGGAGTTTATTCATTGAGTTTACAGGCTTTTTTAGAAGATTATCATATCAAGTATTTAAAGCTTA
ATCCCTTAAAGGCTAAGAAGCTGATGGACAATAATCTAAGGCATAATAAAACCGATAAAGTTGATGCTTATCGGTTAGCTTTAATTCAATTCAATGCGCC
ACAAAAATTGCGTGCTCCTCAACCTAAGGAATATCATGAACTGCAAAATGCGAGTCGTTATTACGAAGAGCTTGCTCAAGCCCTGATAATCAATAAAAAT
CAGCTCCATCGTAATTTGCAGTCTGCTTTTCCTCAGATAGAGAGTATCCTTTCAACTTCATCTGGCAGAGTTTATTGGACGATTGTCAGCTTATTCCCGC
ATGCCCAATATGTTTTAAATCACAATGAAAACCAGGTCTTTCAAAGTTTATTGGCCATTTCAGGAATTGGCAGACAAAGAGCTCATTATTTAACAACTAG
GCTCTATGCCTTAGCCAGACAAGCTTATCCATATGACAATGAAAGCAGTATTACTATTCGAGCAATTCAGCGTAATATTGCCAATTTGCTTTCTCTAAGT
GCCGAAAGAGATAATGTGATCAATTATATGGAAAAGCTTGCTATGCAAGCAAATGCACGGTCTTTGAATATCTATGAGAGTATTCCTGGCATTGCCAAAA
CTACTGCTGTTAGGTTGGTAGCCGAATTAGGTGATTTAAGACGGTTTGATACTTCAGCCCAAATTGATGCCTTTGTTGGCATTGATCCAGGCCGCTATCA
ATCAGGTGAAAAGGACAGTCATTTAGGAATAACCAAACATGGCAATCACTTAGCTAGAAAGATTCTTTATCGAACAATTACTCAAATGGAAACTGTCAAA
GCTACTCAGCCTTGTCATATCACTGATTATTATGATAAGAAAAAACGATCTTCAAATAGCCGGGGCTATAAGAAAATCGCCATTGCATCAGTTCATAAAC
TGATACGTACAATGTTTGCTCTTATCAAACATGATCAATTATATGATTACAACGTAGCCACACATAACCAAAGACTTTAGTTGAAATCAAATGATCAACT
TCAGTATAACAACCTATGAAAAAACTACAAGTACTCATAGGCTTATTTGTGTTACATATAATTATTAATAAATTTAGTTTTCTAACTTAATTAGCTTCAT
TCGTACCAATAATTCTAATAAAATAATCTATTAAATTATTGATATTACTTGACTTAAGGT
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1230 bp409 aa2511480+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DEDD

ORF sequence :

MMKQNIIFGIDVSSKSSTVCVVIDRIKQGETFKITNDSFGYQDLLDRLNQYLITPLVVFEATGVYSLSLQAFLEDYHIKYLKLNPLKAKKLMDNNLRHNK
TDKVDAYRLALIQFNAPQKLRAPQPKEYHELQNASRYYEELAQALIINKNQLHRNLQSAFPQIESILSTSSGRVYWTIVSLFPHAQYVLNHNENQVFQSL
LAISGIGRQRAHYLTTRLYALARQAYPYDNESSITIRAIQRNIANLLSLSAERDNVINYMEKLAMQANARSLNIYESIPGIAKTTAVRLVAELGDLRRFD
TSAQIDAFVGIDPGRYQSGEKDSHLGITKHGNHLARKILYRTITQMETVKATQPCHITDYYDKKKRSSNSRGYKKIAIASVHKLIRTMFALIKHDQLYDY
NVATHNQRL

 

Blast result :
Comments
ISLhe4 is 65% aa similar to ISL4.
ISLhe4 is inserted in ISLhe2 sequence and have generated a 6 bp direct repeat.
References
1] Callanan,M., Kaleta,P., O'Callaghan,J., O'Sullivan,O., Jordan,K., McAuliffe,O., Sangrador-Vegas,A., Slattery,L., Fitzgerald,G.F., Beresford,T. and Ross,R.P. (2007) J. Bacteriol. In press