ISCpe2
- Family IS200/IS605
- Group IS605
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Clostridium perfringens | Clostridium perfringens SM101 |
DNA section
IS Length : 1832 bp
Ends
Left end : GCCTTTGGCAAGAACACCCGTGATTTCAATCATGGGTGTTCTTGCCGCGACATATGCTAAAAGTATAAACCGTCTAACACTTGCAAATAAGTTATATTTT II struct. : Yes
Right end : GGTATCCAACGAGGTCGGAACGCCCTTGTTAGCTTGGTTAATCTTACACCGTTAGGTGTGTTGCCCAAGAATCTTGGCATTTCAATGCCAAGTAGTTCAA II struct. : Yes
Insertion site
Left flank | LE cleavage site | Right flank | RE cleavage site |
---|---|---|---|
TAAAAAGTAATTTTT | TTTAT | TGAGGCTATAAGTGGT | TCAA |
DNA sequence
GCCTTTGGCAAGAACACCCGTGATTTCAATCATGGGTGTTCTTGCCGCGACATATGCTAAAAGTATAAACCGTCTAACACTTGCAAATAAGTTATATTTT
AGTTTTAAATATTTTACATATGTTAAATTAAATAATAATATAATTAAAGAGGTGGTAATAATGGCTCAAGTCAAGCAAGGCAGAGGTTATGTGTATTGTA
TTCAATATCATATAGTATGGTGTGTTAAATACAGAAGAAAAGTATTGTTTGGTGATGTGGATAAATCTCTTAAAGAAATAATATTAAAAATAGCAAATGA
TAATAATTTTGAAATTTCTGAAATGGAAACTGATAAAGACCATATACACCTGTTAATAGAATGTTCTCCACAACATCAAATTCCAAATATAATTAAAGCG
TTAAAGGGAGTATCTGCAAGGTTACTGTTCTTGAAACATCCTGAAATTAAAAGATATCTATGGGAAGGAAACCTATGGAATCCAAGCTATTTTGTAGCTA
CTGTATCAGAGAATACAGAAGAACAAATTAGAAACTATATTCAAAATCAACAAGTAAAGTGAGGTGAGATAAGTGATAAGAAAGAAAGCATATAAATTTA
GAATATACCCAACTAAGAAACAAGCCGAGCTAATTAACAAGACTATTGGATGTTGTAGGTTTGTATTCAACTATTCTTTAGGTGTTCAAAAAACTAAAGA
TAATTATTGGAATATAGTTGAGGAGATGGTTCAACAAGGCTACTTCCAAGAGAATAATTGGAAAGGCGAGTTCTTTAATAAAGCCAATTCAATTAAAGAT
ATAGCTAAATTAAAGAAAAGCTATGATTGGCTTAAAGAAGTAGATAGCATAGCACTACAGGCTTCTGTTGAAAATCTTGATGCTGGATATGATAAGTATT
ACAAAAAAACAGGTAGCAGACCTAAATTTAAGTCTAAGAAAAATGAAATACAATCTTATACTACTAAATTAGTAAAAGCTAAGGGTAATGTAAATATTGA
GATAGTAGGTAAAGGAATTAAACTACCTAAACTTGGATTAGTTAAGATAGAAAATTCAAGAAATGTAGATGGAAATATTAAAAGAGTTACTGTGAGCAGA
ACACAATCTGGTAAATATTTTGCATCTATTCTTTGTGATGTAAATATTCAAGAATTACCTAAAATAGATAAAAAAGTTGGTGTAGATGTTGGATTAAAAA
CTTTTGCTGTTTGTTCTGATGGATATGAAGAAGCTAATCCTAAACACTTTAGAAAGGCAGAAAAAAGACTTATTAAACTTCAAAGAGATTTAGCTCGTAA
AGAATATAACTCTAAAAACTATCACAAAAATAGAATTATGATTGCTAAATTACATGAAAGGATAGCAAATCAAAGAATGGACTTCTTACAAAAATTTTCA
ACTAAGCTAATTAGAGAAAACCAATCAATAGCCATTGAAGATTTAAGAGTTTCAAATATGCTTAAAAACCACAAACTTGCTAAAGTAATTTCAGAAGCAA
GTTGGTCAGAATTTAGAAGAATGCTAGAATATAAGGCTGAATGGTATGGTAGAGAAATAGTAATTGCTCCACCAGACTATGCAAGCTCTCAACTATGTTC
TGAATGTGGCTATAAGAATATAGAAGTTAAAAATCTAGGTCTAAGAGAATGGGTATGTCCCGAATGTGGAACACACCATCAAAGAGACCTTAATGCTTCA
ATAAACTTGGAAAAGCTGATAGCTTAAACTATTGGTATCCAACGAGGTCGGAACGCCCTTGTTAGCTTGGTTAATCTTACACCGTTAGGTGTGTTGCCCA
AGAATCTTGGCATTTCAATGCCAAGTAGTTCAA
AGTTTTAAATATTTTACATATGTTAAATTAAATAATAATATAATTAAAGAGGTGGTAATAATGGCTCAAGTCAAGCAAGGCAGAGGTTATGTGTATTGTA
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CTTTTGCTGTTTGTTCTGATGGATATGAAGAAGCTAATCCTAAACACTTTAGAAAGGCAGAAAAAAGACTTATTAAACTTCAAAGAGATTTAGCTCGTAA
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ATAAACTTGGAAAAGCTGATAGCTTAAACTATTGGTATCCAACGAGGTCGGAACGCCCTTGTTAGCTTGGTTAATCTTACACCGTTAGGTGTGTTGCCCA
AGAATCTTGGCATTTCAATGCCAAGTAGTTCAA
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
402 bp | 132 aa | 160 | 561 | + | No |
Chemistry : Y1
ORF sequence :
MAQVKQGRGYVYCIQYHIVWCVKYRRKVLFGDVDKSLKEIILKIANDNNFEISEMETDKDHIHLLIECSPQHQIPNIIKALKGVSARLLFLKHPEIKRYL
WEGNLWNPSYFVATVSENTEEQIRNYIQNQQVK
WEGNLWNPSYFVATVSENTEEQIRNYIQNQQVK
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1155 bp | 384 aa | 572 | 1726 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MIRKKAYKFRIYPTKKQAELINKTIGCCRFVFNYSLGVQKTKDNYWNIVEEMVQQGYFQENNWKGEFFNKANSIKDIAKLKKSYDWLKEVDSIALQASVE
NLDAGYDKYYKKTGSRPKFKSKKNEIQSYTTKLVKAKGNVNIEIVGKGIKLPKLGLVKIENSRNVDGNIKRVTVSRTQSGKYFASILCDVNIQELPKIDK
KVGVDVGLKTFAVCSDGYEEANPKHFRKAEKRLIKLQRDLARKEYNSKNYHKNRIMIAKLHERIANQRMDFLQKFSTKLIRENQSIAIEDLRVSNMLKNH
KLAKVISEASWSEFRRMLEYKAEWYGREIVIAPPDYASSQLCSECGYKNIEVKNLGLREWVCPECGTHHQRDLNASINLEKLIA
NLDAGYDKYYKKTGSRPKFKSKKNEIQSYTTKLVKAKGNVNIEIVGKGIKLPKLGLVKIENSRNVDGNIKRVTVSRTQSGKYFASILCDVNIQELPKIDK
KVGVDVGLKTFAVCSDGYEEANPKHFRKAEKRLIKLQRDLARKEYNSKNYHKNRIMIAKLHERIANQRMDFLQKFSTKLIRENQSIAIEDLRVSNMLKNH
KLAKVISEASWSEFRRMLEYKAEWYGREIVIAPPDYASSQLCSECGYKNIEVKNLGLREWVCPECGTHHQRDLNASINLEKLIA
Blast result :
Comments
ISCpe2 is 72%(ORFA) and 57%(ORFB) aa similar to ISDra2.
References
1] Myers,G.S., Rasko,D.A., Cheung,J.K., Ravel,J., Seshadri,R., DeBoy,R.T., Ren,Q., Varga,J., Awad,M.M., Brinkac,L.M., Daugherty,S.C., Haft,D.H., Dodson,R.J., Madupu,R., Nelson,W.C., Rosovitz,M.J., Sullivan,S.A., Khouri,H., Dimitrov,G.I., Watkins,K.L., Mulligan,S., Benton,J., Radune,D., Fisher,D.J., Atkins,H.S., Hiscox,T., Jost,B.H., Billington,S.J., Songer,J.G., McClane,B.A., Titball,R.W., Rood,J.I., Melville,S.B. and Paulsen,I.T.
(2006) Genome Res. 16 (8), 1031-1040
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