ISChy6
- Family IS481
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_007503 | ND | Carboxydothermus hydrogenoformans | Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 |
DNA section
IS Length : 3020 bp
Ends
IR Length : 20/30
IRL : TGTTATTTAGCAAATTATCTTCTCTCAAATCCCCAGAAATTTTTCAAAAT
IRR : TGTGAACTTGCAAATTATTTGGGCACCAATATTTCAAAATAAAATAGCAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CATATAATAT | GAATCCCTTA | 0 |
DNA sequence
TGTTATTTAGCAAATTATCTTCTCTCAAATCCCCAGAAATTTTTCAAAATAAAACAGCGGCTTAACCTTTTTAGACCACAAATATTTTGCTATAATTTTT
GCAAAATATTTGGGGTGATTTATTTTGATGATTTTTTATGATTTTGGCTTATCTGTCCGGGAATATGCCCGGCGGGGCAAAAAGAATGATTTTCCCGATG
TTGACATTTGCCCACATTGTAAAGGGCATATTAGACTGTTACGGCATGGGTTTTATTTTAGATACGCCGTCACTAATAATAACGTTTTTTCCATCCCTAT
TTGCCGTTTAAGATGTCCTTCCTGTGGTAAAACCGTCTCAATTATCCCTTCTTTCTTACTTCCGTACTTTCAGCATACTGTGGCTACTATTTTGATAAAA
CTTAAACATTACTTCCTTTATCGAAAAGTCATAGGTTATCGTCAGTTATTGGAGTTTTTTAATCAAAGGTTTAGGAAAAATCTAACCCGTATCGAGATGT
TTTTCCGAGATGTCGGCTTTAGGGGCGTTTTTCCTTTTAACCCAAAAGAAAAAGCCATAAAGTTGGTGGAAATGCTCCTGGCTTTGGGCAAAACTCCCCT
CCTGAAAAGGGGCATCGGACATTTCCCACTTAACTTTATGGCAAGTTAATTCTATCATTTTTTCTCCCTCCTGAAAACTATTTTTTGCTTCCACAAACCT
TTTGCGTGGTATTCTTTTTCCTCCCAGGTTAAAATGGTCTCATGGATGGTTAACCGGTTAGCCTCCTTCTAAAAGGAGGGTTTTTATGGATGAAAAAGTG
CGTGAAAAGGTGGCTCTTTTCCGTTATGGCCTTCTGGCTCCTGTTCTAAATGGCCAGGTGTCTAATCAGCAGGAGTATTTTGCCCAAATTTGCTCTAAGG
TTCATGAGGTGCCTTTTTATGGCCCTAAAGAATTTACTCCTAAAACTCTGGCCGGCTGGCTTCTTTCTTACCGCCGGTTTGGTTTTGATGGCCTTAAGCC
TAAAATTCGTTCGGATCGGGGAAAACATCGAGTGCTTTCCCGGGAGCAGGAAGAGTATTTAATAGCTTTACGAAAAGAGCTCAGGGATTTGCCTGCTTCC
GTTTTTTATGAACGCTTAGTGGATAGGGGTGAGATTTTACCTAAGGATGTTTCCTATGCTACGGTTTATAGGCTACTGAAAAAGTATGGTTTGGTCGGTA
ATGAGTCCCCCAAATCCCCTGAACGCAAAAGGTTTTCTTATGATACGGTTAATGTTCTCTGGCAGGGAGATATGTCTGTTGGTCCGTATATTGTGCAAAA
TGGCAAAAAGCTAAAGACTTTTCTTTTTGCTTTTATTGATGATTGCTCAAGATTGGTTCCTTTTGCCCAGTTTTTCTTTTCAGAAAAGTTTGAGTCTCTA
CGAACTGTGTTCAAGGAAGCGTTAATTCGCCGGGGTATCCCTAAGATGGTTTATGTAGATAACGGCAAAATTTATCGCTCCGATACTTTCCAAATTGCTT
GTGCCAGTCTTGGTATTATCCTGACCCATACCCAGCCTTATGATGCTCCCAGTAAGGGAAAAATAGAACGGTTCTTTGGTACGGTTAAGACCCGCTTTTT
CCCTTTGCTGAAAGAAAAACCGGCATCTTCTTTAGAGGAGCTAAACCGCCGCTTCTGGCAGTGGTTAGAGGAAGATTACCACCGAAAAGTCCATGCCTCT
CTGGGTATGACTCCTTTAGATGTTTATTTATCTCAGGTAAGTCAGGTGCGGATGATTGATGACCCCGCTTCCCTTGACCCGCTGTTTTTGAAAAGGGAAA
TGCGTAAGGTGAAACATGATGGCACTATTTCCGTTAATAATAAGCTGTATGAAGTACCACCCCGGTTTATTGGCCAAAAAATTGAAGTCCGTTTTGATGA
AGATGTGGTTTATGTTTATGAAAATGGCATAGCTGTAGATAAAGCTATCCCGGTTAATTTCGCTGATAATGCCAAGGTAAAACGCCATCGCTCGCTTTCT
TTTCAGGCTATGCTGGCGGGAAAGGAGGAGTAATCGGTGTATCGAGCTTTTTATTCTTTGACCAAAGCCCCTTTTACTAAAGAAATCAAAACCGCTGATT
CTTTCCTGTCAACTTCTTTTTCCGAAACGATGGCCCGACTTGAGTATCTAAAAAAGACCCGTGGCATTGGCCTGATTGCTGGAGAACCAGGAGCCGGTAA
AACTTTTGCTCTTCGAGCTTTTGCTGAAAGTCTCAATCCTTCTCTGTATAAGGTGCTTTATTTCCCCCTATCCACCGGTACAGTTATGGATTTCTACCGG
GGGTTGGCTATAGCTCTGGGGGAAGAACCTAAGTTTCGCAAGGTGGATCTTTTTCACCAGATTCAAACCGCTGTCCTCAGGTTTTTTCGGGAAAGAAAGA
TTACTCCGGTTTTTATCTTAGATGAGATGCAAATGGCTAAAGACCTTTTCCTTTGCGATATAAATATCCTCTTTAACTTTAGCATGGATTCGGAAAATCC
GTTTATCTTAATTCTCTCTGGCCTTCCGCATCTCTTAGATAAGCTTTCCTTAAACCAGAATAGGCCTCTGGCCCAAAGGATTGCCATGAGCTATAAAGTT
GAGCCTTTGACCCGGGAAGAGGTAGCAGGCTACATCCAGCATCAAATGGAGCTTGCCGGAGCCAAACACAGTATATTTTCCGAACAAGCTATCGAAGCTA
TTGCTTCTTTATCCCGGGGGTGGCCCCGGTTAATCAATAAGCTTGCTACCCATTGCTTGCTTTATGGTTTCCAGGCTAAAAAGGAAATCATTGATGCTGA
GGTGGTTAGGTTAGCGGCTTTTTGGATGCTGGTTTCTAATCTTGCCCGGTCGCACTTTTGCGGCCGGTTTTCTTTTTATTTTTCTTTGCTAAAATTCTGT
GATATTTTGCAAAAGGTTTTACTGGCCTACCAAATTAATTTGCAATTTTTGCAGATTACAGCTACCTCCTATGCTATTTTATTTTGAAATATTGGTGCCC
AAATAATTTGCAAGTTCACA
GCAAAATATTTGGGGTGATTTATTTTGATGATTTTTTATGATTTTGGCTTATCTGTCCGGGAATATGCCCGGCGGGGCAAAAAGAATGATTTTCCCGATG
TTGACATTTGCCCACATTGTAAAGGGCATATTAGACTGTTACGGCATGGGTTTTATTTTAGATACGCCGTCACTAATAATAACGTTTTTTCCATCCCTAT
TTGCCGTTTAAGATGTCCTTCCTGTGGTAAAACCGTCTCAATTATCCCTTCTTTCTTACTTCCGTACTTTCAGCATACTGTGGCTACTATTTTGATAAAA
CTTAAACATTACTTCCTTTATCGAAAAGTCATAGGTTATCGTCAGTTATTGGAGTTTTTTAATCAAAGGTTTAGGAAAAATCTAACCCGTATCGAGATGT
TTTTCCGAGATGTCGGCTTTAGGGGCGTTTTTCCTTTTAACCCAAAAGAAAAAGCCATAAAGTTGGTGGAAATGCTCCTGGCTTTGGGCAAAACTCCCCT
CCTGAAAAGGGGCATCGGACATTTCCCACTTAACTTTATGGCAAGTTAATTCTATCATTTTTTCTCCCTCCTGAAAACTATTTTTTGCTTCCACAAACCT
TTTGCGTGGTATTCTTTTTCCTCCCAGGTTAAAATGGTCTCATGGATGGTTAACCGGTTAGCCTCCTTCTAAAAGGAGGGTTTTTATGGATGAAAAAGTG
CGTGAAAAGGTGGCTCTTTTCCGTTATGGCCTTCTGGCTCCTGTTCTAAATGGCCAGGTGTCTAATCAGCAGGAGTATTTTGCCCAAATTTGCTCTAAGG
TTCATGAGGTGCCTTTTTATGGCCCTAAAGAATTTACTCCTAAAACTCTGGCCGGCTGGCTTCTTTCTTACCGCCGGTTTGGTTTTGATGGCCTTAAGCC
TAAAATTCGTTCGGATCGGGGAAAACATCGAGTGCTTTCCCGGGAGCAGGAAGAGTATTTAATAGCTTTACGAAAAGAGCTCAGGGATTTGCCTGCTTCC
GTTTTTTATGAACGCTTAGTGGATAGGGGTGAGATTTTACCTAAGGATGTTTCCTATGCTACGGTTTATAGGCTACTGAAAAAGTATGGTTTGGTCGGTA
ATGAGTCCCCCAAATCCCCTGAACGCAAAAGGTTTTCTTATGATACGGTTAATGTTCTCTGGCAGGGAGATATGTCTGTTGGTCCGTATATTGTGCAAAA
TGGCAAAAAGCTAAAGACTTTTCTTTTTGCTTTTATTGATGATTGCTCAAGATTGGTTCCTTTTGCCCAGTTTTTCTTTTCAGAAAAGTTTGAGTCTCTA
CGAACTGTGTTCAAGGAAGCGTTAATTCGCCGGGGTATCCCTAAGATGGTTTATGTAGATAACGGCAAAATTTATCGCTCCGATACTTTCCAAATTGCTT
GTGCCAGTCTTGGTATTATCCTGACCCATACCCAGCCTTATGATGCTCCCAGTAAGGGAAAAATAGAACGGTTCTTTGGTACGGTTAAGACCCGCTTTTT
CCCTTTGCTGAAAGAAAAACCGGCATCTTCTTTAGAGGAGCTAAACCGCCGCTTCTGGCAGTGGTTAGAGGAAGATTACCACCGAAAAGTCCATGCCTCT
CTGGGTATGACTCCTTTAGATGTTTATTTATCTCAGGTAAGTCAGGTGCGGATGATTGATGACCCCGCTTCCCTTGACCCGCTGTTTTTGAAAAGGGAAA
TGCGTAAGGTGAAACATGATGGCACTATTTCCGTTAATAATAAGCTGTATGAAGTACCACCCCGGTTTATTGGCCAAAAAATTGAAGTCCGTTTTGATGA
AGATGTGGTTTATGTTTATGAAAATGGCATAGCTGTAGATAAAGCTATCCCGGTTAATTTCGCTGATAATGCCAAGGTAAAACGCCATCGCTCGCTTTCT
TTTCAGGCTATGCTGGCGGGAAAGGAGGAGTAATCGGTGTATCGAGCTTTTTATTCTTTGACCAAAGCCCCTTTTACTAAAGAAATCAAAACCGCTGATT
CTTTCCTGTCAACTTCTTTTTCCGAAACGATGGCCCGACTTGAGTATCTAAAAAAGACCCGTGGCATTGGCCTGATTGCTGGAGAACCAGGAGCCGGTAA
AACTTTTGCTCTTCGAGCTTTTGCTGAAAGTCTCAATCCTTCTCTGTATAAGGTGCTTTATTTCCCCCTATCCACCGGTACAGTTATGGATTTCTACCGG
GGGTTGGCTATAGCTCTGGGGGAAGAACCTAAGTTTCGCAAGGTGGATCTTTTTCACCAGATTCAAACCGCTGTCCTCAGGTTTTTTCGGGAAAGAAAGA
TTACTCCGGTTTTTATCTTAGATGAGATGCAAATGGCTAAAGACCTTTTCCTTTGCGATATAAATATCCTCTTTAACTTTAGCATGGATTCGGAAAATCC
GTTTATCTTAATTCTCTCTGGCCTTCCGCATCTCTTAGATAAGCTTTCCTTAAACCAGAATAGGCCTCTGGCCCAAAGGATTGCCATGAGCTATAAAGTT
GAGCCTTTGACCCGGGAAGAGGTAGCAGGCTACATCCAGCATCAAATGGAGCTTGCCGGAGCCAAACACAGTATATTTTCCGAACAAGCTATCGAAGCTA
TTGCTTCTTTATCCCGGGGGTGGCCCCGGTTAATCAATAAGCTTGCTACCCATTGCTTGCTTTATGGTTTCCAGGCTAAAAAGGAAATCATTGATGCTGA
GGTGGTTAGGTTAGCGGCTTTTTGGATGCTGGTTTCTAATCTTGCCCGGTCGCACTTTTGCGGCCGGTTTTCTTTTTATTTTTCTTTGCTAAAATTCTGT
GATATTTTGCAAAAGGTTTTACTGGCCTACCAAATTAATTTGCAATTTTTGCAGATTACAGCTACCTCCTATGCTATTTTATTTTGAAATATTGGTGCCC
AAATAATTTGCAAGTTCACA
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
525 bp | 174 aa | 125 | 649 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MMIFYDFGLSVREYARRGKKNDFPDVDICPHCKGHIRLLRHGFYFRYAVTNNNVFSIPICRLRCPSCGKTVSIIPSFLLPYFQHTVATILIKLKHYFLYR
KVIGYRQLLEFFNQRFRKNLTRIEMFFRDVGFRGVFPFNPKEKAIKLVEMLLALGKTPLLKRGIGHFPLNFMAS
KVIGYRQLLEFFNQRFRKNLTRIEMFFRDVGFRGVFPFNPKEKAIKLVEMLLALGKTPLLKRGIGHFPLNFMAS
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1248 bp | 415 aa | 786 | 2033 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MDEKVREKVALFRYGLLAPVLNGQVSNQQEYFAQICSKVHEVPFYGPKEFTPKTLAGWLLSYRRFGFDGLKPKIRSDRGKHRVLSREQEEYLIALRKELR
DLPASVFYERLVDRGEILPKDVSYATVYRLLKKYGLVGNESPKSPERKRFSYDTVNVLWQGDMSVGPYIVQNGKKLKTFLFAFIDDCSRLVPFAQFFFSE
KFESLRTVFKEALIRRGIPKMVYVDNGKIYRSDTFQIACASLGIILTHTQPYDAPSKGKIERFFGTVKTRFFPLLKEKPASSLEELNRRFWQWLEEDYHR
KVHASLGMTPLDVYLSQVSQVRMIDDPASLDPLFLKREMRKVKHDGTISVNNKLYEVPPRFIGQKIEVRFDEDVVYVYENGIAVDKAIPVNFADNAKVKR
HRSLSFQAMLAGKEE
DLPASVFYERLVDRGEILPKDVSYATVYRLLKKYGLVGNESPKSPERKRFSYDTVNVLWQGDMSVGPYIVQNGKKLKTFLFAFIDDCSRLVPFAQFFFSE
KFESLRTVFKEALIRRGIPKMVYVDNGKIYRSDTFQIACASLGIILTHTQPYDAPSKGKIERFFGTVKTRFFPLLKEKPASSLEELNRRFWQWLEEDYHR
KVHASLGMTPLDVYLSQVSQVRMIDDPASLDPLFLKREMRKVKHDGTISVNNKLYEVPPRFIGQKIEVRFDEDVVYVYENGIAVDKAIPVNFADNAKVKR
HRSLSFQAMLAGKEE
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
951 bp | 316 aa | 2037 | 2987 | + | No |
Annotation : General secretion pathway domain proteinDescription :
ORF sequence :
MYRAFYSLTKAPFTKEIKTADSFLSTSFSETMARLEYLKKTRGIGLIAGEPGAGKTFALRAFAESLNPSLYKVLYFPLSTGTVMDFYRGLAIALGEEPKF
RKVDLFHQIQTAVLRFFRERKITPVFILDEMQMAKDLFLCDINILFNFSMDSENPFILILSGLPHLLDKLSLNQNRPLAQRIAMSYKVEPLTREEVAGYI
QHQMELAGAKHSIFSEQAIEAIASLSRGWPRLINKLATHCLLYGFQAKKEIIDAEVVRLAAFWMLVSNLARSHFCGRFSFYFSLLKFCDILQKVLLAYQI
NLQFLQITATSYAILF
RKVDLFHQIQTAVLRFFRERKITPVFILDEMQMAKDLFLCDINILFNFSMDSENPFILILSGLPHLLDKLSLNQNRPLAQRIAMSYKVEPLTREEVAGYI
QHQMELAGAKHSIFSEQAIEAIASLSRGWPRLINKLATHCLLYGFQAKKEIIDAEVVRLAAFWMLVSNLARSHFCGRFSFYFSLLKFCDILQKVLLAYQI
NLQFLQITATSYAILF
Blast result :
Comments
ISChy6 is 72% aa similar to ISBst1. The second ORF is the transposase, ORF1 and ORF3 are passenger genes.
References
1] Wu,M., Ren,Q., Durkin,A.S., Daugherty,S.C., Brinkac,L.M., Dodson,R.J., Madupu,R., Sullivan,S.A., Kolonay,J.F., Nelson,W.C., Tallon,L.J., Jones,K.M., Ulrich,L.E., Gonzalez,J.M., Zhulin,I.B., Robb,F.T. and Eisen,J.A. (2005) (er) PLoS Genet. 1 (5), E65.