ISYen2A
- Family IS21
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AJ849657 | ND | Yersinia enterocolitica | Yersinia enterocolitica Y11 ST O:3 |
DNA section
IS Length : 2380 bp
Ends
IR Length : 21/28
IRL : TGTTAAATATTGTGCAAAAGTAGACCAAGGGATCGGGGAATTATGGTGTA
IRR : TGTCAATTATGGTCTAAAAGTGAGCCACAGTTATGCTTTAAAAGTGCGCC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CTCAAGATAT | CTTGTTACCA | 0 |
DNA sequence
TGTTAAATATTGTGCAAAAGTAGACCAAGGGATCGGGGAATTATGGTGTAAAAGTGCACCACCCTGATTATTGATAAACTCTCCGTTTTTACGGAGATCT
CCTTGGATGCTGTGCATGGAAACCATACTTAAAGTCAGAAGGCTTTCTCTTAAGCAAGGGCTCTCTCAGAGAGCCATAGCCAAACAGTTACAAATATCTC
GTCATACCGTCAGTAAATACCTCGCAATCGAGACTAAAGAACCGCCCGCTTATAAACGGACACAGACTCACTACCCCAAACTGGGTGAGTTCATTCCAGT
ATTAAAACAACGCCTAACTGATGAAACCAAATTACCCGCCAAACAACGATTAACGGCCAGACGTCACTTTGAAAGGCTCAGAACGGAGGGATATCAAGGC
GCTTATTGTGCAGTCGCCTCTTTTATTAGACAGTTCAAAGAACAATATCAACCCGCGCCCCACGTTGTTTTTATTCCCCAACGATTCAGTGCAGCAGATG
CCTATCAATTTGATTGGAGTTTCGAAACAGTCAAATTAAATGGGTTATTGGTTAAACTTAAAGTTGCCCATTTTCGTTTATGTCACAGCAGAGCATTTTT
TATTCGAGCTTATCCAAACGAGAAACTCGATATGCTTATTGATGCTCATAATCACGCCTTTTCTTATTTTGGTGGTACACCCAATAGAGGTATTTATGAC
AATATGAAGACGGCTGTTAAACATATAGGAATGGGTAAAGAACGCATTTTTAATGATAAATTCTTAAGCATGATGAATCATTTTATTATAGAGCCAGTTG
CCTGTACGCCAGCGTCTGGATGGGAGAAAGGACAGGTAGAGCGTCAAGTGAGAACATTACGGAAACAACTGTTTGAACCCACCCTGGCTTTTAACAACAT
CGATGAGTTAAACAGTTTTCTATTGAATCAATGCCATCAGATCATCCAAACAGCCACACACCCAGAAGACAGAAGTAAAGTCATTAACACTCTATTTTGT
GTAGAGCGAACTATGCTGGCTCCTTATTCCCCTTATACGGGAGGGCAATTTGCAATAGTCCAAATCAACTCCTTATCCTTATTCTGTTTTGATGGGCATA
AATACAGCGTTCCCAATAATTTAGCGGGTAAGAAAGTGACATTAAAAACGACCGCAACAGAAATTAAAATTATTGTCGATAGCGAGTGTGTCGCTCAACA
TCAACGCAGTTTTATTAAAAATCAGACAACCTATAATCCCTGGCATTATCTGTCCACATTAAAAAGAAAACCGGGTGCCCTGAGAAACGGTGAACCTTTT
ATTAATTGGGATTTACCTAAACCGGTTAAAGAACTCCAGCAACATCTACTCAAGCGTCCGAAAGGTGATAGAGCGATGGTGCAGTTGCTGTCTTTAATCG
CTGATTATGGTGAAGATTTAGGCGTGACCGCGGCAGCCATAGCGTTAGACGAAGAAGTGCCTACGGTGGAAGCAGTACTCAATATTATTCATCGACTCAC
TGAACCCGTAATACCTACGTTTAAAATAAATGATATTCCACTGAACATCCCGCCCCAGGCTAATTGTCAGCGTTACAACACGTTATTAAAAGGGGTGCCA
AATGGAACGGCATGAATGTATTGAAATACTTAAACAATTAAAGCTTACAGCCATGGCTGAAAACTTTGATGACGTGGTTATTGATGGTATACGCCGTAAG
CGTTCTACGATGGATATTATTGGAAATTTATTAACCACAGAGCAAACACAAAGACATATCCGCAGTATTGGCTACCGTATTAATCAAGCCAGGTTCCCAC
AGCATAAAACACTGTCTGACTTTGAGTTTGAACAAAGCCCATTAAATAAACCCAGCATTGAACTTCTGAATGACTGTGATTACATCAGAGAAAAACGTAA
TATTATATTTGTGGGTGGTCCTGGTACAGGTAAAACGCATTTAGCCACGGCTTTAGGGATAAACGCTGCCACCAATGGGTTTAAAATTCGCTTCTGGAAT
GTATTAGATTTGGTCAATAAGCTGGAATTGGACAAAGAAAGTAAACAATTTAAATTAACCAATCAACTGACAAAACTAGATTTAATTGTTTTAGATGAGT
TGGGGTATTTGCCCTTTAGTCAAAAAGGAGGGGCTTTATTATTTCATTTAATCAGTCAATTGCATGAACATACCAGCATTATGATCACAACTAATTTAGC
ATTTTCTGAATGGGTAAAACTATTTGCCGATGAAAAGATGACAGCAGCCTTATTGGATCGACTGGTTCATCATTGTGACATTATTGAAACAGGCAATGAA
TCATTTAGGTTCAAAAACCGGTCTTAAAGTGGCGCACTTTTAAAGCATAACTGTGGCTCACTTTTAGACCATAATTGACA
CCTTGGATGCTGTGCATGGAAACCATACTTAAAGTCAGAAGGCTTTCTCTTAAGCAAGGGCTCTCTCAGAGAGCCATAGCCAAACAGTTACAAATATCTC
GTCATACCGTCAGTAAATACCTCGCAATCGAGACTAAAGAACCGCCCGCTTATAAACGGACACAGACTCACTACCCCAAACTGGGTGAGTTCATTCCAGT
ATTAAAACAACGCCTAACTGATGAAACCAAATTACCCGCCAAACAACGATTAACGGCCAGACGTCACTTTGAAAGGCTCAGAACGGAGGGATATCAAGGC
GCTTATTGTGCAGTCGCCTCTTTTATTAGACAGTTCAAAGAACAATATCAACCCGCGCCCCACGTTGTTTTTATTCCCCAACGATTCAGTGCAGCAGATG
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TATTCGAGCTTATCCAAACGAGAAACTCGATATGCTTATTGATGCTCATAATCACGCCTTTTCTTATTTTGGTGGTACACCCAATAGAGGTATTTATGAC
AATATGAAGACGGCTGTTAAACATATAGGAATGGGTAAAGAACGCATTTTTAATGATAAATTCTTAAGCATGATGAATCATTTTATTATAGAGCCAGTTG
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CTGATTATGGTGAAGATTTAGGCGTGACCGCGGCAGCCATAGCGTTAGACGAAGAAGTGCCTACGGTGGAAGCAGTACTCAATATTATTCATCGACTCAC
TGAACCCGTAATACCTACGTTTAAAATAAATGATATTCCACTGAACATCCCGCCCCAGGCTAATTGTCAGCGTTACAACACGTTATTAAAAGGGGTGCCA
AATGGAACGGCATGAATGTATTGAAATACTTAAACAATTAAAGCTTACAGCCATGGCTGAAAACTTTGATGACGTGGTTATTGATGGTATACGCCGTAAG
CGTTCTACGATGGATATTATTGGAAATTTATTAACCACAGAGCAAACACAAAGACATATCCGCAGTATTGGCTACCGTATTAATCAAGCCAGGTTCCCAC
AGCATAAAACACTGTCTGACTTTGAGTTTGAACAAAGCCCATTAAATAAACCCAGCATTGAACTTCTGAATGACTGTGATTACATCAGAGAAAAACGTAA
TATTATATTTGTGGGTGGTCCTGGTACAGGTAAAACGCATTTAGCCACGGCTTTAGGGATAAACGCTGCCACCAATGGGTTTAAAATTCGCTTCTGGAAT
GTATTAGATTTGGTCAATAAGCTGGAATTGGACAAAGAAAGTAAACAATTTAAATTAACCAATCAACTGACAAAACTAGATTTAATTGTTTTAGATGAGT
TGGGGTATTTGCCCTTTAGTCAAAAAGGAGGGGCTTTATTATTTCATTTAATCAGTCAATTGCATGAACATACCAGCATTATGATCACAACTAATTTAGC
ATTTTCTGAATGGGTAAAACTATTTGCCGATGAAAAGATGACAGCAGCCTTATTGGATCGACTGGTTCATCATTGTGACATTATTGAAACAGGCAATGAA
TCATTTAGGTTCAAAAACCGGTCTTAAAGTGGCGCACTTTTAAAGCATAACTGTGGCTCACTTTTAGACCATAATTGACA
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1509 bp | 502 aa | 107 | 1615 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLCMETILKVRRLSLKQGLSQRAIAKQLQISRHTVSKYLAIETKEPPAYKRTQTHYPKLGEFIPVLKQRLTDETKLPAKQRLTARRHFERLRTEGYQGAY
CAVASFIRQFKEQYQPAPHVVFIPQRFSAADAYQFDWSFETVKLNGLLVKLKVAHFRLCHSRAFFIRAYPNEKLDMLIDAHNHAFSYFGGTPNRGIYDNM
KTAVKHIGMGKERIFNDKFLSMMNHFIIEPVACTPASGWEKGQVERQVRTLRKQLFEPTLAFNNIDELNSFLLNQCHQIIQTATHPEDRSKVINTLFCVE
RTMLAPYSPYTGGQFAIVQINSLSLFCFDGHKYSVPNNLAGKKVTLKTTATEIKIIVDSECVAQHQRSFIKNQTTYNPWHYLSTLKRKPGALRNGEPFIN
WDLPKPVKELQQHLLKRPKGDRAMVQLLSLIADYGEDLGVTAAAIALDEEVPTVEAVLNIIHRLTEPVIPTFKINDIPLNIPPQANCQRYNTLLKGVPNG
TA
CAVASFIRQFKEQYQPAPHVVFIPQRFSAADAYQFDWSFETVKLNGLLVKLKVAHFRLCHSRAFFIRAYPNEKLDMLIDAHNHAFSYFGGTPNRGIYDNM
KTAVKHIGMGKERIFNDKFLSMMNHFIIEPVACTPASGWEKGQVERQVRTLRKQLFEPTLAFNNIDELNSFLLNQCHQIIQTATHPEDRSKVINTLFCVE
RTMLAPYSPYTGGQFAIVQINSLSLFCFDGHKYSVPNNLAGKKVTLKTTATEIKIIVDSECVAQHQRSFIKNQTTYNPWHYLSTLKRKPGALRNGEPFIN
WDLPKPVKELQQHLLKRPKGDRAMVQLLSLIADYGEDLGVTAAAIALDEEVPTVEAVLNIIHRLTEPVIPTFKINDIPLNIPPQANCQRYNTLLKGVPNG
TA
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
726 bp | 241 aa | 1602 | 2327 | + | No |
AG : IS21 helper
ORF sequence :
MERHECIEILKQLKLTAMAENFDDVVIDGIRRKRSTMDIIGNLLTTEQTQRHIRSIGYRINQARFPQHKTLSDFEFEQSPLNKPSIELLNDCDYIREKRN
IIFVGGPGTGKTHLATALGINAATNGFKIRFWNVLDLVNKLELDKESKQFKLTNQLTKLDLIVLDELGYLPFSQKGGALLFHLISQLHEHTSIMITTNLA
FSEWVKLFADEKMTAALLDRLVHHCDIIETGNESFRFKNRS
IIFVGGPGTGKTHLATALGINAATNGFKIRFWNVLDLVNKLELDKESKQFKLTNQLTKLDLIVLDELGYLPFSQKGGALLFHLISQLHEHTSIMITTNLA
FSEWVKLFADEKMTAALLDRLVHHCDIIETGNESFRFKNRS
Blast result :
Comments
It has been found only in weakly pathogenic European bioserotypes of Y. enterocolitica.
ISYen2A is 61%(ORFA) aa similar to ISGur15 and 71%(ORFB) to IS1326.
ISYen2A is 61%(ORFA) aa similar to ISGur15 and 71%(ORFB) to IS1326.
References
1] Golubov,A.(2004) Direct submission.
2] Golubov,A., Gierczynski,R., Heesemann,J. and Rakin,A. (2005) Int. J. Med. Microbiol. 295 (4), 213-226
2] Golubov,A., Gierczynski,R., Heesemann,J. and Rakin,A. (2005) Int. J. Med. Microbiol. 295 (4), 213-226