ISYen2B
- Family IS21
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AJ849658 | ND | Yersinia enterocolitica | Yersinia enterocolitica Y11 ST O:3 |
DNA section
IS Length : 2373 bp
Ends
IR Length : 21/28
IRL : TGTTAAATATTGTGCAAAAGTAGACCAAGGGATCGGGGAATTATGGTGTA
IRR : TGTCAATTATGGTCTAAAAGTGAGCCACAGTTATGCTTTAAAAGTGCGCC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GCCTGTAGAC | CTTAACATGAGGCTGAG | 0 |
DNA sequence
TGTTAAATATTGTGCAAAAGTAGACCAAGGGATCGGGGAATTATGGTGTAAAAGTGCACCACCCTGATTATTGATAAACTCTCCGTTTTTACGGAGATCT
CCTTGGATGCTGTGCATGGAAACCATACTTAAAGTCAGAAGGCTTTCTCTTAAGCAAGGGCTCTCTCAGAGAGCCATAGCCAAACAGTTACAAATATCTC
GTCATACCGTCAGTAAATACCTCGCAATCGAGACTAAAGAACCGCCCGCTTATAAACGGACACAGACTCACTACCCCAAACTGGGTGAGTTCATTCCAGT
ATTAAAACAACGCCTAACTGATGAAACCAAATTACCCGCCAAACAACGATTAACGGCCAGACGTCACTTTGAAAGGCTCAGAACGGAGGGATATCAAGGC
GCTTATTGTGCAGTCGCCTCTTTTATTAGACAGTTCAAAGAACAATATCAACCCGCGCCCCACGTTGTTTTTATTCCCCAACGATTCAGTGCAGCAGATG
CCTATCAATTTGATTGGAGTTTCGAAACAGTCAAATTAAATGGGTTATTGGTTAAACTTAAAGTTGCCCATTTTCGTTTATGTCACAGCAGAGCATTTTT
TATTCGAGCTTATCCAAACGAGAAACTCGATATGCTTATTGATGCTCATAATCACGCCTTTTCTTATTTTGGTGGTACACCCAATAGAGGTATTTATGAC
AATATGAAGACGGCTGTTAAACATATAGGAATGGGTAAAGAACGCATTTTTAATGATAAATTCTTAAGCATGATGAATCATTTTATTATAGAGCCAGTTG
CCTGTACGCCAGCGTCTGGATGGGAGAAAGGACAGGTAGAGCGTCAAGTGAGAACATTACAGAAACAACTGTTTGAACCCACCCTGGCTTTTAACAACAT
CGATGAGTTAAACAGCTTTCTATTGGATCAATGCCATCAGATCATCCAAACAGCCACACACCCAGAAGACAGAAGTAAAGTCATTAACACTCTATTTTGT
GTAGAGCGAACTATGCTGGCTCCTTATTCCCCTTATACGGGAGGGCAATTTGCAATAGTCCAAATCAACTCCTTATCCTGTTTTGATGGGCATAAATACA
GCGTTCCCAATAATTTAGCGGGTAAGAAAGTGACATTAAAAACGACCGCAACAGAAATTAAAATTATTGTCGATAGCGAGTGTGTCGCTCAACATCAACG
CAGTTTTATTAAAAACCAGACAACCTATAATCCCTGGCATTATCTGTCCACATTAAAAAGAAAACCGGGTGCCCTGAGAAACGGTGAACCTTTTATTAAT
TGGGATTTACCTAAACCGGTTAAAGAACTCCAGCAACATCTACTCAAGCGTCCGAAAGGTGATAGAGCGATGGTGCAGTTGCTGTCTTTACTCGCTGATT
ATGGTGAAGATTTAGGCGTGACCGCGGCAGCCATAGCGTTAGACGAAGGAGTGCCTACGGTGGAAGCAGTACTCAATATTATTCATCGACTCACTGAACC
CGTAATACCTACGTTTAAAATAAATGATATTCCACTGAACATCCCGCCCCAGGCTAATTGTCAGCGTTACAACACGTTATTAAAAGGGGTGCCAAATGGA
ACGGCATGAATGTATTGAAATACTTAAACAATTAAAGCTTACAGCCATGGCTGAAACTTTGATGACGTGGTTATTGATGGTATACGCCGTAAGCGTTCTA
CGATGGATATTATTGGAAATTTATTAACCACAGAGCAAACACAAAGACATATCCGCAGTATTGGCTACCGTATTAATCAAGCCAGGTTCCCACAGCATAA
AACACTGTCTGACTTTGAGTTTGAACAAAGCCCATTAAATAAACCCAGCATTGAACTTCTGAATGACTGTGATTACATCAGAGAAAAACGTAATATTATA
TTTGTTGGTGGTCCTGGTACAGGTAAGACGCATTTAGCCACGGCTTTAGGGATAAACGCTGCCACCAATGGGTTTAAAGTTCGCTTCTGGAATGTATTAG
ATTTGGTCAATAAGCTGGAATTGGACAAAGAAAGTAAACAATTTAAATTAACCAATCAACTGACAAAGCTGGATTTAATTGTTTTAGATGATTTGGGGTA
TTTGCCCTTTAGTCAAAAAGGAGGGGCTTTATTATTTCATTTAATCAGTCAATTGCATGAACATACCAGCATTATGATCACAACTAATTTAGCATTTTCT
GAATGGGTAAAACTATTTTCCGATGAAAAGATGACAGCAGCCTTATTGGATCGACTGGTTCATCATTGTGACATTATTGAAACAGGCAATGAATCATTTA
GGTTCAAAAACCGGTCTTAAAGTGGCGCACTTTTAAAGCATAACTGTGGCTCACTTTTAGACCATAATTGACA
CCTTGGATGCTGTGCATGGAAACCATACTTAAAGTCAGAAGGCTTTCTCTTAAGCAAGGGCTCTCTCAGAGAGCCATAGCCAAACAGTTACAAATATCTC
GTCATACCGTCAGTAAATACCTCGCAATCGAGACTAAAGAACCGCCCGCTTATAAACGGACACAGACTCACTACCCCAAACTGGGTGAGTTCATTCCAGT
ATTAAAACAACGCCTAACTGATGAAACCAAATTACCCGCCAAACAACGATTAACGGCCAGACGTCACTTTGAAAGGCTCAGAACGGAGGGATATCAAGGC
GCTTATTGTGCAGTCGCCTCTTTTATTAGACAGTTCAAAGAACAATATCAACCCGCGCCCCACGTTGTTTTTATTCCCCAACGATTCAGTGCAGCAGATG
CCTATCAATTTGATTGGAGTTTCGAAACAGTCAAATTAAATGGGTTATTGGTTAAACTTAAAGTTGCCCATTTTCGTTTATGTCACAGCAGAGCATTTTT
TATTCGAGCTTATCCAAACGAGAAACTCGATATGCTTATTGATGCTCATAATCACGCCTTTTCTTATTTTGGTGGTACACCCAATAGAGGTATTTATGAC
AATATGAAGACGGCTGTTAAACATATAGGAATGGGTAAAGAACGCATTTTTAATGATAAATTCTTAAGCATGATGAATCATTTTATTATAGAGCCAGTTG
CCTGTACGCCAGCGTCTGGATGGGAGAAAGGACAGGTAGAGCGTCAAGTGAGAACATTACAGAAACAACTGTTTGAACCCACCCTGGCTTTTAACAACAT
CGATGAGTTAAACAGCTTTCTATTGGATCAATGCCATCAGATCATCCAAACAGCCACACACCCAGAAGACAGAAGTAAAGTCATTAACACTCTATTTTGT
GTAGAGCGAACTATGCTGGCTCCTTATTCCCCTTATACGGGAGGGCAATTTGCAATAGTCCAAATCAACTCCTTATCCTGTTTTGATGGGCATAAATACA
GCGTTCCCAATAATTTAGCGGGTAAGAAAGTGACATTAAAAACGACCGCAACAGAAATTAAAATTATTGTCGATAGCGAGTGTGTCGCTCAACATCAACG
CAGTTTTATTAAAAACCAGACAACCTATAATCCCTGGCATTATCTGTCCACATTAAAAAGAAAACCGGGTGCCCTGAGAAACGGTGAACCTTTTATTAAT
TGGGATTTACCTAAACCGGTTAAAGAACTCCAGCAACATCTACTCAAGCGTCCGAAAGGTGATAGAGCGATGGTGCAGTTGCTGTCTTTACTCGCTGATT
ATGGTGAAGATTTAGGCGTGACCGCGGCAGCCATAGCGTTAGACGAAGGAGTGCCTACGGTGGAAGCAGTACTCAATATTATTCATCGACTCACTGAACC
CGTAATACCTACGTTTAAAATAAATGATATTCCACTGAACATCCCGCCCCAGGCTAATTGTCAGCGTTACAACACGTTATTAAAAGGGGTGCCAAATGGA
ACGGCATGAATGTATTGAAATACTTAAACAATTAAAGCTTACAGCCATGGCTGAAACTTTGATGACGTGGTTATTGATGGTATACGCCGTAAGCGTTCTA
CGATGGATATTATTGGAAATTTATTAACCACAGAGCAAACACAAAGACATATCCGCAGTATTGGCTACCGTATTAATCAAGCCAGGTTCCCACAGCATAA
AACACTGTCTGACTTTGAGTTTGAACAAAGCCCATTAAATAAACCCAGCATTGAACTTCTGAATGACTGTGATTACATCAGAGAAAAACGTAATATTATA
TTTGTTGGTGGTCCTGGTACAGGTAAGACGCATTTAGCCACGGCTTTAGGGATAAACGCTGCCACCAATGGGTTTAAAGTTCGCTTCTGGAATGTATTAG
ATTTGGTCAATAAGCTGGAATTGGACAAAGAAAGTAAACAATTTAAATTAACCAATCAACTGACAAAGCTGGATTTAATTGTTTTAGATGATTTGGGGTA
TTTGCCCTTTAGTCAAAAAGGAGGGGCTTTATTATTTCATTTAATCAGTCAATTGCATGAACATACCAGCATTATGATCACAACTAATTTAGCATTTTCT
GAATGGGTAAAACTATTTTCCGATGAAAAGATGACAGCAGCCTTATTGGATCGACTGGTTCATCATTGTGACATTATTGAAACAGGCAATGAATCATTTA
GGTTCAAAAACCGGTCTTAAAGTGGCGCACTTTTAAAGCATAACTGTGGCTCACTTTTAGACCATAATTGACA
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1503 bp | 500 aa | 107 | 1609 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLCMETILKVRRLSLKQGLSQRAIAKQLQISRHTVSKYLAIETKEPPAYKRTQTHYPKLGEFIPVLKQRLTDETKLPAKQRLTARRHFERLRTEGYQGAY
CAVASFIRQFKEQYQPAPHVVFIPQRFSAADAYQFDWSFETVKLNGLLVKLKVAHFRLCHSRAFFIRAYPNEKLDMLIDAHNHAFSYFGGTPNRGIYDNM
KTAVKHIGMGKERIFNDKFLSMMNHFIIEPVACTPASGWEKGQVERQVRTLQKQLFEPTLAFNNIDELNSFLLDQCHQIIQTATHPEDRSKVINTLFCVE
RTMLAPYSPYTGGQFAIVQINSLSCFDGHKYSVPNNLAGKKVTLKTTATEIKIIVDSECVAQHQRSFIKNQTTYNPWHYLSTLKRKPGALRNGEPFINWD
LPKPVKELQQHLLKRPKGDRAMVQLLSLLADYGEDLGVTAAAIALDEGVPTVEAVLNIIHRLTEPVIPTFKINDIPLNIPPQANCQRYNTLLKGVPNGTA
CAVASFIRQFKEQYQPAPHVVFIPQRFSAADAYQFDWSFETVKLNGLLVKLKVAHFRLCHSRAFFIRAYPNEKLDMLIDAHNHAFSYFGGTPNRGIYDNM
KTAVKHIGMGKERIFNDKFLSMMNHFIIEPVACTPASGWEKGQVERQVRTLQKQLFEPTLAFNNIDELNSFLLDQCHQIIQTATHPEDRSKVINTLFCVE
RTMLAPYSPYTGGQFAIVQINSLSCFDGHKYSVPNNLAGKKVTLKTTATEIKIIVDSECVAQHQRSFIKNQTTYNPWHYLSTLKRKPGALRNGEPFINWD
LPKPVKELQQHLLKRPKGDRAMVQLLSLLADYGEDLGVTAAAIALDEGVPTVEAVLNIIHRLTEPVIPTFKINDIPLNIPPQANCQRYNTLLKGVPNGTA
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
654 bp | 217 aa | 1667 | 2320 | + | No |
AG : IS21 helper
ORF sequence :
MVIDGIRRKRSTMDIIGNLLTTEQTQRHIRSIGYRINQARFPQHKTLSDFEFEQSPLNKPSIELLNDCDYIREKRNIIFVGGPGTGKTHLATALGINAAT
NGFKVRFWNVLDLVNKLELDKESKQFKLTNQLTKLDLIVLDDLGYLPFSQKGGALLFHLISQLHEHTSIMITTNLAFSEWVKLFSDEKMTAALLDRLVHH
CDIIETGNESFRFKNRS
NGFKVRFWNVLDLVNKLELDKESKQFKLTNQLTKLDLIVLDDLGYLPFSQKGGALLFHLISQLHEHTSIMITTNLAFSEWVKLFSDEKMTAALLDRLVHH
CDIIETGNESFRFKNRS
Blast result :
Comments
It has been found only in weakly pathogenic European Y. enterocolitica bioserotypes.
ISYen2A is 61%(ORFA) aa similar to ISGur15 and 77%(ORFB) to IS1326.
ISYen2A is 61%(ORFA) aa similar to ISGur15 and 77%(ORFB) to IS1326.
References
1] Golubov,A.(2004) Direct submission.
2] Golubov,A., Gierczynski,R., Heesemann,J. and Rakin,A. (2005) Int. J. Med. Microbiol. 295 (4), 213-226
2] Golubov,A., Gierczynski,R., Heesemann,J. and Rakin,A. (2005) Int. J. Med. Microbiol. 295 (4), 213-226