ISPpr12
- Family ISAs1
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_006371 | ND | Photobacterium profundum | Photobacterium profundum SS9 |
DNA section
IS Length : 1326 bp
Ends
IR Length : 18/21
IRL : CAGGGAATCCGCATGAACATCGTTGATATATAAGGGCTAAGCTTTAATTA
IRR : CACGGAAAACGCATGAACATCCCCGTCCTTACTGGCTTCCCAGTACCTTG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CAATTGCCTCATTGGGTG | GGAAGCACCT | ACTCGCTGATCATTGG | 10 |
DNA sequence
CAGGGAATCCGCATGAACATCGTTGATATATAAGGGCTAAGCTTTAATTAGCAATAACTAAAGTATAATCTTATTATTATACTCACTTCACAATATTAGC
AATTAAAGAAAGATCAAATTGTAGATCATTTTCATTGTTTTCTAATGGTTCTGTATTCAAACGGAGCCTAATTATGACGGAATTAATAAACCCATTTATG
CACTTTCATGTAATTAAAGATTATCGCCAAGCTGGCAAAATTAACCACAAATTATCAGATATAATTCTGATGACAATTTGTGGTGTTTTGTCTGGTCATG
ATACGTGGGAAGGTGTGGTTGATTTTGGTCGTTTACGACTAGACTTTCTAAAGCAATATGGTGACTTCAAAGAAGGTATTCCTTCTGCAGATACCATTGC
TAGAGTCATGGGAATGATGAGTACGACAGCTCTGCAGAATGCTTTCATTAAATGGATGAGAGATTGCCATACCTTAACGGATGGTGAAGTTGTTGCTATT
GATGGCAAAACAGTTCGAGGGTCTTATGATAAATCACGAGATCAGCAAGCAATCCATATGGTTAATGCTTTTGCTACAGCAAATGGGATGTGTCTTGGTC
AGGCTAAAGTAAATGCTAAGACTAATGAGATTACTGAAATCCCTAAGCTATTGGAACTATTAGATATCGCGGGTTGTTTAGTGACTATTGATGCGATGGG
TTGCCAGCGAAAAATAGCACAAAAGATAGTCGATAAAAGTGCTGATTATTTACTTGCCGTTAAAGGAAATCAAGGCAAGTTAGAAGAGGCCTTTTCTGAA
TATTATCATCCATCGATGCTACAAGAATTCAGCGGTGATAGTTATGCTAGCCAAGACAAATCCCATGGACGTTTAGAAACAAGATGTGCTTTGGTTAATA
AGGATTTATCGGTTTTAGGTGACTTAGCGTATGATTGGCCAGAGCTAAAATCGATGGGAATAATGGTCAATATTCGCCAAAATTCAGAGCATGCTACAGA
CGAAAATATGTCAGTGAGATTTTACATAAGCTCGAAAGAATTAAGTGCTCAAGAACTGCATGATGCAACGCGTTCACATTGGCAAGTTGAGTCGATGCAT
TGGGTATTAGATACTGCATTCAAAGAAGATGCTTGTCGAATCCGAGCGGACGATCGTGCCGAGGCTTTCGCAAGGATCAGGCCGGTGTGTTTGAACCTTT
TGAAGAATGAAAAAGGGTTCAAAGGTGGAATTAAACGTAAGCGAATGCAGTGTGCGATGGATGAAAACTACCTAAGCAAGGTACTGGGAAGCCAGTAAGG
ACGGGGATGTTCATGCGTTTTCCGTG
AATTAAAGAAAGATCAAATTGTAGATCATTTTCATTGTTTTCTAATGGTTCTGTATTCAAACGGAGCCTAATTATGACGGAATTAATAAACCCATTTATG
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GATGGCAAAACAGTTCGAGGGTCTTATGATAAATCACGAGATCAGCAAGCAATCCATATGGTTAATGCTTTTGCTACAGCAAATGGGATGTGTCTTGGTC
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TTGCCAGCGAAAAATAGCACAAAAGATAGTCGATAAAAGTGCTGATTATTTACTTGCCGTTAAAGGAAATCAAGGCAAGTTAGAAGAGGCCTTTTCTGAA
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TGGGTATTAGATACTGCATTCAAAGAAGATGCTTGTCGAATCCGAGCGGACGATCGTGCCGAGGCTTTCGCAAGGATCAGGCCGGTGTGTTTGAACCTTT
TGAAGAATGAAAAAGGGTTCAAAGGTGGAATTAAACGTAAGCGAATGCAGTGTGCGATGGATGAAAACTACCTAAGCAAGGTACTGGGAAGCCAGTAAGG
ACGGGGATGTTCATGCGTTTTCCGTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1125 bp | 374 aa | 174 | 1298 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MTELINPFMHFHVIKDYRQAGKINHKLSDIILMTICGVLSGHDTWEGVVDFGRLRLDFLKQYGDFKEGIPSADTIARVMGMMSTTALQNAFIKWMRDCHT
LTDGEVVAIDGKTVRGSYDKSRDQQAIHMVNAFATANGMCLGQAKVNAKTNEITEIPKLLELLDIAGCLVTIDAMGCQRKIAQKIVDKSADYLLAVKGNQ
GKLEEAFSEYYHPSMLQEFSGDSYASQDKSHGRLETRCALVNKDLSVLGDLAYDWPELKSMGIMVNIRQNSEHATDENMSVRFYISSKELSAQELHDATR
SHWQVESMHWVLDTAFKEDACRIRADDRAEAFARIRPVCLNLLKNEKGFKGGIKRKRMQCAMDENYLSKVLGSQ
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Blast result :
Comments
ISPpr12 is 86% aa similar to IS1358A.
References
1] Vezzi,A., Campanaro,S., D'Angelo,M., Simonato,F., Vitulo,N., Lauro,F.M., Cestaro,A., Malacrida,G., Simionati,B., Cannata,N., Romualdi,C., Bartlett,D.H. and Valle,G. (2005) Science 307 (5714), 1459-1461