ISPlu18
- Family ISAs1
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_005126 | ND | Photorhabdus luminescens | Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 |
DNA section
IS Length : 1253 bp
Ends
IR Length : 18/26
IRL : CAGGGTGAGATCTCACATTTTTAATAAGGTCATTTTGGTTAAATAAAAAT
IRR : CAGGGCGGGATTCCACTTTGTATTTAATTTAATCAAAGATAAGTTGACTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ACTAATCGGTTTGCCT | ATATGTGATT | TAAATCTCAAA | 10 |
DNA sequence
CAGGGTGAGATCTCACATTTTTAATAAGGTCATTTTGGTTAAATAAAAATCAGAATATGATTTTTTATAGGCATTTCTCTCATTAAAACGTTAAGATCTC
CCTCTTCCATAAAAAGCGATCCTAATAATGAGTATTTTTAATTTTATCAGCAAGATAGAAGACCCCCGTTCTGACATCAATAAAAAACATGAGTTAATGG
ATGTGATTTTTTTAGCCTTCTCCGCTGTATTATGCGGCGCTTCTGGCTGGAAATCGATTCAGGAATTTGGTGAGTTACAGAGCGAGTGGCTTAAACAATA
CACGCATTTTACTCACGGTATTCCTCGTCGTCACTGTATTGCTAATATTATCAAAATGATAGAGCAAGATGCACTGGTTGAAGCCTTTTATGCCTGGATC
AACCAGCGTCGGGTCAGGGCAGGAAAAAGTCTTATCGCCATTGATGGAAAAACCCTGAGAGGAACCTGTAAGGGGACATTATTTGAAGCCCTGCATGTGG
TCAGTGCTTATGATGTTGAATCCGGTGTAGCCCTATACCATCAGGCAGCCGAAAGCAAAGGTCAGGAAGGCCCGGTTGCCAGACAATTGATTGAATTACT
GGCGCTTGATGGCGCGATTGTCACTATGGATGCCCTGCATTGCCAGAAAGAAACCCTTGCGTTAATTACTCAGCGCGGTGGTGATTTTATTGTGGGTCTC
AAAGGCAATCAAAAGACCCTCCATGAATGGGTCAAATCGTATTTTGCTTCGCATTATGAGAGTGATGAGCTTGTTGAATTTACGCAGAAAAATAGCGGTC
ATGGACGGACAGAATTTCGGCATGTCATGCAAATTCGTGCCGTATTACCGGAGGTCCTTCGGCGGCAATGGCCTTCAATACAAAGTGTTATTGAAGTCGT
CAGTGAACGAAGCGTAAAAGGTCAGCCTCCCCATCGTAATTCACGCTGGTATGTCAGCTCGCTACCGTTGGAGGCGGAAATCGTGGCTAAGGCAATAAGA
AAGCACGGGTCGGTGGAAAACGAGCTGCATTGGGTATTAGATGTCACTTTTCGAGAAGATGCTATCTCACTCAAAGATCCTGATGGGGCTGCACAAATGG
CGCTTTTTAACCGAATTGCATTAAGTGTGATTAAACAGAATACCAGCATAAAAGACAGTCAGGCAGCTAAACGTCGAAGAGCCATTTGGTCAGGGGAATT
CCGTAGTCAACTTATCTTTGATTAAATTAAATACAAAGTGGAATCCCGCCCTG
CCTCTTCCATAAAAAGCGATCCTAATAATGAGTATTTTTAATTTTATCAGCAAGATAGAAGACCCCCGTTCTGACATCAATAAAAAACATGAGTTAATGG
ATGTGATTTTTTTAGCCTTCTCCGCTGTATTATGCGGCGCTTCTGGCTGGAAATCGATTCAGGAATTTGGTGAGTTACAGAGCGAGTGGCTTAAACAATA
CACGCATTTTACTCACGGTATTCCTCGTCGTCACTGTATTGCTAATATTATCAAAATGATAGAGCAAGATGCACTGGTTGAAGCCTTTTATGCCTGGATC
AACCAGCGTCGGGTCAGGGCAGGAAAAAGTCTTATCGCCATTGATGGAAAAACCCTGAGAGGAACCTGTAAGGGGACATTATTTGAAGCCCTGCATGTGG
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GGCGCTTGATGGCGCGATTGTCACTATGGATGCCCTGCATTGCCAGAAAGAAACCCTTGCGTTAATTACTCAGCGCGGTGGTGATTTTATTGTGGGTCTC
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AAGCACGGGTCGGTGGAAAACGAGCTGCATTGGGTATTAGATGTCACTTTTCGAGAAGATGCTATCTCACTCAAAGATCCTGATGGGGCTGCACAAATGG
CGCTTTTTAACCGAATTGCATTAAGTGTGATTAAACAGAATACCAGCATAAAAGACAGTCAGGCAGCTAAACGTCGAAGAGCCATTTGGTCAGGGGAATT
CCGTAGTCAACTTATCTTTGATTAAATTAAATACAAAGTGGAATCCCGCCCTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1098 bp | 365 aa | 128 | 1225 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MSIFNFISKIEDPRSDINKKHELMDVIFLAFSAVLCGASGWKSIQEFGELQSEWLKQYTHFTHGIPRRHCIANIIKMIEQDALVEAFYAWINQRRVRAGK
SLIAIDGKTLRGTCKGTLFEALHVVSAYDVESGVALYHQAAESKGQEGPVARQLIELLALDGAIVTMDALHCQKETLALITQRGGDFIVGLKGNQKTLHE
WVKSYFASHYESDELVEFTQKNSGHGRTEFRHVMQIRAVLPEVLRRQWPSIQSVIEVVSERSVKGQPPHRNSRWYVSSLPLEAEIVAKAIRKHGSVENEL
HWVLDVTFREDAISLKDPDGAAQMALFNRIALSVIKQNTSIKDSQAAKRRRAIWSGEFRSQLIFD
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Blast result :
Comments
ISPlu18 is 63% aa similar to ISAs1.
References
1] Duchaud,E., Rusniok,C., Frangeul,L., Buchrieser,C., Givaudan,A., Taourit,S., Bocs,S., Boursaux-Eude,C., Chandler,M., Charles,J.F., Dassa,E., Derose,R., Derzelle,S., Freyssinet,G., Gaudriault,S., Medigue,C., Lanois,A., Powell,K., Siguier,P., Vincent,R., Wingate,V., Zouine,M., Glaser,P., Boemare,N., Danchin,A. and Kunst,F. (2003) Nat. Biotechnol. 21 (11), 1307-1313