ISCwa3
- Family ISAs1
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AADV02000131 | ND | Crocosphaera watsonii | Crocosphaera watsonii WH 8501 |
DNA section
IS Length : 1497 bp
Ends
IR Length : 26/29
IRL : CAGGGCAATCGCATTTAATTTTTGTTAAGCTCTATTGACAAAATAAACTT
IRR : CAGGGCAATCGCATTTAATTTTGGAAAAGAAGGCTGACCCTGGTTTTTAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTCGCCCCAAAATGAGACC | TCTTGCCCAC | CCTACAAACTTGAT | 10 |
DNA sequence
CAGGGCAATCGCATTTAATTTTTGTTAAGCTCTATTGACAAAATAAACTTAGCGTAAGTCAGGGACAAAGCAGTCAGCAATCGTTTTTAGTTTTTAATAA
TTTTTTAATATTTGTTGACCATCAAGTTAGGGATAATAATTGAACTTAGTTGTTAGATAATTATTAATGAAACTTCGCCCTAAAACAGCAATTTCTGATT
TTTTTAGTGATATTGAAGACCCGCGCGTCGAGCGACACAAAAAACATCAATTAATCGATATTATTACCAATACTATCTGTGCGGTTATCTCTGGAGTCGA
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TTTTTATTAAGGCTTTAGCGTTTAATAGTTCAGGATTAAATCCTGAAAGTTTTTCTGAAGATAATTTTTCTCATGGACGAGAAGAAACTAGAGCTATTAC
TGTTTTAAATAATAGTTCATATTTAGTTGATCCTAAATCAAAGTGGAAAAATTTAAAATCAATTATTAGAGTTGATTCCTTACGAGTTGATCATAAAGGA
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TTTACTAAATCAAGATCCTACTTCAAAAAAATCCCTTAAAAGTAAACAAAATAAAGCAAGTTGGGATAATGATTATCTTCTTCAAATTTTAGCTGTTTAA
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TCAATTTTTTATTCGATAACCAAATCCCTTAAACTTAACATCAAACTCTCTGAAGTTTGATGGATTCTTCTATTAAAAAATAATCCTCAGTAACTGGAAA
GTTCATTTATTAGCGATCGCCGTCTGAAAAAAAATTCACAGGGACAGTTAAAAACCAGGGTCAGCCTTCTTTTCCAAAATTAAATGCGATTGCCCTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1134 bp | 377 aa | 167 | 1300 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MKLRPKTAISDFFSDIEDPRVERHKKHQLIDIITNTICAVISGVEHWTEIESYGKVKQKWFKKFLKSPHSIPSHDTFSRVFQILNTEELQRCFLNWTQSV
FELSESEIIPIDGKTLRHSYDTASEKKAIHMVSAWSTKNKLVLGQLKVDKKSNEITAIPSLLKKLKIKGCIVTLDAMGCQKKIVEQIIEQDADYLIALKK
NQSSLYEASEELFIKALAFNSSGLNPESFSEDNFSHGREETRAITVLNNSSYLVDPKSKWKNLKSIIRVDSLRVDHKGKVKFEQRYFISSLVLDAKSFAK
IIRTHWSIENQLNWVLDVQFNEDDSRIRKENSPENMAIIRQLALSLLNQDPTSKKSLKSKQNKASWDNDYLLQILAV
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Blast result :
Comments
ISCwa3 is 61% aa similar to ISEc5.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,C., Glavina,T., Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S. and Richardson,P.(2004) Direct submission GenBank.