ISCwa3

  • Family ISAs1
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NZ_AADV02000131 ND Crocosphaera watsonii
Crocosphaera watsonii WH 8501
DNA section
IS Length : 1497 bp

Ends


IR Length : 26/29

IRL : CAGGGCAATCGCATTTAATTTTTGTTAAGCTCTATTGACAAAATAAACTT
IRR : CAGGGCAATCGCATTTAATTTTGGAAAAGAAGGCTGACCCTGGTTTTTAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTCGCCCCAAAATGAGACCTCTTGCCCACCCTACAAACTTGAT10

DNA sequence

CAGGGCAATCGCATTTAATTTTTGTTAAGCTCTATTGACAAAATAAACTTAGCGTAAGTCAGGGACAAAGCAGTCAGCAATCGTTTTTAGTTTTTAATAA
TTTTTTAATATTTGTTGACCATCAAGTTAGGGATAATAATTGAACTTAGTTGTTAGATAATTATTAATGAAACTTCGCCCTAAAACAGCAATTTCTGATT
TTTTTAGTGATATTGAAGACCCGCGCGTCGAGCGACACAAAAAACATCAATTAATCGATATTATTACCAATACTATCTGTGCGGTTATCTCTGGAGTCGA
GCATTGGACAGAGATTGAATCTTATGGTAAAGTTAAACAGAAATGGTTTAAAAAGTTTTTAAAATCACCTCATAGCATCCCTTCTCACGACACATTCTCA
AGAGTTTTTCAAATCCTTAATACTGAAGAATTACAAAGATGTTTTTTAAACTGGACACAATCAGTTTTTGAACTAAGTGAGAGCGAAATTATTCCAATTG
ATGGCAAAACTTTACGTCATTCTTATGATACAGCCTCCGAGAAAAAAGCGATTCATATGGTAAGTGCTTGGTCAACCAAAAATAAGTTAGTATTAGGTCA
ATTAAAAGTCGATAAAAAATCGAATGAAATAACAGCTATTCCTTCTTTATTAAAGAAGCTTAAAATAAAAGGATGTATAGTTACTCTTGATGCAATGGGG
TGTCAGAAGAAGATTGTCGAACAAATTATTGAGCAAGATGCTGATTATTTAATCGCTTTAAAAAAGAATCAATCTAGTCTCTATGAAGCCTCTGAAGAAC
TTTTTATTAAGGCTTTAGCGTTTAATAGTTCAGGATTAAATCCTGAAAGTTTTTCTGAAGATAATTTTTCTCATGGACGAGAAGAAACTAGAGCTATTAC
TGTTTTAAATAATAGTTCATATTTAGTTGATCCTAAATCAAAGTGGAAAAATTTAAAATCAATTATTAGAGTTGATTCCTTACGAGTTGATCATAAAGGA
AAGGTTAAATTTGAACAAAGATACTTTATTAGTAGTTTGGTTTTAGATGCAAAATCTTTTGCTAAAATAATCAGAACTCATTGGAGTATAGAAAATCAAT
TAAACTGGGTTCTCGATGTACAATTTAACGAAGATGATTCAAGAATTAGAAAAGAAAATTCTCCTGAAAACATGGCAATTATTAGACAATTAGCCTTAAG
TTTACTAAATCAAGATCCTACTTCAAAAAAATCCCTTAAAAGTAAACAAAATAAAGCAAGTTGGGATAATGATTATCTTCTTCAAATTTTAGCTGTTTAA
TCAATTTTTTATTCGATAACCAAATCCCTTAAACTTAACATCAAACTCTCTGAAGTTTGATGGATTCTTCTATTAAAAAATAATCCTCAGTAACTGGAAA
GTTCATTTATTAGCGATCGCCGTCTGAAAAAAAATTCACAGGGACAGTTAAAAACCAGGGTCAGCCTTCTTTTCCAAAATTAAATGCGATTGCCCTG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1134 bp377 aa1671300+No
ORF function : Transposase
Chemistry : Unknow

ORF sequence :

MKLRPKTAISDFFSDIEDPRVERHKKHQLIDIITNTICAVISGVEHWTEIESYGKVKQKWFKKFLKSPHSIPSHDTFSRVFQILNTEELQRCFLNWTQSV
FELSESEIIPIDGKTLRHSYDTASEKKAIHMVSAWSTKNKLVLGQLKVDKKSNEITAIPSLLKKLKIKGCIVTLDAMGCQKKIVEQIIEQDADYLIALKK
NQSSLYEASEELFIKALAFNSSGLNPESFSEDNFSHGREETRAITVLNNSSYLVDPKSKWKNLKSIIRVDSLRVDHKGKVKFEQRYFISSLVLDAKSFAK
IIRTHWSIENQLNWVLDVQFNEDDSRIRKENSPENMAIIRQLALSLLNQDPTSKKSLKSKQNKASWDNDYLLQILAV

 

Blast result :
Comments
ISCwa3 is 61% aa similar to ISEc5.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,C., Glavina,T., Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S. and Richardson,P.(2004) Direct submission GenBank.