ISPto5
- Family ISAs1
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NZ_AAPR01000001 | ND | Psychroflexus torquis | Psychroflexus torquis ATCC 700755 |
DNA section
IS Length : 1265 bp
Ends
IR Length : 17/18
IRL : CAGGGCGAACGCATTAAAAAAAGTTTAAGTTAATTGGGTAAAAATGAGTG
IRR : CAGGGCAAACGCATTAAACTTTCATTAGATTCAGCACTTTTATCAGATAG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| GTGTCTATAAGTGA | AGGCAACACC | TCTTTTCTTGA | 10 |
DNA sequence
CAGGGCGAACGCATTAAAAAAAGTTTAAGTTAATTGGGTAAAAATGAGTGTTAATCACTTAAAATTCATCATATTATTTGTTGTTTTTTAGTTTAAAATA
TTGTATATTATATTGATAACCAATACTTTATACATTTTGAAAACTACCCAAAAGCTAAAGACCATATTTGGTCAAATACCCGACTTTAGACGTTCTCACA
AGCAACTTTACGATTTAGAAAGCATCCTTCTCATCGGGATTATTTCAGTGATTTGTGGAGCAGATTCATGGAATGAAATGGAAAACTACGCCAACTCAAA
AGAAGAATTTCTTCGTAGCTTCCTTGATTTGCCTAATGGTATCCCCTCGCACGACACATTTAATCGCGTTTTTTCTAATATTGACAGTAATCAATTTGAA
AAATGCTTTATACAATGGGTTAGTGCTCTTGCACAACTACAGCCCAGAGAAATCATTGCTATAGATGGTAAAACAATTAGAGGTGCTAAAGCTGGTGGTA
AAAAATCCCCAGTACACATGGTTAGTGCTTGGGCAAATGACAATAATTTGGTTTTAGGACAAGTGAAAGTTTCCCAGAAGTCAAATGAGATCACTGCCAT
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GCAGACTATATCTTGGCTGTAAAAGAGAATCAACCTCAGTTACTAGAGCATATTGAAGATGAATTTAGATTTGGAAAAACTATGGAATCAAACCTTAGCC
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TTTCAAAAAGCCATTCGTTCTCATTGGTCTATAGAAAATAAGTTACACTGGACTTTAGATGTTGCTTTTTCAGAAGATGCTTCTAGAAAAAGAACAGGTA
ACTCCACTCAAAATTTCTCCATACTCAATAAAATTGCATTAAATTTATTGAAAAATGAAAAATCATTAAAAACAGGGGTGAAGAGCAGAAGACTTCAAGC
GGGATGGGACAATCACTATCTGATAAAAGTGCTGAATCTAATGAAAGTTTAATGCGTTTGCCCTG
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GGGATGGGACAATCACTATCTGATAAAAGTGCTGAATCTAATGAAAGTTTAATGCGTTTGCCCTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1116 bp | 371 aa | 137 | 1252 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MKTTQKLKTIFGQIPDFRRSHKQLYDLESILLIGIISVICGADSWNEMENYANSKEEFLRSFLDLPNGIPSHDTFNRVFSNIDSNQFEKCFIQWVSALAQ
LQPREIIAIDGKTIRGAKAGGKKSPVHMVSAWANDNNLVLGQVKVSQKSNEITAIPKLLKVLSIENTIVTIDAMGCQTKIAKAIVKKNADYILAVKENQP
QLLEHIEDEFRFGKTMESNLSQELDHGRIETRTCSVISNFKFILKNNNWENLTSVIKIESKREFKNSQKPAQHAIRYYISSIKASSQDFQKAIRSHWSIE
NKLHWTLDVAFSEDASRKRTGNSTQNFSILNKIALNLLKNEKSLKTGVKSRRLQAGWDNHYLIKVLNLMKV
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Blast result :
Comments
ISPto5 is 58% aa similar to ISAzo3.
References
1]Bowman,J., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Halpern,A., Remington,K., Beeson,K., Tran,B., Rogers,Y.-H., Friedman,R. and Venter,J.C. (2006) Direct submission GenBank.