ISPlag1
- Family IS701
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
EU271804 | ND | Planktothrix agardhii | Planktothrix agardhii |
DNA section
IS Length : 1306 bp
Ends
IR Length : 29
IRL : CAGGACTTACGCAGGCACAGTATATATAGTGTGCAGTAAGCCAGCGAACG
IRR : CAGGACTTACGCAAGCACGCTATATATAGCGTACTAAAAGTAGGCGATCG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
CAGGACTTACGCAGGCACAGTATATATAGTGTGCAGTAAGCCAGCGAACGCTGCCAATTGTTCAAGTATTTGCGCCAGCAATATAAAATTTAGACACAAA
AATTATGCTGATTGACAGATATTTAACAGTCAATATTTATGCTAAACTGATTAAGTTAATTTGGGGTGAAAAATATGTCGTTTAGCCAACTAGATTACTG
CCAATATCTATTGAGCAGCCCAAACAATTATACCTTAAATAACTTAGCCAACTACTTAGAAAATGTTAGCCATGATACCATAAATCGTTACTTAACCAAA
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GTCCTG
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TATTTTTAAATAAATAATCAGGACTTTTTAGGGTGATTGCTATTATCATTGGTATGCGATCGCCTACTTTTAGTACGCTATATATAGCGTGCTTGCGTAA
GTCCTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1014 bp | 337 aa | 175 | 1188 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSFSQLDYCQYLLSSPNNYTLNNLANYLENVSHDTINRYLTKENFTSESLWQNVKKDIQISENSAIIFDDTVLDKRFGEKIELVRRQYSGTEHRVLSGIG
LVNCVYVNPELGLFWVIDYRIYDPEYDNKTKLDHVADMLNNLVTEKQLPFAKVLMDSWYGSQKLMAMIEELGKIYYCPLKKNRLVDDTGGKEKYQSIEKL
NWSNTEEKSGKLIKIKNFPKSHKVKLFRVIVSTNRTEYVATNDLTQASTLDTKKTCAIRWKIEEFHREIKQLTGIESCQCRQASIQRNHIACALLVWNQL
KRLAHLTKKTVYQLKAESLSSYLIKELNCPSIKMELV
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Blast result :
Comments
Insertion sites or a direct repeated sequence have not been identified.
ISPlag1 is 53% aa similar to ISMhu9.
ISPlag1 is 53% aa similar to ISMhu9.
References
1] Christiansen, G., Molitor, C., Philmus, B., Kurmayer, R. (submitted) Non-toxic strains of Planktothrix sp. are the result of major gene deletion events induced by a transposable element. Mol. Microbiol.
2] Kurmayer, R.(2008) Direct submission.
2] Kurmayer, R.(2008) Direct submission.